LXL04_000109 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_000109

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 2464218-2465964 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

699 bp · LXL04_000109|LXL04_000109|OH1004|cDNA

ATGACCGTTGAATACATTGGAAACAAGAATATTTCCTGGTTCCCGGATATACACTGCCCCATCAATCTTGAAATTTCACCACTCCTCTATCCGCTAACGTGCGCCTATGGAGAACTACTCTTACAATTCCTACCCGCAGTCAGCGGATCCTCGCCGAGATCGCGAGAAGTCGACTTCGAGAACCCACCACCATGGGAAGATCAGTCGACGGCGAACAACATCAACTACAAAGTCAAATTTATGTGTAGTTATGGTGGTAA...

CDS

下载 CDS FASTA

699 bp · LXL04_000109|LXL04_000109|OH1004|CDS

ATGACCGTTGAATACATTGGAAACAAGAATATTTCCTGGTTCCCGGATATACACTGCCCCATCAATCTTGAAATTTCACCACTCCTCTATCCGCTAACGTGCGCCTATGGAGAACTACTCTTACAATTCCTACCCGCAGTCAGCGGATCCTCGCCGAGATCGCGAGAAGTCGACTTCGAGAACCCACCACCATGGGAAGATCAGTCGACGGCGAACAACATCAACTACAAAGTCAAATTTATGTGTAGTTATGGTGGTAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

232 aa · LXL04_000109|LXL04_000109|OH1004|PROTEIN

MTVEYIGNKNISWFPDIHCPINLEISPLLYPLTCAYGELLLQFLPAVSGSSPRSREVDFENPPPWEDQSTANNINYKVKFMCSYGGKIHPRPHDNQLAYIGSETKILSVDRSIKFTALVAKLAALCDADVCFKYQLSVKDLDALISVTNDDDLDQMMIEYDRLNRASPKPARLRLFGSEKGVATAPVLVPKVRDLPIAEPPIRHHEPDVAILDDRGIRADRIQKHIQDLRRL

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_000109`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_000109

位置 Chr01:2464218-2465964 (-)

描述 Protein of unknown function

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g79570`	类 RAF 蛋白激酶，与 RAF24 一起作为生长素快速反应通路的中央介质，该通路涉及蛋白质磷酸化，并导致快速的细胞反应，包括膜去极化和细胞质流动。	暂无已核实直接文献
`At2g35050`	类 RAF 蛋白激酶，与 RAF20 一起作用，作为生长素快速反应途径的核心介质，涉及蛋白质磷酸化，并导致包括膜去极化和胞质流动在内的快速细胞反应。	暂无已核实直接文献
`At5g16220`	与 SUB 和 QKY 协作，在子房发育过程中调节细胞生长各向异性，从而将细胞间通讯与细胞生长联系在一起。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000109 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005985 sucrose metabolic process 生物过程

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0009637 response to blue light 生物过程

GO:0009646 response to absence of light 生物过程

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程

GO:0010109 regulation of photosynthesis 生物过程

GO:0010114 response to red light 生物过程

GO:0010928 regulation of auxin mediated signaling pathway 生物过程

GO:0071365 cellular response to auxin stimulus 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G79570

ath:AT2G35050

ath:AT5G16220

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.599

排名 1 · LXL04_000109 · OH-1004

细胞质0.387

排名 2 · LXL04_000109 · OH-1004

细胞膜0.077

排名 3 · LXL04_000109 · OH-1004

内质网0.070

排名 4 · LXL04_000109 · OH-1004

线粒体0.026

排名 5 · LXL04_000109 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00564.31PB193-176 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_000109	`PF00564.31`	PB1	93	176	7.7e-14	52.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SAJ2`	拟南芥	RAF-like serine/threonine-protein kinase 20	41.284%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`O64768`	拟南芥	RAF-like serine/threonine-protein kinase 24	41.176%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LF06`	拟南芥	Protein PAL OF QUIRKY	38.182%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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