LXL04_000028 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_000028

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 568382-573309 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1467 bp · LXL04_000028|LXL04_000028|OH1004|cDNA

ATGGCGACACCGGGGGCATACGACCAACACCTGCCGGCAGTTCCCGATTGGCTTAACAAAGGCGACAACGCATGGCAAATGACAGCATCTGCCCTCGTCGGCCTCCAGAGCATGCCGGGACTCGTCATCCTCTACGCTTCAATCGTCAAAAAGAAATGGGCGGTCAACTCCGCCTTCATGGTCCTCTACGCCTTCGCCGCCGTTCTCATATGCTGGGTACTAGTTTGCTACCGTATGGCTTTCGGCGACCAACTCTTGCC...

CDS

下载 CDS FASTA

1467 bp · LXL04_000028|LXL04_000028|OH1004|CDS

ATGGCGACACCGGGGGCATACGACCAACACCTGCCGGCAGTTCCCGATTGGCTTAACAAAGGCGACAACGCATGGCAAATGACAGCATCTGCCCTCGTCGGCCTCCAGAGCATGCCGGGACTCGTCATCCTCTACGCTTCAATCGTCAAAAAGAAATGGGCGGTCAACTCCGCCTTCATGGTCCTCTACGCCTTCGCCGCCGTTCTCATATGCTGGGTACTAGTTTGCTACCGTATGGCTTTCGGCGACCAACTCTTGCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

488 aa · LXL04_000028|LXL04_000028|OH1004|PROTEIN

MATPGAYDQHLPAVPDWLNKGDNAWQMTASALVGLQSMPGLVILYASIVKKKWAVNSAFMVLYAFAAVLICWVLVCYRMAFGDQLLPFWGKGAPALGQKYLARQALIPETIHHYSNGTIENPATQPFYPMATLVYFQFTFAAITMILLAGSVLGRMNIRAWMAFVPLWLVFSYTVGAFSLWGGGFLYQWGVIDYSGGYVIHLSSGIAGFTAAYWVGPRLRSDRERFPPNNVLLMLAGAGLLWMGWSGFNGGAPYAATITA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_000028`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_000028

位置 Chr01:568382-573309 (-)

描述 Similar to AMT2: Ammonium transporter 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g38290`	高亲和力铵转运蛋白，可能在整个植物细胞质外体和共质体之间移动铵方面发挥重要作用。	Characterization of Arabidopsis AtAMT2, a high-affinity ammonium transporter of the plasma membrane.2002 · DOI: 10.1104/pp.008599

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0870300`	参与铵的运输。	暂无已核实直接文献
`Os01g0831900`	参与铵的运输。	暂无已核实直接文献
`Os05g0468700`	参与铵的运输。	暂无已核实直接文献
`Os02g0550800`	参与铵的运输。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000028 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009624 response to nematode 生物过程

GO:0072488 ammonium transmembrane transport 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0008519 ammonium channel activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G38290

dosa:Os01g0831900

dosa:Os01g0870300

dosa:Os02g0550800

dosa:Os05g0468700

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.823

排名 1 · LXL04_000028 · OH-1004

细胞质0.134

排名 2 · LXL04_000028 · OH-1004

溶酶体／液泡0.053

排名 3 · LXL04_000028 · OH-1004

内质网0.052

排名 4 · LXL04_000028 · OH-1004

高尔基体0.036

排名 5 · LXL04_000028 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00909.27Ammonium_transp24-448 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_000028	`PF00909.27`	Ammonium_transp	24	448	1.1e-79	268.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M6N7`	拟南芥	Ammonium transporter 2	74.793%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q84KJ6`	水稻	Ammonium transporter 3 member 1	73.060%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8S230`	水稻	Ammonium transporter 2 member 2	69.309%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q84KJ7`	水稻	Ammonium transporter 2 member 1	77.056%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q69T29`	水稻	Ammonium transporter 3 member 3	69.877%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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