同源/共线性证据

跨参考基因组查看同源关系与共线性区块证据。

证据边界:TK1151 和 OH-1004 是同一物种的不同材料,本页展示两个参考基因组之间的同源与共线性 ID 对照,不是同一品种/同一基因组版本升级。区块来自 DIAMOND RBH 与坐标顺序锚点,后续仍可用 MCScanX/JCVI 继续复核。也支持直接输入 JCVI_TKOH_ 开头的区块 ID。

全局区块概览

共线性区块
427
ID 对照记录
84884
高置信区块
302
中置信区块
125
参考材料组装基因数gap 数端粒扫描
TK1151 TK1151_GWHBCHF00000000 45224 1917 0/9
OH-1004 OH1004_GCA_047496595.1 40057 131 0/711

查询解析

输入 ID
JCVI_TKOH_00329
解析类型
区块 ID
ID 对照 + 共线性联合证据
解析到的基因
无
未能直接匹配到橡胶草基因目录
关联结果
0 / 1 / 6
对照 / 区块 / 锚点
最佳区块: JCVI_TKOH_00329

当前输入已解析为共线性区块 ID,下面优先展示区块范围和锚点基因。

线性共线性图

当前查询的最佳共线性区块以线性 ribbon 形式展示。

JCVI_TKOH_00329 Chr08 31852029-32984367 Chr02 81263346-88004621 mixed High 6 anchors
Chr08 31852029-32984367 Chr02 81263346-88004621 JCVI_TKOH_00329 · 6 gene pairs TkA08G123240 | LXL04_008128 | 83.5% | multi_source_to_OH1004 | Complex TkA08G125190 | LXL04_008092 | 62.9% | RBH_below_probable_coverage_or_synteny_threshold | Review TkA08G125600 | LXL04_008086 | 70.8% | multi_source_to_OH1004 | Complex TkA08G125620 | LXL04_008086 | 59.9% | non_reciprocal_best_hit | Complex TkA08G125860 | LXL04_008071 | 59.2% | multi_source_to_OH1004 | Complex TkA08G125870 | LXL04_008071 | 51.5% | multi_source_to_OH1004 | Complex
High Medium Other 仅绘制前 12 条锚点
锚点表按页展示,TSV 下载包含当前查询的全部锚点;上方 ribbon 仅展示当前区块的部分线性共线性骨架。

当前查询证据

当前查询没有可展示的 ID 对照记录。

共线性证据

区块查询位置目标位置方向当前映射锚点数置信等级备注
JCVI_TKOH_00329 Chr08:31852029-32984367 Chr02:81263346-88004621 mixed 6 高置信 Formal JCVI synteny block from rebuilt ID map pipeline.

区块锚点基因

锚点总数: 6 · 当前范围 1–6 · 页码 1/1

TkA08G123240 → LXL04_008128
83.5%
TkA08G125190 → LXL04_008092
62.9%
TkA08G125600 → LXL04_008086
70.8%
TkA08G125620 → LXL04_008086
59.9%
TkA08G125860 → LXL04_008071
59.2%
TkA08G125870 → LXL04_008071
51.5%
TK1151 基因OH-1004 基因区块一致性覆盖度置信等级
TkA08G123240LXL04_008128JCVI_TKOH_0032983.595.532 / 33.555Complex
TkA08G125190LXL04_008092JCVI_TKOH_0032962.999.062 / 98.797待复核
TkA08G125600LXL04_008086JCVI_TKOH_0032970.893.32 / 99.351Complex
TkA08G125620LXL04_008086JCVI_TKOH_0032959.999.671 / 66.45Complex
TkA08G125860LXL04_008071JCVI_TKOH_0032959.283.217 / 84.806Complex
TkA08G125870LXL04_008071JCVI_TKOH_0032951.586.364 / 71.378Complex