TkAUNG039270 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkAUNG039270

当前版本: TK1151 染色体: ChrUn 坐标: 10950832-10953629 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

900 bp · TkAUNG039270|TK1151|cDNA

CCGCGGGCAAAGAAGAAATGGAGCAATTTCGGCAAGTCTCACAACGAAAGAGATCGGCACAAGTCTCAGCACGCCGTAAGCGAGGACGACGATGAAGCCAGCAAGCACGCTATTGCCGTCGCCGCCGCCACCGCTGCGGTAGCGGAGGCTGCTGTTGCCGCCGCTCAGGCCGCCGCCGCTGTGGTCCACCTCACAAGCAGCGGGCGGAACATTTCCGCTGCCGGAAGTGGTTACGCCACGGCTTGCGTTAGTCAGAATGG...

CDS

下载 CDS FASTA

900 bp · TkAUNG039270|TK1151|CDS

CCGCGGGCAAAGAAGAAATGGAGCAATTTCGGCAAGTCTCACAACGAAAGAGATCGGCACAAGTCTCAGCACGCCGTAAGCGAGGACGACGATGAAGCCAGCAAGCACGCTATTGCCGTCGCCGCCGCCACCGCTGCGGTAGCGGAGGCTGCTGTTGCCGCCGCTCAGGCCGCCGCCGCTGTGGTCCACCTCACAAGCAGCGGGCGGAACATTTCCGCTGCCGGAAGTGGTTACGCCACGGCTTGCGTTAGTCAGAATGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

299 aa · TkAUNG039270|TK1151|PROTEIN

PRAKKKWSNFGKSHNERDRHKSQHAVSEDDDEASKHAIAVAAATAAVAEAAVAAAQAAAAVVHLTSSGRNISAAGSGYATACVSQNGAGYRSPEEWAAVTIQSHFRAYLSRRALRALKALVKLQALVRGHLVRKQTAYALRRLQALVRAQVRARAGRAQLYDSPHSSMKSSHFNHPGPATPEKFEQAIRARSIKHEQLVVLKRNGSKSSSSIDHDQEKSRASRMLVDNRMNGRLWEQGSFTRPLPTDDDRSDKILEVDMG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkAUNG039270`
TK1151 ID	TkAUNG039270
OH-1004 ID	LXL04_029639
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	41.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 83.946 / OH-1004 28.107 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkAUNG039270

位置 ChrUn:10950832-10953629 (-)

描述 Similar to MIZ1: Protein MIZU-KUSSEI 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g23060`	可能参与与钙调蛋白或类钙调蛋白的协同作用（通过相似性推测）。	暂无已核实直接文献
`At5g62070`	可能参与与钙调蛋白或类钙调蛋白的协同作用（通过相似性推测）。	暂无已核实直接文献
`At4g00820`	可能参与与钙调蛋白或类钙调蛋白的协同作用（通过相似性推测）。	暂无已核实直接文献
`At3g49260`	可能参与与钙调蛋白或类钙调蛋白的协同作用（通过相似性推测）。	Calcium channels activated by hydrogen peroxide mediate abscisic acid signalling in guard cells.2000 · DOI: 10.1038/35021067 A defined range of guard cell calcium oscillation parameters encodes stomatal movements.2001 · DOI: 10.1038/35082575 CO(2) signaling in guard cells: calcium sensitivity response modulation, a Ca(2+)-independent phase, and CO(2) insensitivity of the gca2 mutant.2006 · DOI: 10.1073/pnas.0602225103 Combinatorial interactions of multiple cis-elements regulating the induction of the Arabidopsis XERO2 dehydrin gene by abscisic acid and cold.2008 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2007.03399.x Calcium elevation-dependent and attenuated resting calcium-dependent abscisic acid induction of stomatal closure and abscisic acid-induced enhancement of calcium sensitivities of S-type anion and inward-rectifying K channels in Arabidopsis guard cells.2009 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2009.03872.x
`At1g01110`	可能参与与钙调蛋白或类钙调蛋白的协同作用（通过相似性推测）。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_029639 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009658 chloroplast organization 生物过程

GO:0009739 response to gibberellin 生物过程

GO:0010091 trichome branching 生物过程

GO:0010274 hydrotropism 生物过程

GO:0051592 response to calcium ion 生物过程

GO:1901020 negative regulation of calcium ion transmembrane transporter activity 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G41660

ath:AT4G14750

ath:AT4G23060

ath:AT5G07240

ath:AT5G62070

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.387

排名 1 · TkAUNG039270 · TK1151

细胞膜0.374

排名 2 · TkAUNG039270 · TK1151

细胞核0.364

排名 3 · TkAUNG039270 · TK1151

内质网0.059

排名 4 · TkAUNG039270 · TK1151

高尔基体0.040

排名 5 · TkAUNG039270 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF26137Toxin_SdpC22-64 aa

PF25848Rodlin35-94 aa

PF24609IQ_SCN5A_C91-118 aa

PF00612IQ96-115 aa

PF00612IQ118-135 aa

PF26137Toxin_SdpC138-154 aa

PF00612IQ143-149 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkAUNG039270	`PF26137`	Toxin_SdpC	22	64	0.59	10.8
TkAUNG039270	`PF25848`	Rodlin	35	94	4.3	7.9
TkAUNG039270	`PF24609`	IQ_SCN5A_C	91	118	0.0091	16.2
TkAUNG039270	`PF00612`	IQ	96	115	2.3e-10	40.0
TkAUNG039270	`PF00612`	IQ	118	135	2.3e-10	40.0
TkAUNG039270	`PF26137`	Toxin_SdpC	138	154	0.59	10.8
TkAUNG039270	`PF00612`	IQ	143	149	2.3e-10	40.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q2NNE0`	拟南芥	sp\|Q2NNE0\|IQD22_ARATH Protein IQ-DOMAIN 22	45.000%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9FIT1`	拟南芥	sp\|Q9FIT1\|IQD23_ARATH Protein IQ-DOMAIN 23	47.700%	Swiss-Prot	低置信
`F4JHN2`	拟南芥	sp\|F4JHN2\|IQD17_ARATH Protein IQ-DOMAIN 17	50.000%	Swiss-Prot	低置信
`Q9ASW3`	拟南芥	sp\|Q9ASW3\|IQD21_ARATH Protein IQ-DOMAIN 21	61.300%	Swiss-Prot	低置信
`Q9MAM4`	拟南芥	sp\|Q9MAM4\|IQD18_ARATH Protein IQ-DOMAIN 18	56.500%	Swiss-Prot	低置信

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