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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA08G106930
当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 27836309-27839502 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1831 bp · TkA08G106930|TK1151|cDNA

ATGATTGATTTATGTACAAACCGTGAATGGATATCCTTAGGATCATGTGATTGGAGTCGTTATGACACCTCTTTTGTTACAAGTTTGTTACTTCAACAAGCATACGATCGCCAGCCGTACGTTCCGGCCATTCTCCGGAAACTGATCCGTTTAGCTTTATCTCACTTTCTATATTGTATAGGAATCCGATGTTTGAAATCGTTCCCTGGCACGATGAGTCAGGTATTCGACGGATATGAGCGTCAATACTGCGAGATTTC...

CDS

下载 CDS FASTA

873 bp · TkA08G106930|TK1151|CDS

ATGATTGATTTATGTACAAACCGTGAATGGATATCCTTAGGATCATGTGATTGGAGTCGTTATGACACCTCTTTTGTTACAAGTTTGTTACTTCAACAAGCATACGATCGCCAGCCGTACGTTCCGGCCATTCTCCGGAAACTGATCCGTTTAGCTTTATCTCACTTTCTATATTGTATAGGAATCCGATGTTTGAAATCGTTCCCTGGCACGATGAGTCAGGTATTCGACGGATATGAGCGTCAATACTGCGAGATTTC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

290 aa · TkA08G106930|TK1151|PROTEIN

MIDLCTNREWISLGSCDWSRYDTSFVTSLLLQQAYDRQPYVPAILRKLIRLALSHFLYCIGIRCLKSFPGTMSQVFDGYERQYCEISANLSHLCTSASVADGEQKKQKVSEIAEGIDEADALLRKMDLEARSMPAGIKASLLAKIREYRNDLNTLKTEMKKLNSTNPSARDDLLESGRPDSMQVSADQRGRLMMSTERLNKSTDRVKESRRAMMETEELGVSILHDLHQQRQSLLHANNTLHGVDDSIGRGKKILTNMSR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA08G106930
TK1151 IDTkA08G106930
OH-1004 IDLXL04_031441
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)99.100
蛋白覆盖度 (%)TK1151 77.931 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA08G106930
位置Chr08:27836309-27839502 (-)
描述Similar to VTI13: Vesicle transport v-SNARE 13
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g29100 可能作为v-SNARE，负责靶向分泌途径相关小泡（通过同源）。
SNARE VTI13 plays a unique role in endosomal trafficking pathways associated with the vacuole and is essential for cell wall organization and root hair growth in arabidopsis.2014 · DOI: 10.1093/aob/mcu041
At5g39510 作为一种v-SNARE，负责将含AtELP的小泡从反式高尔基体网络（TGN）定向至前液泡室（PVC），并介导脂质体融合。
The plant vesicle-associated SNARE AtVTI1a likely mediates vesicle transport from the trans-Golgi network to the prevacuolar compartment.1999 · DOI: 10.1091/mbc.10.7.2251
SGR2, a phospholipase-like protein, and ZIG/SGR4, a SNARE, are involved in the shoot gravitropism of Arabidopsis.2002 · DOI: 10.1105/tpc.010215
Involvement of the vacuoles of the endodermis in the early process of shoot gravitropism in Arabidopsis.2002 · DOI: 10.1105/tpc.010216
Conversion of functional specificity in Qb-SNARE VTI1 homologues of Arabidopsis.2005 · DOI: 10.1016/j.cub.2005.02.021
Divergent functions of VTI12 and VTI11 in trafficking to storage and lytic vacuoles in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1073/pnas.0611147104
The occurrence of 'bulbs', a complex configuration of the vacuolar membrane, is affected by mutations of vacuolar SNARE and phospholipase in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2011.04665.x
Functional redundancy between trans-Golgi network SNARE family members in Arabidopsis thaliana.2013 · DOI: 10.1186/1471-2091-14-22
Mutations in the SGR4, SGR5 and SGR6 loci of Arabidopsis thaliana alter the shoot gravitropism.1997 · DOI: 10.1093/oxfordjournals.pcp.a029201
At1g26670 与 SYP41 或 SYP61 中的任意一个一起，需要用于膜融合；包含 SYP41 或 SYP61 和 VTI12 的磷脂囊泡的融合由 YKT61 和 YKT62 触发。
Conversion of functional specificity in Qb-SNARE VTI1 homologues of Arabidopsis.2005 · DOI: 10.1016/j.cub.2005.02.021
YKT6 is a core constituent of membrane fusion machineries at the Arabidopsis trans-Golgi network.2005 · DOI: 10.1016/j.jmb.2005.04.061
Divergent functions of VTI12 and VTI11 in trafficking to storage and lytic vacuoles in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1073/pnas.0611147104
Functional redundancy between trans-Golgi network SNARE family members in Arabidopsis thaliana.2013 · DOI: 10.1186/1471-2091-14-22

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_031441 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006623 protein targeting to vacuole 生物过程
GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程
GO:0006888 endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport 生物过程
GO:0006891 intra-Golgi vesicle-mediated transport 生物过程
GO:0006896 Golgi to vacuole transport 生物过程
GO:0006906 vesicle fusion 生物过程
GO:0006914 autophagy 生物过程
GO:0009630 gravitropism 生物过程
GO:0009664 plant-type cell wall organization 生物过程
GO:0016189 synaptic vesicle to endosome fusion 生物过程
GO:0016236 macroautophagy 生物过程
GO:0032456 endocytic recycling 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G26670
ath:AT3G29100
ath:AT5G39510
hsa:143187
mmu:53611
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

高尔基体0.502
排名 1 · TkA08G106930 · TK1151
内质网0.264
排名 2 · TkA08G106930 · TK1151
细胞质0.215
排名 3 · TkA08G106930 · TK1151
溶酶体／液泡0.142
排名 4 · TkA08G106930 · TK1151
细胞膜0.097
排名 5 · TkA08G106930 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01757Acyl_transf_329-74 aa
PF03908Sec2046-60 aa
PF05008V-SNARE72-162 aa
PF27021BOS1_GOSR2_MEM11-like_N72-173 aa
PF24915Spectrin_SESTD190-128 aa
PF10595FAM161A_B96-215 aa
PF07926TPR_MLP1_2103-124 aa
PF02601Exonuc_VII_L103-241 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA08G106930PF01757Acyl_transf_329740.1811.6
TkA08G106930PF03908Sec2046601.8e-0834.9
TkA08G106930PF05008V-SNARE721624.3e-30104.7
TkA08G106930PF27021BOS1_GOSR2_MEM11-like_N721730.004817.9
TkA08G106930PF24915Spectrin_SESTD1901283.18.9
TkA08G106930PF10595FAM161A_B962150.112.3
TkA08G106930PF07926TPR_MLP1_21031240.2412.1
TkA08G106930PF02601Exonuc_VII_L1032412.18.4
TkA08G106930PF12352V-SNARE_C1061272.2e-2176.6
TkA08G106930PF00435Spectrin1061880.008917.2
TkA08G106930PF14362DUF44071232890.05613.4
TkA08G106930PF03908Sec201371641.8e-0834.9
TkA08G106930PF07926TPR_MLP1_21391760.2412.1
TkA08G106930PF13997YqjK1411490.06614.4
TkA08G106930PF19012DUF57411441600.01715.7
TkA08G106930PF12352V-SNARE_C1491642.2e-2176.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LVP9拟南芥sp|Q9LVP9|VTI13_ARATH Vesicle transport v-SNARE 1364.700%Swiss-Prot高置信
Q9SEL6拟南芥sp|Q9SEL6|VTI11_ARATH Vesicle transport v-SNARE 1164.300%Swiss-Prot高置信
Q9SEL5拟南芥sp|Q9SEL5|VTI12_ARATH Vesicle transport v-SNARE 1264.000%Swiss-Prot高置信

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