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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA08G003540
当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 903739-905393 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1075 bp · TkA08G003540|TK1151|cDNA

TAAACAAATAAACAAACAACCCACCCAATCCCACTACTAATATGGAAATGGTGCATCTTTGATTTCACAACAGTAAAGTCAAAAAGCAAATCCCCTTGCCTCATTATACAAATCAAACTCACCAAATAAAGCCAAACGAAGCACAGGAAAAGGAATTTCAAAACATTCTTTCCTGCTTTAAATTACAACTTCATTTGCTCCCATCCCATGCCATGGATGCTGCTCAATGGGCAAAGGATGTTACAAGTAATGGAAGTTAT...

CDS

下载 CDS FASTA

666 bp · TkA08G003540|TK1151|CDS

ATGGATGCTGCTCAATGGGCAAAGGATGTTACAAGTAATGGAAGTTATCAAGTGGAAGAGAAGAAGGTAATAAAGCCACCACAAGAAGAAGTGCTTAACTGTCCAAGATGCAATTCCACCAACACCAAGTTCTGTTACTACAACAATTACAGCTTAACTCAACCGCGATACTTCTGTAAAGCCTGCAAGAGGTACTGGACTAAAGGTGGGTCCCTCAGAAGCGTTCCTGTTGGAGGTGGCTCAAGAAAGAACAAGAGATC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

221 aa · TkA08G003540|TK1151|PROTEIN

MDAAQWAKDVTSNGSYQVEEKKVIKPPQEEVLNCPRCNSTNTKFCYYNNYSLTQPRYFCKACKRYWTKGGSLRSVPVGGGSRKNKRSVPKPIDLSHLSSQNSPTQQQQQQQDYHNNLGFSQFLKLPKIENTNANFLSSSQDLNSFTSDSMFNGTRFSLQDLKPTLGFPFQGNGSFQEDGERMMLPFGVLNQQHPSMETSAQNMGLGNSVGYWSGDSSALYN

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA08G003540
TK1151 IDTkA08G003540
OH-1004 IDLXL04_021575
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)54.200
蛋白覆盖度 (%)TK1151 45.249 / OH-1004 38.944
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA08G003540
位置Chr08:903739-905393 (+)
描述Similar to DOF4.6: Dof zinc finger protein DOF4.6
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g55370 与 5'-AA[AG]G-3' 共有核心序列特异性结合的转录因子。
Target genes for OBP3, a Dof transcription factor, include novel basic helix-loop-helix domain proteins inducible by salicylic acid.2003 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2003.01812.x
At2g46590 特异性参与种子萌发母本调控的转录因子。 暂无已核实直接文献
At3g61850 特异性参与种子萌发母本调控的转录因子。 暂无已核实直接文献
At5g60200 转录因子，能够特异性结合5'-AA[AG]G-3'共识核心序列（通过相似性推测）。
Mobile PEAR transcription factors integrate positional cues to prime cambial growth.2019 · DOI: 10.1038/s41586-018-0839-y

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os04g0567800 可能在发育中的种子中转录激活种子储存蛋白基因的转录因子。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021575 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0009639 response to red or far red light 生物过程
GO:0009640 photomorphogenesis 生物过程
GO:0009845 seed germination 生物过程
GO:0010087 phloem or xylem histogenesis 生物过程
GO:0045892 negative regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0048364 root development 生物过程
GO:0090057 root radial pattern formation 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0000976 transcription cis-regulatory region binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G55370
ath:AT3G61850
ath:AT4G24060
ath:AT5G60200
dosa:Os04g0567800
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.977
排名 1 · TkA08G003540 · TK1151
细胞质0.097
排名 2 · TkA08G003540 · TK1151
细胞膜0.020
排名 3 · TkA08G003540 · TK1151
内质网0.014
排名 4 · TkA08G003540 · TK1151
质体0.009
排名 5 · TkA08G003540 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23451Zn_ribbon_PaaD26-63 aa
PF02701Zn_ribbon_Dof30-86 aa
PF12760Zn_ribbon_IS159533-64 aa
PF27208TP_021434-64 aa
PF25105DUF781395-168 aa
PF02701Zn_ribbon_Dof109-121 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA08G003540PF23451Zn_ribbon_PaaD26630.0007519.8
TkA08G003540PF02701Zn_ribbon_Dof30861.3e-33115.7
TkA08G003540PF12760Zn_ribbon_IS159533641.59.6
TkA08G003540PF27208TP_021434640.09213.2
TkA08G003540PF25105DUF7813951680.01915.0
TkA08G003540PF02701Zn_ribbon_Dof1091211.3e-33115.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9M2U1拟南芥sp|Q9M2U1|DOF36_ARATH Dof zinc finger protein DOF3.647.600%Swiss-Prot中等置信
Q9ZPY0拟南芥sp|Q9ZPY0|DOF25_ARATH Dof zinc finger protein DOF2.548.600%Swiss-Prot中等置信
Q43385拟南芥sp|Q43385|DOF37_ARATH Dof zinc finger protein DOF3.788.500%Swiss-Prot低置信
Q84TE9拟南芥sp|Q84TE9|DOF53_ARATH Dof zinc finger protein DOF5.380.600%Swiss-Prot低置信
Q9SXG8水稻sp|Q9SXG8|DOF1_ORYSJ Dof zinc finger protein 183.600%Swiss-Prot低置信

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