TkA06G479610 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G479610

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 118842953-118845843 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1920 bp · TkA06G479610|TK1151|cDNA

CCAAAAAAAAAAACTCTAAACCCTAAACATACATGGGCTTTTGATCCACCCATTTGTATTGTTTGGCCCGACACGCAACTCCAGTCCACTATTAGTCCTCATTTCCCGCCAAAAAGTCATTCTTCGTCCCCATTTAGGCGCCAAATCTCATCTCCGCTTTCCCGCGACTTCATCTACTTCCTCTTCTTCGCCTCTCTCTTTCTACCACTCACTGTCTCTCTCAGATATCTTTATTGTTTGAATTGCTAAAACCACCGGCA...

CDS

下载 CDS FASTA

1407 bp · TkA06G479610|TK1151|CDS

ATGAAGGACGTCGATTTTAGCCGGGACAAAGATCTGGCGAAGGATTTTCTACAAAACTTCGCCGATGCAGAGGGCGAAGCGAAATATATCAGCATCCTTCAAGATGTCGCCATTAGGAAAGTCAAAGCAATAGAAATTGACCTTGGAGACCTGTTTGATTACAAGGATTTGGACGAGGAGTTTGTGGGACAAGTTACCGAGAACACCCGGAGATATGTTGGATTTTTTGCCGATGCCATTGATGAGTTGATCCCTGAGCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

468 aa · TkA06G479610|TK1151|PROTEIN

MKDVDFSRDKDLAKDFLQNFADAEGEAKYISILQDVAIRKVKAIEIDLGDLFDYKDLDEEFVGQVTENTRRYVGFFADAIDELIPEPTEAFQDDDLDILMTQRAEEGNDNADGTDPIFFMKYLTFWCNFTRIGNERSILCGLPLKPPKDFRLLLDEELGLILKLRGKIIGWIHEGFQTFFRQLDDQLLLVSGQQEHMVLADKVPAGVVLVISHLSLFIERDAISRITEEIGSSLALSGGRGYEYSPDFVPGEVRNTFRSA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G479610`
TK1151 ID	TkA06G479610
OH-1004 ID	LXL04_022527
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	93.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 79.915 / OH-1004 26.342 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G479610

位置 Chr06:118842953-118845843 (-)

描述 Similar to VPS51: Vacuolar protein sorting-associated protein 51 homolog

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g02030`	作为GARP复合体的一个组成部分，参与从早期和晚期内体到反式高尔基体网络（TGN）的逆行转运。	Arabidopsis UNHINGED encodes a VPS51 homolog and reveals a role for the GARP complex in leaf shape and vein patterning.2014 · DOI: 10.1242/dev.099333
`At4g02060`	推测是MCM2-7复合物（MCM复合物）的组成部分，可能作为DNA解旋酶功能，对真核细胞每个细胞周期进行一次复制起始和延伸是必需的（通过相似性）。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: B8BMI1`	MCM2-7 复合物（MCM 复合物）的可能组成部分，可充当 DNA 解旋酶，对于真核细胞中每个细胞周期进行单轮复制起始和延伸至关重要。	暂无已核实直接文献
`Os12g0560700`	MCM2-7 复合物（MCM 复合物）的可能组成部分，可充当 DNA 解旋酶，对于真核细胞中每个细胞周期进行单轮复制起始和延伸至关重要。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022527 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000727 double-strand break repair via break-induced replication 生物过程

GO:0006270 DNA replication initiation 生物过程

GO:0006271 DNA strand elongation involved in DNA replication 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006869 lipid transport 生物过程

GO:0006914 autophagy 生物过程

GO:0007030 Golgi organization 生物过程

GO:0007034 vacuolar transport 生物过程

GO:0007041 lysosomal transport 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0010182 sugar mediated signaling pathway 生物过程

GO:0010305 leaf vascular tissue pattern formation 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G02030

ath:AT4G02060

dme:Dmel_CG15087

dosa:Os12g0560700

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.508

排名 1 · TkA06G479610 · TK1151

细胞核0.342

排名 2 · TkA06G479610 · TK1151

高尔基体0.127

排名 3 · TkA06G479610 · TK1151

细胞膜0.115

排名 4 · TkA06G479610 · TK1151

溶酶体／液泡0.090

排名 5 · TkA06G479610 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14551MCM_N13-93 aa

PF28487WIP_coiled_coil39-55 aa

PF14551MCM_N252-268 aa

PF15469Sec5252-419 aa

PF01770Folate_carrier318-419 aa

PF28487WIP_coiled_coil343-377 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G479610	`PF14551`	MCM_N	13	93	1.3e-10	42.2
TkA06G479610	`PF28487`	WIP_coiled_coil	39	55	0.078	13.6
TkA06G479610	`PF14551`	MCM_N	252	268	1.3e-10	42.2
TkA06G479610	`PF15469`	Sec5	252	419	0.0098	14.8
TkA06G479610	`PF01770`	Folate_carrier	318	419	0.25	10.7
TkA06G479610	`PF28487`	WIP_coiled_coil	343	377	0.078	13.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q0WQ75`	拟南芥	sp\|Q0WQ75\|VPS51_ARATH Vacuolar protein sorting-associated protein 51 homolog	56.700%	Swiss-Prot	中等置信
`P43299`	拟南芥	sp\|P43299\|MCM7_ARATH DNA replication licensing factor MCM7	66.400%	Swiss-Prot	低置信
`B8BMI1`	水稻	sp\|B8BMI1\|MCM7_ORYSI DNA replication licensing factor MCM7	63.600%	Swiss-Prot	低置信
`Q2QNM1`	水稻	sp\|Q2QNM1\|MCM7_ORYSJ DNA replication licensing factor MCM7	63.600%	Swiss-Prot	低置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情