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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA06G477730
当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 118355400-118357986 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

993 bp · TkA06G477730|TK1151|cDNA

GTTGTGGCTGAGATTTCTCCTCGCTTCTTTGCCCCAAACTCTCGTCTCTCGTCGGCTCAACTCACTTGGCTTTTATTCTTTTACTCTCTTCTTCCTTTCTTCTCTCCATCCTTGCATCTTTTCCTTTTCTTCCTCGGGTTTCGATCCTTCAGATTTGGGTTTAACTACCGTTGCCTGAATATATTCGTATTCGTCGTGCCGTCATGGAAGATATCCGATGATATGAATCCTGTTCATGCTCATCAGATTCCAGATCGAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

993 bp · TkA06G477730|TK1151|CDS

GTTGTGGCTGAGATTTCTCCTCGCTTCTTTGCCCCAAACTCTCGTCTCTCGTCGGCTCAACTCACTTGGCTTTTATTCTTTTACTCTCTTCTTCCTTTCTTCTCTCCATCCTTGCATCTTTTCCTTTTCTTCCTCGGGTTTCGATCCTTCAGATTTGGGTTTAACTACCGTTGCCTGAATATATTCGTATTCGTCGTGCCGTCATGGAAGATATCCGATGATATGAATCCTGTTCATGCTCATCAGATTCCAGATCGAAA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

330 aa · TkA06G477730|TK1151|PROTEIN

VVAEISPRFFAPNSRLSSAQLTWLLFFYSLLPFFSPSLHLFLFFLGFRSFRFGFNYRCLNIFVFVVPSWKISDDMNPVHAHQIPDRNFNLCLQPWRVSSKVLLITTAKLFSCLDAARDERRLFYSLLVPEDLKQRWSPDGPLLIVWRNIEHKEHIGTKTAVQIRSHAQKFFTKLEKEAVAKGVPTRQALDMEIPPPRPKRKPNYPYPRKSHQPSLKPIPDPQVYFNILFMCIQSYSHLALLSLCTYQTTTHEHGDEHEEN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA06G477730
TK1151 IDTkA06G477730
OH-1004 IDLXL04_022535
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)78.800
蛋白覆盖度 (%)TK1151 51.212 / OH-1004 27.875
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA06G477730
位置Chr06:118355400-118357986 (+)
描述Similar to LHY: Protein LHY
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g01060 参与生物钟的转录因子。 暂无已核实直接文献
At2g46830 参与生物钟和光敏色素调节的转录因子。
Reciprocal regulation between TOC1 and LHY/CCA1 within the Arabidopsis circadian clock.2001 · DOI: 10.1126/science.1061320
Critical role for CCA1 and LHY in maintaining circadian rhythmicity in Arabidopsis.2002 · DOI: 10.1016/s0960-9822(02)00815-1
LHY and CCA1 are partially redundant genes required to maintain circadian rhythms in Arabidopsis.2002 · DOI: 10.1016/s1534-5807(02)00170-3
The circadian clock in Arabidopsis roots is a simplified slave version of the clock in shoots.2008 · DOI: 10.1126/science.1161403
CIRCADIAN CLOCK ASSOCIATED1 and LATE ELONGATED HYPOCOTYL function synergistically in the circadian clock of Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1104/pp.108.133272
Posttranslational regulation of CIRCADIAN CLOCK ASSOCIATED1 in the circadian oscillator of Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1104/pp.109.137414
FBH1 affects warm temperature responses in the Arabidopsis circadian clock.2014 · DOI: 10.1073/pnas.1416666111
Diurnal regulation of SDG2 and JMJ14 by circadian clock oscillators orchestrates histone modification rhythms in Arabidopsis.2019 · DOI: 10.1186/s13059-019-1777-1
Constitutive expression of the CIRCADIAN CLOCK ASSOCIATED 1 (CCA1) gene disrupts circadian rhythms and suppresses its own expression.1998 · DOI: 10.1016/s0092-8674(00)81464-6
At3g10113 可能的转录因子。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os08g0157600 转录因子参与分蘖生长和穗发育的调节。
The Rice Circadian Clock Regulates Tiller Growth and Panicle Development Through Strigolactone Signaling and Sugar Sensing.2020 · DOI: 10.1105/tpc.20.00289
Rice CIRCADIAN CLOCK ASSOCIATED 1 transcriptionally regulates ABA signaling to confer multiple abiotic stress tolerance.2022 · DOI: 10.1093/plphys/kiac196
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022535 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0007623 circadian rhythm 生物过程
GO:0009408 response to heat 生物过程
GO:0009409 response to cold 生物过程
GO:0010378 temperature compensation of the circadian clock 生物过程
GO:0010468 regulation of gene expression 生物过程
GO:0010597 green leaf volatile biosynthetic process 生物过程
GO:0042752 regulation of circadian rhythm 生物过程
GO:0042754 negative regulation of circadian rhythm 生物过程
GO:0043254 regulation of protein-containing complex assembly 生物过程
GO:0045892 negative regulation of DNA-templated transcription 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G01060
ath:AT2G46830
dosa:Os08g0157600
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.527
排名 1 · TkA06G477730 · TK1151
细胞质0.369
排名 2 · TkA06G477730 · TK1151
线粒体0.120
排名 3 · TkA06G477730 · TK1151
细胞膜0.066
排名 4 · TkA06G477730 · TK1151
内质网0.062
排名 5 · TkA06G477730 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13965SID-1_RNA_chan205-300 aa
PF06237SLC52_ribofla_tr220-299 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA06G477730PF13965SID-1_RNA_chan2053000.1211.7
TkA06G477730PF06237SLC52_ribofla_tr2202990.04613.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q6R0H1拟南芥sp|Q6R0H1|LHY_ARATH Protein LHY82.800%Swiss-Prot低置信
P92973拟南芥sp|P92973|CCA1_ARATH Protein CCA175.400%Swiss-Prot低置信
F4J2J6拟南芥sp|F4J2J6|RVE7L_ARATH Protein REVEILLE 7-like59.500%Swiss-Prot低置信
A0A0P0XBU0水稻sp|A0A0P0XBU0|CCA1_ORYSJ Protein CCA175.400%Swiss-Prot低置信

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