TkA06G464090 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G464090

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 114837266-114841379 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2479 bp · TkA06G464090|TK1151|cDNA

TAGAAACAGAAAAAACAAGAAATAAGAACACATCCGAATCGAGAAAATCAATCTAACAATTTCAATTCAATTAAAACTCATTAGATTCATAAAGCCCAAATCCGCCATTGCAGATCTCCATCCCTACCTCCCTAAACAACCGACAAACCACAATTTCCCACTAAAGCGTTGGTTCTTGAGAACATCTAGTGTTTCTCCCAAATCGCACTTCACTGCAACTTCTACGGACCACAATATCTCAATGTAATGAGACAAAGGTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1806 bp · TkA06G464090|TK1151|CDS

ATGCACGTCCCGTCTCTTTTTACAAAAAAAGTTATTGATGTCATCAAAGCCAATACTAATGATTTAGGACCTTTGAGCTTTGATTCTTTTCGAAAGAACAACTTGTCAGCTTCTTGGATACTTTCTGGGCAAGAATATGTGAGTCCTACTGAGATTCTGGAAACAGTTAAAAAACAGACCCCAACAGAGAAAGAGGAGAAACTTTTTTATGATGGTCATTCTCAATCTGTTGATACGCCTGCAAAGCTAGCAAGAAGGCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

601 aa · TkA06G464090|TK1151|PROTEIN

MHVPSLFTKKVIDVIKANTNDLGPLSFDSFRKNNLSASWILSGQEYVSPTEILETVKKQTPTEKEEKLFYDGHSQSVDTPAKLARRQLREKRRETRAAELVKKDDDVIIKLENAAIQRSKSVDSAVLGKYSIWRKENDNDNTDTTVRLVRDQIIMARVYKSIALMKNNTKLARELQNQIKESHRSLGDAAADADLNRSVSEKIKAMGQLLSKAKDQVYDCKLVTGKLRAMLQSADEQVRSLKKQSTFLSQLAAKTIPNGI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G464090`
TK1151 ID	TkA06G464090
OH-1004 ID	LXL04_022696
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.334 / OH-1004 87.923 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G464090

位置 Chr06:114837266-114841379 (-)

描述 Similar to GAUT1: Polygalacturonate 4-alpha-galacturonosyltransferase

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g61130`	参与果胶生物合成。	Functional identification of an Arabidopsis pectin biosynthetic homogalacturonan galacturonosyltransferase.2006 · DOI: 10.1073/pnas.0600120103
`At4g38270`	可能参与细胞壁中果胶和/或木聚糖的生物合成。	暂无已核实直接文献
`At2g46480`	可能参与细胞壁中果胶和/或木聚糖的生物合成。	暂无已核实直接文献
`At5g47780`	可能参与细胞壁中果胶和/或木聚糖的生物合成。	暂无已核实直接文献
`At3g25140`	Alpha-1-4-D-半乳糖醛酸基转移酶参与同型半乳糖醛酸合成，HGA 是一类在细胞粘附中发挥作用的果胶。	QUASIMODO1 is expressed in vascular tissue of Arabidopsis thaliana inflorescence stems, and affects homogalacturonan and xylan biosynthesis.2005 · DOI: 10.1007/s00425-005-0008-z

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022696 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007155 cell adhesion 生物过程

GO:0010289 homogalacturonan biosynthetic process 生物过程

GO:0045489 pectin biosynthetic process 生物过程

GO:0071555 cell wall organization 生物过程

GO:0000137 Golgi cis cisterna 细胞组分

GO:0000138 Golgi trans cisterna 细胞组分

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005768 endosome 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G46480

ath:AT3G25140

ath:AT3G61130

ath:AT4G38270

ath:AT5G47780

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

高尔基体0.594

排名 1 · TkA06G464090 · TK1151

内质网0.178

排名 2 · TkA06G464090 · TK1151

细胞质0.109

排名 3 · TkA06G464090 · TK1151

细胞膜0.097

排名 4 · TkA06G464090 · TK1151

细胞外0.091

排名 5 · TkA06G464090 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13094CENP-Q79-186 aa

PF25557GAUT_1142-218 aa

PF13094CENP-Q196-244 aa

PF01501Glyco_transf_8262-574 aa

PF18404Glyco_transf_24409-456 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G464090	`PF13094`	CENP-Q	79	186	0.66	10.8
TkA06G464090	`PF25557`	GAUT_1	142	218	1.2e-29	103.1
TkA06G464090	`PF13094`	CENP-Q	196	244	0.66	10.8
TkA06G464090	`PF01501`	Glyco_transf_8	262	574	1.2e-83	281.3
TkA06G464090	`PF18404`	Glyco_transf_24	409	456	0.00015	22.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LE59`	拟南芥	sp\|Q9LE59\|GAUT1_ARATH Polygalacturonate 4-alpha-galacturonosyltransferase	77.700%	Swiss-Prot	高置信
`Q0WQD2`	拟南芥	sp\|Q0WQD2\|GAUT3_ARATH Probable galacturonosyltransferase 3	53.200%	Swiss-Prot	高置信
`Q9ZPZ1`	拟南芥	sp\|Q9ZPZ1\|GAUT2_ARATH Putative galacturonosyltransferase 2	56.800%	Swiss-Prot	高置信
`Q93ZX7`	拟南芥	sp\|Q93ZX7\|GAUT4_ARATH Probable galacturonosyltransferase 4	61.400%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LSG3`	拟南芥	sp\|Q9LSG3\|GAUT8_ARATH Galacturonosyltransferase 8	55.500%	Swiss-Prot	中等置信

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