TkA06G039100 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G039100

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 10529263-10532866 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

601 bp · TkA06G039100|TK1151|cDNA

GGGAAGGGGGAGAGATTCCATTTGCCAAATGTGCGAAAGAAAACGAGAAAAAGAGGATTCTCAGATTGGGTGAAATTATCTTTTTACGAATTACAAACCTCTTCGAATCGATTCCAAATTTAGAAATTACTTACTTGGTAGTAGCAGTGTTTGCGTTCGTGGGGGTTTTTGGTTTTTAGTTTTTACACAGCTGCTCACTGTCAATTCGCCAAATTCATTCCCGATTCAGCAATCCAAGATACAGGAAAAATGCGATTCTG...

CDS

下载 CDS FASTA

1446 bp · TkA06G039100|TK1151|CDS

ATGGACGGCGGTGGTGATGTGGCTATGACTCCAGCTGGCTTGGACTGGAAATTCTCTCAGGTTTTTGGTGAACGAGCTGCAGGAGAAGAGGTTCAAGAAGTTGATGTGATTTCAGCAATAGAATTTGATAAAGCTGGCGATCATCTTGCAACTGGAGATCGTGGGGGCCGTGTGGTTTTATTTGAAAGAACTGATCAAACAAATTATGGTGTTCATAGAAGAGTTCTAGAAGGAATGGATTGTTCAAGTAGTCGTCACCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

481 aa · TkA06G039100|TK1151|PROTEIN

MDGGGDVAMTPAGLDWKFSQVFGERAAGEEVQEVDVISAIEFDKAGDHLATGDRGGRVVLFERTDQTNYGVHRRVLEGMDCSSSRHPEYRYKTEFQSHEPEFDYLKSLEIEEKINKIKWCQTANSSLFLLSTNDKTIKFWKVQEKKIKKICNFNLDPSKQLRNGFICSSNAPTSLRLPMVTSHDTSLLARCRRTFAHAHDYHINSISNNSDGETFISADDLRINLWNLEINSQSFNIVDMKPANMEDLTEVITSADFHPS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G039100`
TK1151 ID	TkA06G039100
OH-1004 ID	LXL04_025981
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G039100

位置 Chr06:10529263-10532866 (+)

描述 Similar to PP2AB2: Serine/threonine protein phosphatase 2A 55 kDa regulatory subunit B beta isoform

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g17720`	B调节亚基可能调节底物选择性和催化活性，也可能将催化酶定位到特定亚细胞区室。	暂无已核实直接文献
`At1g51690`	B调节亚基可能调节底物选择性和催化活性，也可能将催化酶定位到特定亚细胞区室。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: A2X2K3`	B调节亚基可能调节底物选择性和催化活性，也可能将催化酶定位到特定亚细胞区室。	暂无已核实直接文献
`Os02g0224200`	B调节亚基可能调节底物选择性和催化活性，也可能将催化酶定位到特定亚细胞区室。	暂无已核实直接文献
`Os06g0563300`	B调节亚基可能调节底物选择性和催化活性，也可能将催化酶定位到特定亚细胞区室。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025981 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006470 protein dephosphorylation 生物过程

GO:0000159 protein phosphatase type 2A complex 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0019888 protein phosphatase regulator activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G17720

ath:AT1G51690

dosa:Os02g0224200

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.753

排名 1 · TkA06G039100 · TK1151

细胞质0.263

排名 2 · TkA06G039100 · TK1151

细胞膜0.053

排名 3 · TkA06G039100 · TK1151

溶酶体／液泡0.044

排名 4 · TkA06G039100 · TK1151

高尔基体0.034

排名 5 · TkA06G039100 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23726Beta-prop_RSE1_2nd16-169 aa

PF24782WD40_MABP1-WDR62_2nd27-64 aa

PF23098Beta-prop_NOL10_N29-62 aa

PF23409Beta-prop_EML29-134 aa

PF23775Beta-prop_RIG_2nd32-69 aa

PF12894ANAPC4_WD4032-63 aa

PF24807WD40_CDC20-Fz33-67 aa

PF24814WD40_Prp1934-65 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G039100	`PF23726`	Beta-prop_RSE1_2nd	16	169	0.0028	17.7
TkA06G039100	`PF24782`	WD40_MABP1-WDR62_2nd	27	64	6.8e-05	22.7
TkA06G039100	`PF23098`	Beta-prop_NOL10_N	29	62	3.4e-06	27.2
TkA06G039100	`PF23409`	Beta-prop_EML	29	134	0.00021	21.6
TkA06G039100	`PF23775`	Beta-prop_RIG_2nd	32	69	1.1e-06	29.1
TkA06G039100	`PF12894`	ANAPC4_WD40	32	63	7e-05	23.7
TkA06G039100	`PF24807`	WD40_CDC20-Fz	33	67	4.7e-08	33.4
TkA06G039100	`PF24814`	WD40_Prp19	34	65	2.8e-12	47.0
TkA06G039100	`PF24817`	WD40_WDHD1_1st	34	67	3.6e-08	33.7
TkA06G039100	`PF23414`	Beta-prop_EML_2	34	63	4.9e-06	26.8
TkA06G039100	`PF25175`	Beta-prop_WDR5	36	62	5.7e-15	56.1
TkA06G039100	`PF23381`	Beta-prop_IFT122_1st	36	71	1.2e-11	45.2
TkA06G039100	`PF23393`	Beta-prop_WDR90_POC16_2nd	36	72	8.2e-05	22.7
TkA06G039100	`PF23383`	Beta-prop_IFT140_1st	36	65	0.00011	21.7
TkA06G039100	`PF25171`	Beta-prop_WDR36-Utp21_1st	36	67	0.02	15.0
TkA06G039100	`PF00400`	WD40	37	61	3e-17	63.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q39247`	拟南芥	sp\|Q39247\|2ABB_ARATH Serine/threonine protein phosphatase 2A 55 kDa regulatory subunit B beta isoform	72.400%	Swiss-Prot	高置信
`Q38821`	拟南芥	sp\|Q38821\|2ABA_ARATH Serine/threonine protein phosphatase 2A 55 kDa regulatory subunit B alpha isoform	69.200%	Swiss-Prot	高置信
`A2X2K3`	水稻	sp\|A2X2K3\|2ABB_ORYSI Serine/threonine protein phosphatase 2A 55 kDa regulatory subunit B beta isoform	72.300%	Swiss-Prot	高置信
`Q0E2P1`	水稻	sp\|Q0E2P1\|2ABB_ORYSJ Serine/threonine protein phosphatase 2A 55 kDa regulatory subunit B beta isoform	72.300%	Swiss-Prot	高置信
`Q5Z8Z7`	水稻	sp\|Q5Z8Z7\|2ABA_ORYSJ Serine/threonine protein phosphatase 2A 55 kDa regulatory subunit B alpha isoform	70.900%	Swiss-Prot	高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情