TkA06G012430 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G012430

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 3233454-3238263 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2852 bp · TkA06G012430|TK1151|cDNA

TTACCCAATAATAATACACCAATCCAGATCCTAACCAGTCCTCAAATCAGGCTGGAAAACGAGCAAGAGAAAAACAGAAGGTCGGCATCTTCCTTCTTCATTCGAGCAAATCCTGCAAATAGTAAGAAGAAATACTAACGCCCTTTAGCACAAGGTTCTCAGCCACCAGGATTCTATTCAGAAAATAAACGCCACGACGCAAGGCAATTGGTTTTCAACTGCATCCAGTTGCTTTAATTGAAATCAAAATCATTATCTCT...

CDS

下载 CDS FASTA

2310 bp · TkA06G012430|TK1151|CDS

ATGGGACACGGTGATAAAAGTGGGAGACCTAGCAAGAAGCACAAATCATCATCATCCAAGGATGACTATAGAGCTGCAGCGTTTGAAGAAGAGGAAGCATATTATGCTGAAGAATTTGGTGATGATGATCGTGATGGAGATGGAGAAGGCAAAAAGAGAGATTTTACAAAATTGGAACTTAAAGCAGATCACGTGAATCGACCATTATGGGCCTGTGCAGATGGTCGAATATTTCTAGAAACATTTTCTCCGTTATATAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

769 aa · TkA06G012430|TK1151|PROTEIN

MGHGDKSGRPSKKHKSSSSKDDYRAAAFEEEEAYYAEEFGDDDRDGDGEGKKRDFTKLELKADHVNRPLWACADGRIFLETFSPLYKQAYDFLIAIAEPVCRPESMHEYNLTPHSLYAAVSVGLETETIISVLNKLSKTKLPKEMIDFIHASTANYGKVKLVLKKNRYLVESPFPDVLKRLLSDEVISRARISSEMGDDGFSVSRSAGEIDGRHEELLTEAQLAAAAEEKEAHSFEIDPAQVENVKQRCLPNALNYPMLE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G012430`
TK1151 ID	TkA06G012430
OH-1004 ID	LXL04_026422
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.610 / OH-1004 99.351 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G012430

位置 Chr06:3233454-3238263 (-)

描述 Similar to XPB1: General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPB1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g41370`	ATP依赖的3'-5' DNA解旋酶/转位酶；结合双链DNA而非单链DNA，以转位酶方式而非经典解旋酶方式解开DNA（通过相似性）。	The participation of AtXPB1, the XPB/RAD25 homologue gene from Arabidopsis thaliana, in DNA repair and plant development.2001 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2001.01162.x
`At5g41360`	ATP依赖的3'-5' DNA解旋酶/转位酶；结合双链DNA而非单链DNA，以转位酶方式而非经典解旋酶方式解开DNA（通过相似性）。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026422 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006265 DNA topological change 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006283 transcription-coupled nucleotide-excision repair 生物过程

GO:0006289 nucleotide-excision repair 生物过程

GO:0006362 transcription elongation by RNA polymerase I 生物过程

GO:0006366 transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006367 transcription initiation at RNA polymerase II promoter 生物过程

GO:0006974 DNA damage response 生物过程

GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程

GO:0008104 intracellular protein localization 生物过程

GO:0009411 response to UV 生物过程

GO:0009650 UV protection 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G41360

ath:AT5G41370

ddi:DDB_G0278729

dre:324323

mmu:13872

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.947

排名 1 · TkA06G012430 · TK1151

细胞质0.115

排名 2 · TkA06G012430 · TK1151

细胞膜0.019

排名 3 · TkA06G012430 · TK1151

线粒体0.019

排名 4 · TkA06G012430 · TK1151

内质网0.011

排名 5 · TkA06G012430 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13625Helicase_C_369-192 aa

PF04851ResIII282-439 aa

PF00176SNF2-rel_dom335-439 aa

PF00271Helicase_C384-402 aa

PF16203ERCC3_RAD25_C464-710 aa

PF04851ResIII497-517 aa

PF00271Helicase_C514-616 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G012430	`PF13625`	Helicase_C_3	69	192	6.3e-34	117.4
TkA06G012430	`PF04851`	ResIII	282	439	5.9e-18	66.0
TkA06G012430	`PF00176`	SNF2-rel_dom	335	439	5.8e-05	23.0
TkA06G012430	`PF00271`	Helicase_C	384	402	1.1e-13	52.1
TkA06G012430	`PF16203`	ERCC3_RAD25_C	464	710	2.5e-116	388.0
TkA06G012430	`PF04851`	ResIII	497	517	5.9e-18	66.0
TkA06G012430	`PF00271`	Helicase_C	514	616	1.1e-13	52.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q38861`	拟南芥	sp\|Q38861\|XPB1_ARATH General transcription and DNA repair factor IIH helicase/translocase subunit XPB1	86.100%	Swiss-Prot	高置信
`Q9FUG4`	拟南芥	sp\|Q9FUG4\|XPB2_ARATH General transcription and DNA repair factor IIH helicase/translocase subunit XPB2	87.600%	Swiss-Prot	高置信

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