TkA06G010610 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G010610

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 2745624-2747485 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1654 bp · TkA06G010610|TK1151|cDNA

AAAAATATCACTGTCTCCATCTCAAACCTTGCTACAAAAACCCATTCACCATCCACTTTTCCTTCAAACTCTCCCTTTCTTTAATTTCCCAATTTTACTTTTAAATATTATCTTTTTAACTCTATTTTCAAGAAAATGAGAGAAATTCTCCATGTACAAGCCGGACAATGCGGAAATCAGATCGGAGGGAAGTTTTGGGAGGTGGTGTGTGACGAGCACGGTATCGATGCCACCGGGAAATATGTCGGTAACAGCCATGT...

CDS

下载 CDS FASTA

1338 bp · TkA06G010610|TK1151|CDS

ATGAGAGAAATTCTCCATGTACAAGCCGGACAATGCGGAAATCAGATCGGAGGGAAGTTTTGGGAGGTGGTGTGTGACGAGCACGGTATCGATGCCACCGGGAAATATGTCGGTAACAGCCATGTCCAACTTGAAAGAGTGAATGTGTACTATAATGAGGCTAGCGGTGGTAGGTATGTACCTAGAGCTGTGTTGGTGGATCTTGAGCCTGGTACTATGGACAGTCTACGTACCGGACCCTATGGAAATATTTTTAGGCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

445 aa · TkA06G010610|TK1151|PROTEIN

MREILHVQAGQCGNQIGGKFWEVVCDEHGIDATGKYVGNSHVQLERVNVYYNEASGGRYVPRAVLVDLEPGTMDSLRTGPYGNIFRPDNFIFGQNGAGNNWAKGHYTEGAELIDSVLDVVRKEAENCDCLQGFQICHSLGGGTGSGMGTLLISKIREEYPDRMMLTFSVFPSPKVSDTVVEPYNATLSVHQLVENADECMVLDNEALYDICFRTLKLTNPSFGDLNHLISTTMSGVTCCLRFPGQLNSDLRKLAVNLIPF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G010610`
TK1151 ID	TkA06G010610
OH-1004 ID	LXL04_026449
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G010610

位置 Chr06:2745624-2747485 (+)

描述 Similar to TUBB1: Tubulin beta-1 chain

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

当前来源表未检出该物种的同源命中。

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0805900`	微管蛋白是微管的主要组成部分，微管是由横向关联的线性原纤维构成的圆柱结构，原纤维由α-和β-微管蛋白异二聚体组成。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026449 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000226 microtubule cytoskeleton organization 生物过程

GO:0000278 mitotic cell cycle 生物过程

GO:0007017 microtubule-based process 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005874 microtubule 细胞组分

GO:0003924 GTPase activity 分子功能

GO:0005200 structural constituent of cytoskeleton 分子功能

GO:0005525 GTP binding 分子功能

GO:0046872 metal ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用暂无功能描述

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.755

排名 1 · TkA06G010610 · TK1151

线粒体0.142

排名 2 · TkA06G010610 · TK1151

细胞核0.103

排名 3 · TkA06G010610 · TK1151

细胞膜0.037

排名 4 · TkA06G010610 · TK1151

高尔基体0.025

排名 5 · TkA06G010610 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF10644Misat_Tub_SegII2-74 aa

PF00091Tubulin3-211 aa

PF14881Tubulin_3120-174 aa

PF13809Tubulin_2135-176 aa

PF03953Tubulin_C261-382 aa

PF13809Tubulin_2306-350 aa

PF10644Misat_Tub_SegII421-442 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G010610	`PF10644`	Misat_Tub_SegII	2	74	0.001	20.0
TkA06G010610	`PF00091`	Tubulin	3	211	2.9e-65	220.9
TkA06G010610	`PF14881`	Tubulin_3	120	174	0.0026	18.2
TkA06G010610	`PF13809`	Tubulin_2	135	176	0.017	15.1
TkA06G010610	`PF03953`	Tubulin_C	261	382	1.7e-40	138.8
TkA06G010610	`PF13809`	Tubulin_2	306	350	0.017	15.1
TkA06G010610	`PF10644`	Misat_Tub_SegII	421	442	0.001	20.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P45960`	水稻	sp\|P45960\|TBB4_ORYSJ Tubulin beta-4 chain	94.400%	Swiss-Prot	高置信

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