TkA06G010510 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G010510

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 2703787-2715239 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

8300 bp · TkA06G010510|TK1151|cDNA

GGAAAAAAAGCTCAGAGTAGGAAGCCAATGGCGAACTTGTATAGTCTAGTTCACGAACTTCGTGAACGAATCGCAGCATCGTCCTCAACACCTCCCAACAAATCAGATGATACCTCTTTAGAGCTCCGATTTCGCGCCGTCATCCCGAATCTCCTCCAAGCCTACGTCGTCCCGCATTCCTCCGCTAACGAGAGGGAGGTGATTGCTGTACTGAAATTATTGACTCATACAGTCAATAATTTTCCAGGAGTTTTCTTCCA...

CDS

下载 CDS FASTA

8061 bp · TkA06G010510|TK1151|CDS

ATGGCGAACTTGTATAGTCTAGTTCACGAACTTCGTGAACGAATCGCAGCATCGTCCTCAACACCTCCCAACAAATCAGATGATACCTCTTTAGAGCTCCGATTTCGCGCCGTCATCCCGAATCTCCTCCAAGCCTACGTCGTCCCGCATTCCTCCGCTAACGAGAGGGAGGTGATTGCTGTACTGAAATTATTGACTCATACAGTCAATAATTTTCCAGGAGTTTTCTTCCATGGAAAGGCCAGTGCTATTTTACCTGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

2686 aa · TkA06G010510|TK1151|PROTEIN

MANLYSLVHELRERIAASSSTPPNKSDDTSLELRFRAVIPNLLQAYVVPHSSANEREVIAVLKLLTHTVNNFPGVFFHGKASAILPVICRILPFFAEPSFCSRHGVIFETLGSLLSLLRTGDRDAYRQFFEDVMGVVKDLKTIASTVNNTSKQEQEVFLRCFHDSLSGISNDSAFLVELPACNKPTNGFGILINLTGIARWQPFATWIIKVSCKCLTEGALNVEGLVNVPFVLAACKLLCYGDAALQMACFDLVRILGAV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G010510`
TK1151 ID	TkA06G010510
OH-1004 ID	LXL04_026443
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G010510

位置 Chr06:2703787-2715239 (+)

描述 Similar to ATR: Serine/threonine-protein kinase ATR

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g40820`	可能的丝氨酸/苏氨酸激酶。	ATR regulates a G2-phase cell-cycle checkpoint in Arabidopsis thaliana.2004 · DOI: 10.1105/tpc.018903 Ionizing radiation-dependent gamma-H2AX focus formation requires ataxia telangiectasia mutated and ataxia telangiectasia mutated and Rad3-related.2005 · DOI: 10.1091/mbc.e04-10-0890

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os06g0724700`	可能的丝氨酸/苏氨酸激酶。	暂无已核实直接文献
`UniProt: A2YH41`	可能的丝氨酸/苏氨酸激酶。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026443 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000077 DNA damage checkpoint signaling 生物过程

GO:0000723 telomere maintenance 生物过程

GO:0006139 nucleobase-containing compound metabolic process 生物过程

GO:0006260 DNA replication 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006282 regulation of DNA repair 生物过程

GO:0006302 double-strand break repair 生物过程

GO:0006303 double-strand break repair via nonhomologous end joining 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0006974 DNA damage response 生物过程

GO:0007004 telomere maintenance via telomerase 生物过程

GO:0008156 negative regulation of DNA replication 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G40820

hsa:545

xla:398197

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.653

排名 1 · TkA06G010510 · TK1151

细胞质0.282

排名 2 · TkA06G010510 · TK1151

细胞膜0.069

排名 3 · TkA06G010510 · TK1151

高尔基体0.066

排名 4 · TkA06G010510 · TK1151

内质网0.054

排名 5 · TkA06G010510 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF27497TP_0747_N311-342 aa

PF25030M-HEAT_ATR377-412 aa

PF27497TP_0747_N601-673 aa

PF02985HEAT616-636 aa

PF26235zf-KKT2_KKT3712-749 aa

PF02985HEAT752-773 aa

PF08064UME788-823 aa

PF02985HEAT881-901 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G010510	`PF27497`	TP_0747_N	311	342	0.049	14.1
TkA06G010510	`PF25030`	M-HEAT_ATR	377	412	7.2e-35	121.2
TkA06G010510	`PF27497`	TP_0747_N	601	673	0.049	14.1
TkA06G010510	`PF02985`	HEAT	616	636	0.86	10.8
TkA06G010510	`PF26235`	zf-KKT2_KKT3	712	749	0.064	14.1
TkA06G010510	`PF02985`	HEAT	752	773	0.86	10.8
TkA06G010510	`PF08064`	UME	788	823	2e-16	60.4
TkA06G010510	`PF02985`	HEAT	881	901	0.86	10.8
TkA06G010510	`PF08064`	UME	1086	1186	2e-16	60.4
TkA06G010510	`PF11865`	mTOR_dom	1112	1189	0.065	13.9
TkA06G010510	`PF23593`	HEAT_ATR	1166	1201	5.5e-31	107.1
TkA06G010510	`PF00454`	PI3_PI4_kinase	1197	1272	1.7e-56	192.6
TkA06G010510	`PF02260`	FATC	1234	1242	1.7e-13	50.7
TkA06G010510	`PF02985`	HEAT	1254	1271	0.86	10.8
TkA06G010510	`PF11865`	mTOR_dom	1324	1349	0.065	13.9
TkA06G010510	`PF02985`	HEAT	1376	1394	0.86	10.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FKS4`	拟南芥	sp\|Q9FKS4\|ATR_ARATH Serine/threonine-protein kinase ATR	60.400%	Swiss-Prot	高置信
`Q5Z987`	水稻	sp\|Q5Z987\|ATR_ORYSJ Serine/threonine-protein kinase ATR	57.800%	Swiss-Prot	高置信
`A2YH41`	水稻	sp\|A2YH41\|ATR_ORYSI Serine/threonine-protein kinase ATR	57.800%	Swiss-Prot	高置信

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