TkA05G436670 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G436670

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 109017865-109021456 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2958 bp · TkA05G436670|TK1151|cDNA

AAATTAATAGAAAGCTTCACACGACGTGAGTGACCCAATTTAAAGGAGAGTGAGAGAGAAAGTTCTGTTCTTTTCTTTATTAGTTTCCCAATCGTATCAAAAAATTTGGGAATTGAAAATTTGTTTTTTTATAATACAAGAATCTCACACTCATCATCTTCCCTATCAGAGTTCCTTTGTTCTTCGTTTTCCCGTCTCCATTTTTCCTCGCGATTTCATAAACTAATAAAATTTCGAATTCTATCAAGCTGCCGACGCTC...

CDS

下载 CDS FASTA

2292 bp · TkA05G436670|TK1151|CDS

ATGGTAGGAAAAGAAGATGAAGCTAGCGGGGACAGTAACACCATTGACAGTACTGGTTCACGACTGCATCATCCCATTCCAGGTAACAAAAAAATGTATTGGAGGTCTGCTTCATGGTCTTCTTCTCATGTATCATTACCACCACTCAATCCCGATAGTGTAAAAGACCCTTCAGATCCAAGCAACTCCGGGCAGATTCGAAGGTGTCCTGTCCCTCTAACTCCTAGATCATCAAACAGTAAAGGCCGTTCATTTCTCCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

763 aa · TkA05G436670|TK1151|PROTEIN

MVGKEDEASGDSNTIDSTGSRLHHPIPGNKKMYWRSASWSSSHVSLPPLNPDSVKDPSDPSNSGQIRRCPVPLTPRSSNSKGRSFLPPLSIARRSLDEWPRAGSDDVGEWPIPSTPSGERLKLDLSSLQKIPDKNASLVKRDKIAFFDKKCSKVAEHIFLGGDAVARDKSILKQHKITHILNCVGFVCPEYFKGHFVYRTLWLQDSPSEDITSILYDVFDYFEDVRDQNGKVFVHCCQGVSRSTSLVIAYRMWREGQSFD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G436670`
TK1151 ID	TkA05G436670
OH-1004 ID	LXL04_021977
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	98.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.607 / OH-1004 98.842 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G436670

位置 Chr05:109017865-109021456 (+)

描述 Similar to MKP1: Protein-tyrosine-phosphatase MKP1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g55270`	蛋白酪氨酸磷酸酶，通过去磷酸化并抑制 MPK6 和 MPK3，作为 MPK6 和 MPK3 信号的负调控因子。	Mitogen-activated protein kinase phosphatase is required for genotoxic stress relief in Arabidopsis.2001 · DOI: 10.1101/gad.192601 Distinct regulation of salinity and genotoxic stress responses by Arabidopsis MAP kinase phosphatase 1.2002 · DOI: 10.1093/emboj/cdf646 The role of NADPH oxidase and MAP kinase phosphatase in UV-B-dependent gene expression in Arabidopsis.2006 · DOI: 10.1111/j.1365-3040.2006.01555.x MAP kinase phosphatase1 and protein tyrosine phosphatase1 are repressors of salicylic acid synthesis and SNC1-mediated responses in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1105/tpc.109.067678 Arabidopsis MAP Kinase Phosphatase 1 (AtMKP1) negatively regulates MPK6-mediated PAMP responses and resistance against bacteria.2011 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2011.04588.x Arabidopsis MAP kinase phosphatase 1 is phosphorylated and activated by its substrate AtMPK6.2011 · DOI: 10.1007/s00299-011-1064-4 Arabidopsis MAP kinase phosphatase 1 and its target MAP kinases 3 and 6 antagonistically determine UV-B stress tolerance, independent of the UVR8 photoreceptor pathway.2011 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2011.04725.x

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021977 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006470 protein dephosphorylation 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0007162 negative regulation of cell adhesion 生物过程

GO:0008285 negative regulation of cell population proliferation 生物过程

GO:0009416 response to light stimulus 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0010224 response to UV-B 生物过程

GO:0010225 response to UV-C 生物过程

GO:0032355 response to estradiol 生物过程

GO:0032526 response to retinoic acid 生物过程

GO:0032870 cellular response to hormone stimulus 生物过程

GO:0033574 response to testosterone 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G55270

hsa:1843

mmu:19252

rno:114856

xla:380262

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.660

排名 1 · TkA05G436670 · TK1151

细胞核0.303

排名 2 · TkA05G436670 · TK1151

细胞膜0.082

排名 3 · TkA05G436670 · TK1151

高尔基体0.072

排名 4 · TkA05G436670 · TK1151

线粒体0.054

排名 5 · TkA05G436670 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00782DSPc158-288 aa

PF00102Y_phosphatase202-270 aa

PF22785Tc-R-P215-253 aa

PF22741PTP-NADK221-261 aa

PF25466MPK1_gelsolin_C329-351 aa

PF00626Gelsolin330-390 aa

PF25480DUF7904342-394 aa

PF25466MPK1_gelsolin_C376-392 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G436670	`PF00782`	DSPc	158	288	3.2e-25	89.2
TkA05G436670	`PF00102`	Y_phosphatase	202	270	0.00091	19.6
TkA05G436670	`PF22785`	Tc-R-P	215	253	0.024	15.9
TkA05G436670	`PF22741`	PTP-NADK	221	261	1.1e-05	25.7
TkA05G436670	`PF25466`	MPK1_gelsolin_C	329	351	2.8e-23	82.8
TkA05G436670	`PF00626`	Gelsolin	330	390	5.2e-06	26.9
TkA05G436670	`PF25480`	DUF7904	342	394	0.00046	20.7
TkA05G436670	`PF25466`	MPK1_gelsolin_C	376	392	2.8e-23	82.8
TkA05G436670	`PF22741`	PTP-NADK	654	698	1.1e-05	25.7
TkA05G436670	`PF25466`	MPK1_gelsolin_C	667	760	2.8e-23	82.8
TkA05G436670	`PF00626`	Gelsolin	672	756	5.2e-06	26.9
TkA05G436670	`PF25480`	DUF7904	726	760	0.00046	20.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C5S1`	拟南芥	sp\|Q9C5S1\|MKP1_ARATH Protein-tyrosine-phosphatase MKP1	50.600%	Swiss-Prot	高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情