TkA05G429030 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G429030

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 107007570-107010803 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2145 bp · TkA05G429030|TK1151|cDNA

AAAGAATATCGTTACAAGTTACAACAGGCCCAATGCAAATTATAAAGGCTATATATATCAAGGATGAAGTCATGAACCACCATCACAAAGATTTTGCGACAACTGCATAAAAATCAAATCCAACCTCCGATATAAAAGCACCAGCTTCGAAATCAAAACCTTCCGACATCTGTGGTATAAATCTTTCAGTTTCTTTAGTTGACCCTTTTGCGCAGTTCGTTCAGATTTTGCGACGTGACCACTCTACCATATTCACTCTC...

CDS

下载 CDS FASTA

1368 bp · TkA05G429030|TK1151|CDS

ATGAGGAAAAGGGCTCGTGTTGCACAAAACAAGGGGGATCATCATCAACATGATTTTAATTCGAATGATTTCATCAGCCGAATGCCGGATGATATTCTTATCTCTATACTATCTCGTCTGTCTCTAAAGGAAGCAACAACCACCAGCAATCTCTCAACAAGATGGAGATACTTATGGTGTCAAACAGACGGTTTAGACTTCGATGCCAATGAGAAGTTAGATAAAATAGCAAAGGATCCGAAATCACGCATCACAGAAAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

455 aa · TkA05G429030|TK1151|PROTEIN

MRKRARVAQNKGDHHQHDFNSNDFISRMPDDILISILSRLSLKEATTTSNLSTRWRYLWCQTDGLDFDANEKLDKIAKDPKSRITERPKYINWVNRVTRQHKAPTIISFRISFDLDKSSKGAIDKWVDFAISKRVQKLELDLLENGETLRQPPKNYVFPIKSINLPKLVYRRETELKFLKSLFLKCVNVSEEAFGKLLTNCSGLQHLSIHGSGDLVNVKINGPSLVLKYFEIVFCFGVKSIEIKDVKIESFSYLGPGITI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G429030`
TK1151 ID	TkA05G429030
OH-1004 ID	LXL04_021843
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G429030

位置 Chr05:107007570-107010803 (-)

描述 Similar to At2g04230: F-box/FBD/LRR-repeat protein At2g04230

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g22700`	F-box/FBD/LRR重复蛋白 At5g22700。	暂无已核实直接文献
`At5g22660`	F-box/FBD/LRR重复蛋白 At5g22660。	暂无已核实直接文献
`At4g22280`	F-盒蛋白 At4g22280。	暂无已核实直接文献
`At1g80960`	F-盒蛋白At1g80960。	暂无已核实直接文献
`At1g66290`	预测的F-box/FBD/LRR重复蛋白 At1g66290。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021843 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G04230

ath:AT3G59200

ath:AT4G00160

ath:AT5G38570

ath:AT5G56420

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.768

排名 1 · TkA05G429030 · TK1151

细胞质0.236

排名 2 · TkA05G429030 · TK1151

细胞膜0.048

排名 3 · TkA05G429030 · TK1151

内质网0.046

排名 4 · TkA05G429030 · TK1151

质体0.030

排名 5 · TkA05G429030 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00646F-box25-60 aa

PF12937F-box-like25-58 aa

PF23622LRR_At1g61320_AtMIF1107-451 aa

PF24758LRR_At5g56370124-228 aa

PF08387FBD172-182 aa

PF23598LRR_14174-233 aa

PF07723LRR_2179-201 aa

PF23598LRR_14288-354 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G429030	`PF00646`	F-box	25	60	2.2e-08	34.4
TkA05G429030	`PF12937`	F-box-like	25	58	0.00043	20.7
TkA05G429030	`PF23622`	LRR_At1g61320_AtMIF1	107	451	2.9e-28	100.1
TkA05G429030	`PF24758`	LRR_At5g56370	124	228	1.9e-10	41.5
TkA05G429030	`PF08387`	FBD	172	182	1.5e-10	41.5
TkA05G429030	`PF23598`	LRR_14	174	233	0.038	13.5
TkA05G429030	`PF07723`	LRR_2	179	201	0.0034	18.7
TkA05G429030	`PF23598`	LRR_14	288	354	0.038	13.5
TkA05G429030	`PF08387`	FBD	289	308	1.5e-10	41.5
TkA05G429030	`PF24758`	LRR_At5g56370	293	360	1.9e-10	41.5
TkA05G429030	`PF00646`	F-box	337	353	2.2e-08	34.4
TkA05G429030	`PF12937`	F-box-like	339	359	0.00043	20.7
TkA05G429030	`PF08387`	FBD	371	411	1.5e-10	41.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FNJ1`	拟南芥	sp\|Q9FNJ1\|FDL47_ARATH F-box/FBD/LRR-repeat protein At5g22700	23.000%	Swiss-Prot	低置信
`Q9FNJ5`	拟南芥	sp\|Q9FNJ5\|FDL31_ARATH F-box/FBD/LRR-repeat protein At5g22660	23.100%	Swiss-Prot	低置信
`Q3E7K7`	拟南芥	sp\|Q3E7K7\|FB243_ARATH F-box protein At4g22280	28.800%	Swiss-Prot	低置信
`Q9SAG4`	拟南芥	sp\|Q9SAG4\|FB93_ARATH F-box protein At1g80960	49.000%	Swiss-Prot	低置信
`Q9C8Y8`	拟南芥	sp\|Q9C8Y8\|FDL7_ARATH Putative F-box/FBD/LRR-repeat protein At1g66290	26.900%	Swiss-Prot	低置信

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