TkA04G127400 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G127400

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 33103882-33105383 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1407 bp · TkA04G127400|TK1151|cDNA

TCGAATTTGACCGTCATACCACCGCCATCGGCCTCGAACAGCCAATGGAGCCGCCGGAGCAACAACGCCATCACCACCACTCAAATGTCTGGTTCATCAAGCCCTTATCCCTACAATCAGACTTCCTCTCCGATTGTCTACTCTCTCTCATATCCCCTTTTAGCTCTCTCTTCTCCTTCGCCTCCGCCATCAACCGTGTCGACTCCACCAAAGAACCCATCAACTCCGCCGCCCCACCCACGGCGGTTCAAGCAAGTACC...

CDS

下载 CDS FASTA

1200 bp · TkA04G127400|TK1151|CDS

ATGGAGCCGCCGGAGCAACAACGCCATCACCACCACTCAAATGTCTGGTTCATCAAGCCCTTATCCCTACAATCAGACTTCCTCTCCGATTGTCTACTCTCTCTCATATCCCCTTTTAGCTCTCTCTTCTCCTTCGCCTCCGCCATCAACCGTGTCGACTCCACCAAAGAACCCATCAACTCCGCCGCCCCACCCACGGCGGTTCAAGCAAGTACCATCCTTTTAAGGAAAGCATTATTGGGTTTTCTGGGCGCTGCTTA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

399 aa · TkA04G127400|TK1151|PROTEIN

MEPPEQQRHHHHSNVWFIKPLSLQSDFLSDCLLSLISPFSSLFSFASAINRVDSTKEPINSAAPPTAVQASTILLRKALLGFLGAAYVCWILTTVMVVSVAVGVALVNIWVEEPVSIKENLYFDYTDVHPYAIVDLGFDAPGKLAKGVPVGHFCDVRLSFVMPESDYNREIGNFQVVAEALSMNGDMIASASRPCMLRFRSRPLQAMETFLMGVPLLLGIRHETQTVNVPLLKYKEHYYPRTRSMRLSLIPRAGTPFLPQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G127400`
TK1151 ID	TkA04G127400
OH-1004 ID	LXL04_035488
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 76.291 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G127400

位置 Chr04:33103882-33105383 (-)

描述 Similar to SEI1: Seipin-1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g16460`	参与脂质代谢及脂滴（LD）形态、数量和大小的调控。	暂无已核实直接文献
`At2g34380`	参与脂质代谢及脂滴（LD）形态、数量和大小的调控。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035488 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006629 lipid metabolic process 生物过程

GO:0009846 pollen germination 生物过程

GO:0010162 seed dormancy process 生物过程

GO:0010344 seed oilbody biogenesis 生物过程

GO:0016042 lipid catabolic process 生物过程

GO:0019915 lipid storage 生物过程

GO:0034389 lipid droplet organization 生物过程

GO:0048316 seed development 生物过程

GO:0050995 negative regulation of lipid catabolic process 生物过程

GO:0080155 regulation of double fertilization forming a zygote and endosperm 生物过程

GO:0120162 positive regulation of cold-induced thermogenesis 生物过程

GO:0140042 lipid droplet formation 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G29760

ath:AT2G34380

ath:AT5G16460

bta:513558

hsa:26580

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.699

排名 1 · TkA04G127400 · TK1151

细胞核0.211

排名 2 · TkA04G127400 · TK1151

高尔基体0.137

排名 3 · TkA04G127400 · TK1151

细胞膜0.074

排名 4 · TkA04G127400 · TK1151

细胞质0.069

排名 5 · TkA04G127400 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00487FA_desaturase9-110 aa

PF06775Seipin94-295 aa

PF00487FA_desaturase268-315 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G127400	`PF00487`	FA_desaturase	9	110	0.014	15.9
TkA04G127400	`PF06775`	Seipin	94	295	5e-50	170.9
TkA04G127400	`PF00487`	FA_desaturase	268	315	0.014	15.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FFD9`	拟南芥	sp\|Q9FFD9\|SEI1_ARATH Seipin-1	41.300%	Swiss-Prot	中等置信
`Q8L615`	拟南芥	sp\|Q8L615\|SEI3_ARATH Seipin-3	32.300%	Swiss-Prot	中等置信

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