RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G121650
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 31610361-31611095 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

498 bp · TkA04G121650|TK1151|cDNA

ATGTACGCGAAATGCGGACGATTATTGAATGCGCGTGTAATTTTCGATAATTTTAATTCGAAAAACATTGTTTCGTGGAATACAATGGTGAATGGATATGCCCAACATGGTCAAGGTAAAGAAAGTTTAGAAATTTATTATGAGATGTTAAAATATGGAATTAGGCCTAATAGTGTGACATTTATCGGGGTTTTATCGGCTTGTGGTCATTCAGGGCTTCTAGAAGAAGGGCCGGACGATGTTTCGGCACATATCATGTT...

CDS

下载 CDS FASTA

498 bp · TkA04G121650|TK1151|CDS

ATGTACGCGAAATGCGGACGATTATTGAATGCGCGTGTAATTTTCGATAATTTTAATTCGAAAAACATTGTTTCGTGGAATACAATGGTGAATGGATATGCCCAACATGGTCAAGGTAAAGAAAGTTTAGAAATTTATTATGAGATGTTAAAATATGGAATTAGGCCTAATAGTGTGACATTTATCGGGGTTTTATCGGCTTGTGGTCATTCAGGGCTTCTAGAAGAAGGGCCGGACGATGTTTCGGCACATATCATGTT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

165 aa · TkA04G121650|TK1151|PROTEIN

MYAKCGRLLNARVIFDNFNSKNIVSWNTMVNGYAQHGQGKESLEIYYEMLKYGIRPNSVTFIGVLSACGHSGLLEEGPDDVSAHIMLSNIYGELNMWHEIAKVRKVMKDKVLKKDTGYSWIELKSKTYLFSSGQDKIFEGECVSEVLNVLNEHLFDEGYVPGGMI

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G121650
TK1151 IDTkA04G121650
OH-1004 IDLXL04_035592
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)66.400
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 35.311
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G121650
位置Chr04:31610361-31611095 (+)
描述Similar to PCMP-H60: Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g27610
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g33170 含五肽重复序列的蛋白 At4g33170。 暂无已核实直接文献
At4g30700 含五重复肽序列的蛋白At4g30700。 暂无已核实直接文献
At1g11290 参与叶绿体中多个位点的RNA编辑事件。
Pentatricopeptide repeat proteins with the DYW motif have distinct molecular functions in RNA editing and RNA cleavage in Arabidopsis chloroplasts.2009 · DOI: 10.1105/tpc.108.064667
At3g53360 含五基重复蛋白 At3g53360，线粒体。 暂无已核实直接文献
At1g77170 含五基重复肽的蛋白 At1g77170，线粒体型。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035592 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G27610
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.552
排名 1 · TkA04G121650 · TK1151
质体0.225
排名 2 · TkA04G121650 · TK1151
细胞质0.065
排名 3 · TkA04G121650 · TK1151
细胞核0.055
排名 4 · TkA04G121650 · TK1151
过氧化物酶体0.016
排名 5 · TkA04G121650 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01535PPR2-20 aa
PF13041PPR_22-16 aa
PF12854PPR_12-16 aa
PF03732PEG10_N-capsid15-31 aa
PF20431E_motif17-55 aa
PF13041PPR_221-69 aa
PF13812PPR_322-70 aa
PF12854PPR_122-49 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G121650PF01535PPR2206.5e-1451.8
TkA04G121650PF13041PPR_22161.3e-1351.5
TkA04G121650PF12854PPR_12160.0002521.4
TkA04G121650PF03732PEG10_N-capsid15310.2112.6
TkA04G121650PF20431E_motif17551.5e-1351.5
TkA04G121650PF13041PPR_221691.3e-1351.5
TkA04G121650PF13812PPR_322702.8e-0628.0
TkA04G121650PF12854PPR_122490.0002521.4
TkA04G121650PF01535PPR24546.5e-1451.8
TkA04G121650PF29070MSC6_N28720.2811.0
TkA04G121650PF12854PPR_153610.0002521.4
TkA04G121650PF01535PPR59776.5e-1451.8
TkA04G121650PF03732PEG10_N-capsid641250.2112.6
TkA04G121650PF20431E_motif731221.5e-1351.5
TkA04G121650PF10705Ycf15861390.03215.2
TkA04G121650PF01535PPR891106.5e-1451.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SMZ2拟南芥sp|Q9SMZ2|PP347_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g3317029.600%Swiss-Prot低置信
Q9SUH6拟南芥sp|Q9SUH6|PP341_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g3070057.000%Swiss-Prot低置信
Q3E6Q1拟南芥sp|Q3E6Q1|PPR32_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g11290, chloroplastic47.600%Swiss-Prot中等置信
Q9LFI1拟南芥sp|Q9LFI1|PP280_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g53360, mitochondrial57.100%Swiss-Prot低置信
Q3ECB8拟南芥sp|Q3ECB8|PP128_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g77170, mitochondrial51.900%Swiss-Prot低置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看