TkA04G107860 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G107860

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 28039585-28042401 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1766 bp · TkA04G107860|TK1151|cDNA

GTTATAACGTTTTTGGGTTTAATAACTTTGAACAAAAAGTTACAAAAATTCTATGACATTGTCGCGTCTATCAACAATCTTAACTTTTGGGTTTGAAAATTTCGACCCCAGGAGAAATGGTCAAGAGACTGCAACAATGGTCGTTTGGAATAATCGACATCAAGTCAACAACTATTTAGTCAAAAGTTCCGACCACCGTCAAGAAACTTCATTCGGTTCAAACTTCATCAAAAGAGAAATTACCCATCTCATTATATCCA...

CDS

下载 CDS FASTA

1503 bp · TkA04G107860|TK1151|CDS

ATGACGCCGGAGACGGTGACGCTGATACTAGTGAACCTCGCCGGAATAATGGAAAGAGCCGACGAGTCATTGTTACCGGGGGTTTACAAGGAGGTCGGAGAAGAACTCCACGCTGATCCAACGCGGTTGGGCTCGTTGACCCTTTTCCGATCAATCGTTCAGGCGTCATGTTTCCCTCTCGCGGCGTACTTGGCGGTGCGCCATAACCGTGCTCACATCATAGCTTACGGTGCTTTCCTCTGGGCTGCCGCTACTTTCCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

501 aa · TkA04G107860|TK1151|PROTEIN

MTPETVTLILVNLAGIMERADESLLPGVYKEVGEELHADPTRLGSLTLFRSIVQASCFPLAAYLAVRHNRAHIIAYGAFLWAAATFLVALSSSFFQVAISRGLNGIGLAIVGPAIQSLVADSTNNENRGMAFGWLQLTSNLGSIIGGFLSLLLASTTFLGISGWRIAFHLVAVISVIVGIFVRLFADDPRFKQPKPPQNPHQSLWSEVKDLAREAKSVINIKSFQIIASQGVTGSFPWSALSFAPMWLELVGFTHKDTAV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G107860`
TK1151 ID	TkA04G107860
OH-1004 ID	LXL04_035800
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 93.296 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA04G107860`
位置	Chr04:28039585-28042401 (+)
描述	Similar to spin: Protein spinster
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_035800` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0002920 regulation of humoral immune response 生物过程 GO:0003376 sphingosine-1-phosphate receptor signaling pathway 生物过程 GO:0006869 lipid transport 生物过程 GO:0006897 endocytosis 生物过程 GO:0007040 lysosome organization 生物过程 GO:0008333 endosome to lysosome transport 生物过程 GO:0009267 cellular response to starvation 生物过程 GO:0012501 programmed cell death 生物过程 GO:0040011 locomotion 生物过程 GO:0043067 regulation of programmed cell death 生物过程 GO:0055085 transmembrane transport 生物过程 GO:0005765 lysosomal membrane 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	bsu:BSU10980 dme:Dmel_CG8428 dre:568117 xtr:100145187 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

溶酶体／液泡0.455

排名 1 · TkA04G107860 · TK1151

细胞膜0.217

排名 2 · TkA04G107860 · TK1151

内质网0.149

排名 3 · TkA04G107860 · TK1151

细胞质0.130

排名 4 · TkA04G107860 · TK1151

高尔基体0.130

排名 5 · TkA04G107860 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07690MFS_113-305 aa

PF03137OATP39-94 aa

PF01988VIT145-96 aa

PF00083Sugar_tr60-193 aa

PF10745DUF253071-115 aa

PF03137OATP96-294 aa

PF01988VIT1137-191 aa

PF10745DUF2530159-179 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G107860	`PF07690`	MFS_1	13	305	1.1e-48	166.6
TkA04G107860	`PF03137`	OATP	39	94	1.5e-06	27.5
TkA04G107860	`PF01988`	VIT1	45	96	2.0	8.9
TkA04G107860	`PF00083`	Sugar_tr	60	193	2e-11	44.2
TkA04G107860	`PF10745`	DUF2530	71	115	3.8	8.5
TkA04G107860	`PF03137`	OATP	96	294	1.5e-06	27.5
TkA04G107860	`PF01988`	VIT1	137	191	2.0	8.9
TkA04G107860	`PF10745`	DUF2530	159	179	3.8	8.5
TkA04G107860	`PF00083`	Sugar_tr	230	287	2e-11	44.2
TkA04G107860	`PF01988`	VIT1	291	338	2.0	8.9
TkA04G107860	`PF00083`	Sugar_tr	304	364	2e-11	44.2
TkA04G107860	`PF07690`	MFS_1	306	440	1.1e-48	166.6
TkA04G107860	`PF03137`	OATP	420	449	1.5e-06	27.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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