TkA03G460370 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G460370

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 114888261-114896546 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4724 bp · TkA03G460370|TK1151|cDNA

TAATAACTACAACAACAATTAGGGTTTTTTTAACCCTCTTTCTCGTTGATTTTACTCCCTCCATCGACGAATTTCTATCTATACACATCTACAATCACCGTTCGCCTTTCAGCCGATCGGGTTGAATTGAATTAAGGCACATTTCTATTTAGTTCTCAATACTTCTTCTTGTTTTGTTAGATTTTGGGTTGATTTGGGTCCCCTTTTTGATACATCGGGTGATATTTTGTGTGATTTGTGAACGACGATGATAAGGGTTC...

CDS

下载 CDS FASTA

5595 bp · TkA03G460370|TK1151|CDS

ATGGAAACTCGTAGCCGGAAGAGGGCGGAGGCCACCTCATCAGCCCATTCTTCTTCGTCATCCGGCGGACCTACCACCCGTTCCAACAAACGCACTCGTCTCTCTACTACCACCTCCTCTTCCGCTTCAGCCGCAGCAGCTTCCAACGTCGTTGTTCAATCCGTTTCTACTCGTTCACGCGCTTCTAACATGGATAATTCCACCAACGAATCGTCCGGGTCTGGGTCGGGTCGTGGCCGCCGTAATAAGAAGAGTACTTA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1864 aa · TkA03G460370|TK1151|PROTEIN

METRSRKRAEATSSAHSSSSSGGPTTRSNKRTRLSTTTSSSASAAAASNVVVQSVSTRSRASNMDNSTNESSGSGSGRGRRNKKSTYNQNMVSDRDNSEKGKEKEHEVRVKDRDNINRDSPYGLNIDMSGDGGDDDDDDSEGGGVGILHQNLTSASSALQGLLRKLGAGLDDLLPSSAMASASSSHQSGRLKKILSGLRADGEEGKQVEALTQLCDMLAIGTEDSLSTFSVDSFVPVLVGLLNHESNPDIMLLAARALTH...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G460370`
TK1151 ID	TkA03G460370
OH-1004 ID	LXL04_009656
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	97.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G460370

位置 Chr03:114888261-114896546 (+)

描述 Similar to UPL3: E3 ubiquitin-protein ligase UPL3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: Q6WWW4`	可能的E3泛素蛋白连接酶，介导靶蛋白的泛素化及随后的蛋白酶体降解。	暂无已核实直接文献
`At5g02880`	可能的E3泛素蛋白连接酶，介导靶蛋白的泛素化及随后的蛋白酶体降解。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009656 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000209 protein polyubiquitination 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0006974 DNA damage response 生物过程

GO:0010091 trichome branching 生物过程

GO:0033696 heterochromatin boundary formation 生物过程

GO:0042023 DNA endoreduplication 生物过程

GO:0043161 proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0045995 regulation of embryonic development 生物过程

GO:0140861 DNA repair-dependent chromatin remodeling 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G38600

ath:AT5G02880

hsa:9320

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.748

排名 1 · TkA03G460370 · TK1151

细胞质0.257

排名 2 · TkA03G460370 · TK1151

细胞膜0.045

排名 3 · TkA03G460370 · TK1151

溶酶体／液泡0.038

排名 4 · TkA03G460370 · TK1151

高尔基体0.037

排名 5 · TkA03G460370 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25579TPR_TRIP12_N30-104 aa

PF25579TPR_TRIP12_N181-314 aa

PF23271HEAT_GCN1182-265 aa

PF14500MMS19_N190-270 aa

PF13646HEAT_2193-272 aa

PF13513HEAT_EZ230-260 aa

PF08167RIX1230-271 aa

PF24768ARM_ARMC5232-345 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G460370	`PF25579`	TPR_TRIP12_N	30	104	5.3e-48	164.6
TkA03G460370	`PF25579`	TPR_TRIP12_N	181	314	5.3e-48	164.6
TkA03G460370	`PF23271`	HEAT_GCN1	182	265	0.59	10.9
TkA03G460370	`PF14500`	MMS19_N	190	270	0.013	15.8
TkA03G460370	`PF13646`	HEAT_2	193	272	2e-05	25.5
TkA03G460370	`PF13513`	HEAT_EZ	230	260	5.3e-06	27.5
TkA03G460370	`PF08167`	RIX1	230	271	0.39	11.1
TkA03G460370	`PF24768`	ARM_ARMC5	232	345	1.4e-06	28.7
TkA03G460370	`PF11701`	UNC45-central	232	274	0.19	12.2
TkA03G460370	`PF02985`	HEAT	234	265	1.2e-05	25.8
TkA03G460370	`PF00514`	Arm	235	263	1e-05	26.1
TkA03G460370	`PF00514`	Arm	271	302	1e-05	26.1
TkA03G460370	`PF13646`	HEAT_2	295	320	2e-05	25.5
TkA03G460370	`PF00514`	Arm	306	344	1e-05	26.1
TkA03G460370	`PF23271`	HEAT_GCN1	329	388	0.59	10.9
TkA03G460370	`PF13513`	HEAT_EZ	333	384	5.3e-06	27.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q6WWW4`	拟南芥	sp\|Q6WWW4\|UPL3_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase UPL3	69.700%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LYZ7`	拟南芥	sp\|Q9LYZ7\|UPL4_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase UPL4	36.600%	Swiss-Prot	中等置信

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