TkA03G394260 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G394260

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 97895630-97897411 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1216 bp · TkA03G394260|TK1151|cDNA

CAATACTGTATATATTTATTTTATTGAACCACCGGCTTCATCTCCACCGTCCCATCCCTGAGCTCATCCCCAGCAATCGAAGTGTCTGCTAACTGTTATCTACAGACTACAATGACGGTGGTCGCCGGTTGCTCCACCACGTGTGCTCTTCCCCGACCAATATCAACGGCGTCTCCCCGGATAACCTACGGAAAGCTTGTTCCTCGTGTCCAAAACTTCAGAACCCAAGGATTTTCGCCTGCCATAAATGCGATGCATAT...

CDS

下载 CDS FASTA

891 bp · TkA03G394260|TK1151|CDS

ATGACGGTGGTCGCCGGTTGCTCCACCACGTGTGCTCTTCCCCGACCAATATCAACGGCGTCTCCCCGGATAACCTACGGAAAGCTTGTTCCTCGTGTCCAAAACTTCAGAACCCAAGGATTTTCGCCTGCCATAAATGCGATGCATATGAAGCTAGATCAATATGCACCTTCAACAACCAATGAAATCGACAAACCCTTCCCGTTGGCTTTAAATCAGGCAATGGGGTTTGTAGGAATCAGTAACGCATTGTTATTAGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

296 aa · TkA03G394260|TK1151|PROTEIN

MTVVAGCSTTCALPRPISTASPRITYGKLVPRVQNFRTQGFSPAINAMHMKLDQYAPSTTNEIDKPFPLALNQAMGFVGISNALLLATPLEAMADTSDATQSIFNMNMPVLLLVALIGATVGGLVARQRKAELERLNEQLRQINTALKRQAKIESYAPALSYAPAAIKVPENEVFVDPRKQELISHLKNGKNFLRNQNPENAFFEFKTALDLAQNIKDPIEEKKAARGLGASLQRQGKHRDAIKYHSMVLSISEREGEDS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G394260`
TK1151 ID	TkA03G394260
OH-1004 ID	LXL04_009038
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	91.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G394260

位置 Chr03:97895630-97897411 (-)

描述 Similar to FLU: Protein FLUORESCENT IN BLUE LIGHT, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g14110`	叶绿体中四吡咯生物合成（包括叶绿素）的负调控因子，可能通过抑制 HEMA1 实现。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009038 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007346 regulation of mitotic cell cycle 生物过程

GO:0015995 chlorophyll biosynthetic process 生物过程

GO:0031408 oxylipin biosynthetic process 生物过程

GO:0051301 cell division 生物过程

GO:0000922 spindle pole 细胞组分

GO:0005813 centrosome 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009534 chloroplast thylakoid 细胞组分

GO:0009535 chloroplast thylakoid membrane 细胞组分

GO:0009941 chloroplast envelope 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G14110

hsa:23331

mmu:209683

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.974

排名 1 · TkA03G394260 · TK1151

线粒体0.035

排名 2 · TkA03G394260 · TK1151

细胞核0.023

排名 3 · TkA03G394260 · TK1151

细胞质0.018

排名 4 · TkA03G394260 · TK1151

细胞膜0.010

排名 5 · TkA03G394260 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF28797Microp_apicomplexa_2348-93 aa

PF06305LapA_dom110-144 aa

PF28559TPR_SusR127-152 aa

PF13428TPR_14128-150 aa

PF21033RMD1-3146-172 aa

PF13424TPR_12189-216 aa

PF07719TPR_2190-215 aa

PF13432TPR_16190-244 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G394260	`PF28797`	Microp_apicomplexa_23	48	93	0.017	15.5
TkA03G394260	`PF06305`	LapA_dom	110	144	0.036	14.7
TkA03G394260	`PF28559`	TPR_SusR	127	152	0.029	14.6
TkA03G394260	`PF13428`	TPR_14	128	150	0.17	13.4
TkA03G394260	`PF21033`	RMD1-3	146	172	0.41	10.5
TkA03G394260	`PF13424`	TPR_12	189	216	6.7e-13	49.3
TkA03G394260	`PF07719`	TPR_2	190	215	2.4e-06	27.9
TkA03G394260	`PF13432`	TPR_16	190	244	0.0022	19.1
TkA03G394260	`PF00515`	TPR_1	194	215	1.4e-07	31.8
TkA03G394260	`PF13181`	TPR_8	194	215	1.9e-05	25.2
TkA03G394260	`PF14559`	TPR_19	195	244	4.2e-05	24.5
TkA03G394260	`PF28559`	TPR_SusR	201	292	0.029	14.6
TkA03G394260	`PF13428`	TPR_14	225	246	0.17	13.4
TkA03G394260	`PF13424`	TPR_12	226	293	6.7e-13	49.3
TkA03G394260	`PF07719`	TPR_2	226	245	2.4e-06	27.9
TkA03G394260	`PF29407`	CFAP70_TPR_C	227	288	0.005	17.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q940U6`	拟南芥	sp\|Q940U6\|FLU_ARATH Protein FLUORESCENT IN BLUE LIGHT, chloroplastic	72.000%	Swiss-Prot	高置信

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