TkA03G080100 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G080100

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 20434602-20437223 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1657 bp · TkA03G080100|TK1151|cDNA

GAAACAAACAAACACAGTCGTCTTTCTTATTTTCAAAATTGACCCCACCCACTTGCTTCCACACTTAGTTTTTCGGTTTTTCCAAACCTTTCTAGAACACCCCCTCCCCCCTCCCTCATCCGTGTTCTATAAAGCATCTTTCCAGTGTTTTCGTGCACGAATCCTTCAAATTCTTATAAATCAAACACGTTATTCGTTATCATCAGCATAGTCATCATTGTAAATTTGTAATCTGTTCGTGTTCTTGATTTCGCATAGTT...

CDS

下载 CDS FASTA

879 bp · TkA03G080100|TK1151|CDS

ATGACGCATCGATCCGTTCCGGCGCCGTTTCTGACGAAGACGTATCTGTTGGTTGATGATCCGGCGACGAATGATGTTATTTCGTGGAACGAAACCGGCTCAACTTTCATAGTCTGGAAAACTGCTGATTTCGCTAGGGATTTGCTTCCAAATTCCTTCAAACACAATAATTTCTCCAGCTTCGTTCGTCAGCTTAATACTTATGGATTTCGTAAAACTGTTCCAGACAAATGGGAGTTCGCTAATGAGAACTTCAAGCG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

292 aa · TkA03G080100|TK1151|PROTEIN

MTHRSVPAPFLTKTYLLVDDPATNDVISWNETGSTFIVWKTADFARDLLPNSFKHNNFSSFVRQLNTYGFRKTVPDKWEFANENFKRGQRELLIEIRRRKTAPSSQAKPAGDGTPAPSPSSSGDDLGSSSTSSPDSKNPGSVDTPTVEKLENLSDENEKLKKEKQILTSELAQVKKQCDDLVAFLTQNVKVAPDYINRIMNINAVVGETATSTATVKVMDRDDSNDEERGECFKLFGVVLKEEKKKRVRDEVNISPGGKM...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G080100`
TK1151 ID	TkA03G080100
OH-1004 ID	LXL04_006847
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 96.575 / OH-1004 98.947 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G080100

位置 Chr03:20434602-20437223 (+)

描述 Similar to HSF24: Heat shock factor protein HSF24

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g36990`	转录调控因子，特异性结合 DNA 序列 5'-AGAAnnTTCT-3'，该序列称为热休克启动子元件（HSE）。	暂无已核实直接文献
`At1g46264`	转录调控因子，特异性结合 DNA 序列 5'-AGAAnnTTCT-3'，该序列称为热休克启动子元件（HSE）。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os08g0546800`	转录调控因子，特异性结合热休克启动子元素（HSE）的DNA。	暂无已核实直接文献
`Os09g0526600`	转录调控因子，特异性结合热休克启动子元素（HSE）的DNA。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_006847 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0008356 asymmetric cell division 生物过程

GO:0009408 response to heat 生物过程

GO:0045892 negative regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0080136 priming of cellular response to stress 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0000976 transcription cis-regulatory region binding 分子功能

GO:0000978 RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding 分子功能

GO:0003700 DNA-binding transcription factor activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G46264

ath:AT4G36990

ath:AT5G62020

dosa:Os09g0456800

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.940

排名 1 · TkA03G080100 · TK1151

细胞质0.165

排名 2 · TkA03G080100 · TK1151

线粒体0.020

排名 3 · TkA03G080100 · TK1151

细胞膜0.018

排名 4 · TkA03G080100 · TK1151

内质网0.009

排名 5 · TkA03G080100 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00447HSF_DNA-bind10-99 aa

PF04778LMP54-67 aa

PF16331TolA_bind_tri80-108 aa

PF02183HALZ82-97 aa

PF27978ZNF318_helical86-100 aa

PF29357B0252_5_C145-224 aa

PF06005ZapB146-181 aa

PF21924XRCC4_CC147-182 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G080100	`PF00447`	HSF_DNA-bind	10	99	3e-29	102.2
TkA03G080100	`PF04778`	LMP	54	67	0.013	16.2
TkA03G080100	`PF16331`	TolA_bind_tri	80	108	0.17	12.7
TkA03G080100	`PF02183`	HALZ	82	97	0.56	11.1
TkA03G080100	`PF27978`	ZNF318_helical	86	100	0.0096	17.0
TkA03G080100	`PF29357`	B0252_5_C	145	224	0.15	13.1
TkA03G080100	`PF06005`	ZapB	146	181	0.026	15.7
TkA03G080100	`PF21924`	XRCC4_CC	147	182	0.032	15.1
TkA03G080100	`PF16331`	TolA_bind_tri	147	181	0.17	12.7
TkA03G080100	`PF27978`	ZNF318_helical	148	182	0.0096	17.0
TkA03G080100	`PF04849`	HAP1_N	148	198	0.013	15.5
TkA03G080100	`PF04778`	LMP	148	210	0.013	16.2
TkA03G080100	`PF00170`	bZIP_1	149	181	5.1	8.0
TkA03G080100	`PF02183`	HALZ	151	176	0.56	11.1
TkA03G080100	`PF17253`	DUF5320	152	180	0.27	13.1
TkA03G080100	`PF07412`	Geminin	154	203	0.061	13.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q96320`	拟南芥	sp\|Q96320\|HSFB1_ARATH Heat stress transcription factor B-1	51.200%	Swiss-Prot	高置信
`Q9C635`	拟南芥	sp\|Q9C635\|HSFB4_ARATH Heat stress transcription factor B-4	49.100%	Swiss-Prot	中等置信
`Q6Z9C8`	水稻	sp\|Q6Z9C8\|HFB2B_ORYSJ Heat stress transcription factor B-2b	49.300%	Swiss-Prot	中等置信
`Q652B0`	水稻	sp\|Q652B0\|HFB2C_ORYSJ Heat stress transcription factor B-2c	75.300%	Swiss-Prot	低置信

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