TkA02G384210 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G384210

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 97651836-97658347 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1496 bp · TkA02G384210|TK1151|cDNA

GGACACGAAACAAGTTTTCTATCCCTATTACAATACCAATTAAATGATAGAATTTTTATTTCTGCTAACAGTTCCATTCAAGTATTTATAATCATTTAATTTTATAAAACATACTTTCCCCGCATCACCCCACCCCCAAAACTCTCTCAAGTCAACAATAATATAAAATTAGCCGTTCCCCCGCATTCATTCATTGTTATCATCCTCATTGTCTGCAAGTCTCGTCTTGCATTCCGTTTGTCAAATTATTGTCCCTTAGT...

CDS

下载 CDS FASTA

1182 bp · TkA02G384210|TK1151|CDS

ATGTTTCAAGAAATGGCAATGAGGGATGATCAAGATGAGAACTTAAAAAGCCAAGAACACACCAAGGGAGTGAAGCACTTGTATGAAATAGGCATCACAAAAGTTCCCAAAAAGTATATTCTCCCTGCCCTTGAACGACCCAAGAACTCTTTAAGCATGAAACCTTGTGACGTCACCAATCTTAAGCTACCCCTCATTGATTTTGCCCAATTGCATGGCCCAAACCATGAGCAAGTCGTTACATCCTTGGCTCATGCATG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

393 aa · TkA02G384210|TK1151|PROTEIN

MFQEMAMRDDQDENLKSQEHTKGVKHLYEIGITKVPKKYILPALERPKNSLSMKPCDVTNLKLPLIDFAQLHGPNHEQVVTSLAHACQNYGFFQIINHGISSDMISKMIDVARRFFEFPLKEREKYMSTDIHSLVRYGTSFNQMNDGVFCWRDFLKLVCTPEAHSHWPSSPSDFREIVVGYARETKLLFQSLLEAIIESLGSEGQNKHNKTAKTKQDFGKDKHGNGKENNYDNIKRDVENGSQLMVVNCYPPCPEPDLTF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G384210`
TK1151 ID	TkA02G384210
OH-1004 ID	LXL04_022101
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	55.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 94.148 / OH-1004 95.455 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G384210

位置 Chr02:97651836-97658347 (+)

描述 Similar to SLC1: Probable 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase SLC1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g10490`	将水杨酸（SA）转化为2,3-二羟基苯甲酸（2,3-DHBA）（基于相似性推测）。	DOWNY MILDEW RESISTANT 6 and DMR6-LIKE OXYGENASE 1 are partially redundant but distinct suppressors of immunity in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1111/tpj.12719
`At4g10500`	在体外将水杨酸转化为 2,3-二羟基苯甲酸和 2,5-DHBA，但在体内仅转化为 2,3-DHBA。	DOWNY MILDEW RESISTANT 6 and DMR6-LIKE OXYGENASE 1 are partially redundant but distinct suppressors of immunity in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1111/tpj.12719
`At3g12900`	参与由阿魏酰辅酶A依次转化为东莨菪素（scopoletin）、fraxetin和sideretin的合成途径；sideretin是缺铁时根部分泌的具有氧化还原活性的邻苯二酚类代谢物，有助于铁吸收。	暂无已核实直接文献
`At1g55290`	依赖2-氧代戊二酸（OG）和Fe(II)的双加氧酶（2OGD），参与东莨菪素生物合成。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os08g0560000`	参与芽发育和水杨酸（SA）稳态的调节。	暂无已核实直接文献
`Os09g0570800`	参与芽发育和水杨酸（SA）稳态的调节。	暂无已核实直接文献
`Os10g0536400`	催化 2S-黄烷酮 3-β-羟基化生成 2R,3R-二氢黄酮醇，后者是植物中黄酮醇、花青素、儿茶素和原花青素生物合成的中间体。	Flavanone 3beta-hydroxylases from rice: key enzymes for favonol and anthocyanin biosynthesis.2008 · DOI: 10.1016/s1016-8478(23)17587-x

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022101 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002229 defense response to oomycetes 生物过程

GO:0002239 response to oomycetes 生物过程

GO:0009617 response to bacterium 生物过程

GO:0009620 response to fungus 生物过程

GO:0009751 response to salicylic acid 生物过程

GO:0010150 leaf senescence 生物过程

GO:0046244 salicylic acid catabolic process 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0016706 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity 分子功能

GO:0046872 metal ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G10490

ath:AT4G10500

dosa:Os08g0560000

dosa:Os09g0570800

osa:4346321

osa:4347916

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.761

排名 1 · TkA02G384210 · TK1151

细胞核0.365

排名 2 · TkA02G384210 · TK1151

线粒体0.050

排名 3 · TkA02G384210 · TK1151

内质网0.048

排名 4 · TkA02G384210 · TK1151

细胞膜0.046

排名 5 · TkA02G384210 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14226DIOX_N63-165 aa

PF031712OG-FeII_Oxy243-337 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G384210	`PF14226`	DIOX_N	63	165	1.1e-28	101.0
TkA02G384210	`PF03171`	2OG-FeII_Oxy	243	337	3.6e-35	121.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9ZSA7`	拟南芥	sp\|Q9ZSA7\|DLO2_ARATH Protein DMR6-LIKE OXYGENASE 2	38.700%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9ZSA8`	拟南芥	sp\|Q9ZSA8\|DLO1_ARATH Protein DMR6-LIKE OXYGENASE 1	39.700%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9LE86`	拟南芥	sp\|Q9LE86\|S8H_ARATH Scopoletin 8-hydroxylase	32.200%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9C899`	拟南芥	sp\|Q9C899\|F6H2_ARATH Feruloyl CoA ortho-hydroxylase 2	35.100%	Swiss-Prot	中等置信
`Q6YYX9`	水稻	sp\|Q6YYX9\|SLC1_ORYSJ Probable 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase SLC1	47.700%	Swiss-Prot	中等置信
`Q651B6`	水稻	sp\|Q651B6\|SLC2_ORYSJ Probable 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase SLC2	42.300%	Swiss-Prot	中等置信
`Q8W2X5`	水稻	sp\|Q8W2X5\|FL3H2_ORYSJ Flavanone 3-dioxygenase 2	36.200%	Swiss-Prot	中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情