TkA02G340180 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G340180

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 86377769-86379772 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1526 bp · TkA02G340180|TK1151|cDNA

CATGATTTTTGATTTCATTTATTGCTTTATGTTTGTTTTCAGCATAACCATGTCGTCATCAAATCTTCCAGCCACACCAGAATCACTTGACCTTGCTTCAGAAGCCAAAAACCGACCAGAAGCCATCACCATACTCTACAGAATCCTAGACAACCCTGCATCTTCTTCTGAAGCACTTCGTATCAAAGAACAAGCAATTGCAAAACTCTCAGAGCTCCTCACAGAAGAAAACAGAGGAGAAGACCTCCGTGGCCTTCTAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1527 bp · TkA02G340180|TK1151|CDS

GAAAGTGACTGGTTACGTTTATACCCCTGTGAAGCCGTCGACTGTCTCGCTCAATCCCGCTGTTCGTTCGTTCCTTCCTCTCGTCTCCGACCAGAAGCATCGGCTGTTCGTTCGCTCAGATCTCCACCTGTTCTCATTCCGGTAAGTCTCTTTTTCATCCTCTCTCTCGCTCGTTCTCCCTATCTCTCTCCCTGTTCCTCCCTGTTCGTGATTTATTTTCTGATTTCGGGATTTCTTTTCCAGTTTCCGATTTTCATAAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

508 aa · TkA02G340180|TK1151|PROTEIN

ESDWLRLYPCEAVDCLAQSRCSFVPSSRLRPEASAVRSLRSPPVLIPVSLFFILSLARSPYLSPCSSLFVIYFLISGFLFQFPIFITMSSSNLPATPESLDLASEAKNRPEAITILYRILDNPASSSEALRIKEQAIAKLSELLTEENRGEDLRGLLTTLRPFFSLIPKAKTAKIVRGIIDSVAKIPNTTDLQISLCKEMVEWTRSEKRTFLRQRVEARLAALLMDSKEYSEALTLLSGLVKEVRRLDDKLLLVDIDLLE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G340180`
TK1151 ID	TkA02G340180
OH-1004 ID	LXL04_005687
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	97.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 84.252 / OH-1004 87.169 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G340180

位置 Chr02:86377769-86379772 (-)

描述 Similar to RPN6: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 11 homolog

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g29150`	26S蛋白酶体盖子亚复合体的组成部分，该多蛋白复合体参与依赖ATP的泛素化蛋白质降解。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005687 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程

GO:0010498 proteasomal protein catabolic process 生物过程

GO:0030163 protein catabolic process 生物过程

GO:0043161 proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0043248 proteasome assembly 生物过程

GO:0048863 stem cell differentiation 生物过程

GO:0061136 regulation of proteasomal protein catabolic process 生物过程

GO:0071357 cellular response to type I interferon 生物过程

GO:0000502 proteasome complex 细胞组分

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G29150

hsa:5717

mmu:69077

rno:303353

xtr:100492225

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.682

排名 1 · TkA02G340180 · TK1151

细胞核0.450

排名 2 · TkA02G340180 · TK1151

内质网0.067

排名 3 · TkA02G340180 · TK1151

高尔基体0.065

排名 4 · TkA02G340180 · TK1151

过氧化物酶体0.046

排名 5 · TkA02G340180 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14559TPR_19104-131 aa

PF18055RPN6_N106-226 aa

PF14559TPR_19134-157 aa

PF01399PCI173-186 aa

PF09976TPR_21204-239 aa

PF22205Csm6_6H215-243 aa

PF14559TPR_19216-243 aa

PF09976TPR_21258-283 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G340180	`PF14559`	TPR_19	104	131	0.25	12.4
TkA02G340180	`PF18055`	RPN6_N	106	226	2.9e-40	138.3
TkA02G340180	`PF14559`	TPR_19	134	157	0.25	12.4
TkA02G340180	`PF01399`	PCI	173	186	6.5e-19	68.6
TkA02G340180	`PF09976`	TPR_21	204	239	0.096	13.1
TkA02G340180	`PF22205`	Csm6_6H	215	243	0.24	12.3
TkA02G340180	`PF14559`	TPR_19	216	243	0.25	12.4
TkA02G340180	`PF09976`	TPR_21	258	283	0.096	13.1
TkA02G340180	`PF14559`	TPR_19	260	281	0.25	12.4
TkA02G340180	`PF18055`	RPN6_N	265	276	2.9e-40	138.3
TkA02G340180	`PF01399`	PCI	294	307	6.5e-19	68.6
TkA02G340180	`PF22205`	Csm6_6H	309	350	0.24	12.3
TkA02G340180	`PF22205`	Csm6_6H	368	407	0.24	12.3
TkA02G340180	`PF14559`	TPR_19	387	402	0.25	12.4
TkA02G340180	`PF01399`	PCI	391	472	6.5e-19	68.6
TkA02G340180	`PF18503`	RPN6_C_helix	479	504	1.2e-11	44.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LP45`	拟南芥	sp\|Q9LP45\|PSD11_ARATH 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 11 homolog	85.500%	Swiss-Prot	高置信

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