TkA02G336810 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G336810

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 85497557-85500390 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2176 bp · TkA02G336810|TK1151|cDNA

ATAAAATCCACCGTTTACGACTTTACGTAGGTTGTGCTGCGACGGCGAGACCGGGAAGGGGCGGAGGGCGAAGACGCAGCGGCAGACGCCTTGGAGAAACTCATCAAAAGAGGAGATGAAAGTTCATCGCAAGAGTTCGGATAGAATCAGCGCGCTTCCTGAAGATACAGTTTCACAAATTCTGAGTCATATGCCAATTCGAGATGCAGTGAGGACGAGCATCTTGTCAAGGAAATGGAGGTATCGTTGGACTAGCATGC...

CDS

下载 CDS FASTA

1242 bp · TkA02G336810|TK1151|CDS

ATGAAAGTTCATCGCAAGAGTTCGGATAGAATCAGCGCGCTTCCTGAAGATACAGTTTCACAAATTCTGAGTCATATGCCAATTCGAGATGCAGTGAGGACGAGCATCTTGTCAAGGAAATGGAGGTATCGTTGGACTAGCATGCCCAAACTTGTATTTAATGATGAGAGCCTGGCTGTATTAACTGATGACGAAGATATCAATAAATATAAGTTTGTCGATGCCATCTTCCACGTTTTGTTGCTGCACAAAGGTCCAAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

413 aa · TkA02G336810|TK1151|PROTEIN

MKVHRKSSDRISALPEDTVSQILSHMPIRDAVRTSILSRKWRYRWTSMPKLVFNDESLAVLTDDEDINKYKFVDAIFHVLLLHKGPILEFSLSVTGKEIYSEIDQIILHLLRNNNIKKFTLEILETDRSYLLPGSLFSLQGLEHLDLSYCAFDRCPLMNKGFSTLKSLSFSDVDITNKMLFKFLTNCPLLEEFTWARDYYINIELTESELVKLFKNLPSVHVLHISKLYIKVIPNLLFNLMQMKSCFKSIWLKHLAAGTM...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G336810`
TK1151 ID	TkA02G336810
OH-1004 ID	LXL04_015139
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	57.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 97.579 / OH-1004 34.492 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G336810

位置 Chr02:85497557-85500390 (+)

描述 Similar to At1g13570: F-box/FBD/LRR-repeat protein At1g13570

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g13570`	F-box/FBD/LRR重复蛋白 At1g13570。	暂无已核实直接文献
`At5g52460`	假定的F-box/FBD/LRR重复蛋白 At5g52460。	暂无已核实直接文献
`At3g26922`	F-box/LRR重复蛋白 At3g26922。	暂无已核实直接文献
`At3g51530`	F-box/FBD/LRR重复蛋白At3g51530。	暂无已核实直接文献
`At4g00160`	F-box/FBD/LRR重复蛋白 At4g00160。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_015139 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G13570

ath:AT5G56370

ath:AT5G56440

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.718

排名 1 · TkA02G336810 · TK1151

细胞质0.360

排名 2 · TkA02G336810 · TK1151

内质网0.052

排名 3 · TkA02G336810 · TK1151

细胞膜0.047

排名 4 · TkA02G336810 · TK1151

质体0.021

排名 5 · TkA02G336810 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00646F-box11-50 aa

PF12937F-box-like11-42 aa

PF23622LRR_At1g61320_AtMIF141-70 aa

PF23622LRR_At1g61320_AtMIF1101-197 aa

PF24758LRR_At5g56370108-196 aa

PF13855LRR_8111-118 aa

PF06662C5-epim_C117-168 aa

PF13855LRR_8134-149 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G336810	`PF00646`	F-box	11	50	3.7e-09	36.8
TkA02G336810	`PF12937`	F-box-like	11	42	0.001	19.5
TkA02G336810	`PF23622`	LRR_At1g61320_AtMIF1	41	70	1.4e-09	38.5
TkA02G336810	`PF23622`	LRR_At1g61320_AtMIF1	101	197	1.4e-09	38.5
TkA02G336810	`PF24758`	LRR_At5g56370	108	196	6.1e-11	43.1
TkA02G336810	`PF13855`	LRR_8	111	118	7.6	7.1
TkA02G336810	`PF06662`	C5-epim_C	117	168	0.23	11.6
TkA02G336810	`PF13855`	LRR_8	134	149	7.6	7.1
TkA02G336810	`PF28313`	DUF8380	160	231	0.0059	16.3
TkA02G336810	`PF28505`	DUF1699_N	176	201	0.021	15.2
TkA02G336810	`PF08387`	FBD	190	199	1.9e-06	28.4
TkA02G336810	`PF28505`	DUF1699_N	200	243	0.021	15.2
TkA02G336810	`PF00646`	F-box	210	227	3.7e-09	36.8
TkA02G336810	`PF13855`	LRR_8	213	240	7.6	7.1
TkA02G336810	`PF24758`	LRR_At5g56370	261	305	6.1e-11	43.1
TkA02G336810	`PF23622`	LRR_At1g61320_AtMIF1	267	368	1.4e-09	38.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FZ70`	拟南芥	sp\|Q9FZ70\|FDL1_ARATH F-box/FBD/LRR-repeat protein At1g13570	31.400%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9FHB5`	拟南芥	sp\|Q9FHB5\|FDL42_ARATH Putative F-box/FBD/LRR-repeat protein At5g52460	27.400%	Swiss-Prot	低置信
`Q9LJF8`	拟南芥	sp\|Q9LJF8\|FBL47_ARATH F-box/LRR-repeat protein At3g26922	28.000%	Swiss-Prot	低置信
`Q501E9`	拟南芥	sp\|Q501E9\|FDL20_ARATH F-box/FBD/LRR-repeat protein At3g51530	28.300%	Swiss-Prot	低置信
`Q8LF09`	拟南芥	sp\|Q8LF09\|FDL23_ARATH F-box/FBD/LRR-repeat protein At4g00160	27.800%	Swiss-Prot	低置信

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