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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA02G298400
当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 76032243-76035130 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1562 bp · TkA02G298400|TK1151|cDNA

AGAAAGTTCATTGAAAAAGCTAAATGGTTTTAAAGCTTAAAAGAAAGTTATTTCACAAAGTAACCTGCTTTTTCCCTTCTCATCTCTCCTTCTCTCTATCTCTCTATATCTCTTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCATGAATAAAGCTGATGCAAACAACTACGCCCACTTCTACCTTCTGTACATAACCAAACCATTTTGATTGATTCGTAGCTTCATCTGTAAGATATTGGATATTATCACTGAAACCCACTACCATACA...

CDS

下载 CDS FASTA

1080 bp · TkA02G298400|TK1151|CDS

ATGTTAGAGACCGACCACCCTTCACCTGCTCCATCTTCGTCAGATCATGCACTTTCTTGTAAGAGAAAAAGACGCCCCGCTGGTACTCCAGATCCAGATGCGGAGGTTGTGTCGTTATCTCCAAAGACTTTGCTGGAGTCAGACCGATACGTGTGTGAGATCTGTAACCAAGGCTTCCAGAGGGATCAGAATCTGCAGATGCACCGGCGGCGGCACAAGGTTCCATGGAAGCTGTTGAAGAGGGAATCGGCGGAGGTAAA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

359 aa · TkA02G298400|TK1151|PROTEIN

MLETDHPSPAPSSSDHALSCKRKRRPAGTPDPDAEVVSLSPKTLLESDRYVCEICNQGFQRDQNLQMHRRRHKVPWKLLKRESAEVKKRVFVCPEPSCLHHDPCHALGDLVGIKKHFRRKHSNNKQWVCEKCSKGYAVQSDYKAHLKTCGTRGHSCDCGRVFSRVESFIEHQDACDVRHVHPDLKAFQPACLPRMQQTHHHHKSDEHSQAHEEKIELQLLPSSSLFEQKNNHQTHLNLSIGNEVISFHKEEERIKMAMAE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA02G298400
TK1151 IDTkA02G298400
OH-1004 IDLXL04_022467
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)69.800
蛋白覆盖度 (%)TK1151 96.657 / OH-1004 91.899
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA02G298400
位置Chr02:76032243-76035130 (+)
描述Similar to SGR5: Zinc finger protein SHOOT GRAVITROPISM 5
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g68130 通过直接结合 QQS 启动子来调节淀粉代谢的转录因子。
Two splice variants of the IDD14 transcription factor competitively form nonfunctional heterodimers which may regulate starch metabolism.2011 · DOI: 10.1038/ncomms1303
The arabidopsis IDD14, IDD15, and IDD16 cooperatively regulate lateral organ morphogenesis and gravitropism by promoting auxin biosynthesis and transport.2013 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1003759
At2g01940 参与花序茎重力向性反应的转录因子，可能通过调节感重细胞淀粉体中淀粉的积累。
A C2H2-type zinc finger protein, SGR5, is involved in early events of gravitropism in Arabidopsis inflorescence stems.2006 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2006.02807.x
Altered gravitropic response, amyloplast sedimentation and circumnutation in the Arabidopsis shoot gravitropism 5 mutant are associated with reduced starch levels.2008 · DOI: 10.1007/s11103-008-9301-0
The arabidopsis IDD14, IDD15, and IDD16 cooperatively regulate lateral organ morphogenesis and gravitropism by promoting auxin biosynthesis and transport.2013 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1003759
Mutations in the SGR4, SGR5 and SGR6 loci of Arabidopsis thaliana alter the shoot gravitropism.1997 · DOI: 10.1093/oxfordjournals.pcp.a029201
At1g25250 调控侧生器官形态发生和向地性反应的转录因子。
The arabidopsis IDD14, IDD15, and IDD16 cooperatively regulate lateral organ morphogenesis and gravitropism by promoting auxin biosynthesis and transport.2013 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1003759
At3g50700 转录因子，作为赤霉素 作用、稳态和信号传导的正调节因子。 暂无已核实直接文献
At1g03840 转录因子，调节组织边界和非对称细胞分裂。
DELLA protein functions as a transcriptional activator through the DNA binding of the indeterminate domain family proteins.2014 · DOI: 10.1073/pnas.1321669111

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022467 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0002221 pattern recognition receptor signaling pathway 生物过程
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0008356 asymmetric cell division 生物过程
GO:0009590 detection of gravity 生物过程
GO:0009630 gravitropism 生物过程
GO:0009740 gibberellic acid mediated signaling pathway 生物过程
GO:0009937 regulation of gibberellic acid mediated signaling pathway 生物过程
GO:0009959 negative gravitropism 生物过程
GO:0009965 leaf morphogenesis 生物过程
GO:0010031 circumnutation 生物过程
GO:0010336 gibberellic acid homeostasis 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G25250
ath:AT1G68130
ath:AT2G01940
ath:AT2G02080
ath:AT3G50700
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.963
排名 1 · TkA02G298400 · TK1151
细胞质0.107
排名 2 · TkA02G298400 · TK1151
细胞膜0.024
排名 3 · TkA02G298400 · TK1151
线粒体0.012
排名 4 · TkA02G298400 · TK1151
内质网0.011
排名 5 · TkA02G298400 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF26295PDDEXK_1729-71 aa
PF26040Zn_ribbon_CLPX_N42-57 aa
PF23250zf_DPOE_246-62 aa
PF14369Zn_ribbon_1947-59 aa
PF13465zf-H2C2_248-59 aa
PF22995C2CH-3rd_BIRD-IDD49-56 aa
PF13912zf-C2H2_649-73 aa
PF00096zf-C2H250-72 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA02G298400PF26295PDDEXK_1729710.2712.4
TkA02G298400PF26040Zn_ribbon_CLPX_N42570.3111.6
TkA02G298400PF23250zf_DPOE_246620.001918.6
TkA02G298400PF14369Zn_ribbon_1947591.310.0
TkA02G298400PF13465zf-H2C2_248590.01816.1
TkA02G298400PF22995C2CH-3rd_BIRD-IDD49561.7e-1453.9
TkA02G298400PF13912zf-C2H2_649730.0003821.1
TkA02G298400PF00096zf-C2H250722.6e-0731.4
TkA02G298400PF17772zf-MYST50700.001818.6
TkA02G298400PF13894zf-C2H2_450720.02116.2
TkA02G298400PF12874zf-met50680.02215.8
TkA02G298400PF23447DUF712850682.58.8
TkA02G298400PF12171zf-C2H2_jaz50704.78.2
TkA02G298400PF13717Zn_ribbon_452590.5510.9
TkA02G298400PF23550zf_Tbcl_Rhp752593.08.2
TkA02G298400PF13465zf-H2C2_264740.01816.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9C9X7拟南芥sp|Q9C9X7|IDD14_ARATH Protein indeterminate-domain 1453.200%Swiss-Prot高置信
F4IPE3拟南芥sp|F4IPE3|IDD15_ARATH Zinc finger protein SHOOT GRAVITROPISM 554.300%Swiss-Prot高置信
Q9FRH4拟南芥sp|Q9FRH4|IDD16_ARATH Protein indeterminate-domain 1687.700%Swiss-Prot低置信
Q9SCQ6拟南芥sp|Q9SCQ6|IDD2_ARATH Zinc finger protein GAI-ASSOCIATED FACTOR 160.000%Swiss-Prot低置信
Q9ZWA6拟南芥sp|Q9ZWA6|IDD3_ARATH Zinc finger protein MAGPIE66.000%Swiss-Prot低置信

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