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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA01G636030
当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 160911690-160912202 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

513 bp · TkA01G636030|TK1151|cDNA

ATGGTTTGGTTAAATCGCCGCCTTCTTTTGACTGACAACTCCCTGAATGTAGACGATGCTGATGATTCTTCCCACTCCGATGAAACAAATTTTGATGCGGACATGGTAGTAATGCTGGCCGCGTTGTTATGCGCGCTAGTGGCTGCCCTCCTATTAAACTCAGTAGTACATCTATATTTACGACGGAGACGTGAGTCCATGGAGGCGGCAGCAAATTTACAAGCAGGTTCTGGGCTGGAGAAACGAGCAATTAAGAAGAT...

CDS

下载 CDS FASTA

513 bp · TkA01G636030|TK1151|CDS

ATGGTTTGGTTAAATCGCCGCCTTCTTTTGACTGACAACTCCCTGAATGTAGACGATGCTGATGATTCTTCCCACTCCGATGAAACAAATTTTGATGCGGACATGGTAGTAATGCTGGCCGCGTTGTTATGCGCGCTAGTGGCTGCCCTCCTATTAAACTCAGTAGTACATCTATATTTACGACGGAGACGTGAGTCCATGGAGGCGGCAGCAAATTTACAAGCAGGTTCTGGGCTGGAGAAACGAGCAATTAAGAAGAT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

170 aa · TkA01G636030|TK1151|PROTEIN

MVWLNRRLLLTDNSLNVDDADDSSHSDETNFDADMVVMLAALLCALVAALLLNSVVHLYLRRRRESMEAAANLQAGSGLEKRAIKKIPVTRFRMRRGGSATECSICLGDFVNGERVRVLPECSHEFHVKCVDKWLNEHASCPNCRRSLGPAKGGDDGGDRAMVRAEQGGM

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA01G636030
TK1151 IDTkA01G636030
OH-1004 IDLXL04_000079
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA01G636030
位置Chr01:160911690-160912202 (-)
描述Similar to ATL73: RING-H2 finger protein ATL73
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g05280 RING-H2指蛋白ATL73。 暂无已核实直接文献
At1g49230 RING-H2锌指蛋白ATL78。 暂无已核实直接文献
At4g35480 E3 泛素-蛋白连接酶，在体外具有 E3 泛素连接酶活性，并介导蛋白单泛素化。
Ligand-induced monoubiquitination of BIK1 regulates plant immunity.2020 · DOI: 10.1038/s41586-020-2210-3
At1g49200 RING-H2指蛋白ATL75。 暂无已核实直接文献
At5g01880 RING-H2指蛋白ATL74。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000079 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006513 protein monoubiquitination 生物过程
GO:0009409 response to cold 生物过程
GO:0009414 response to water deprivation 生物过程
GO:0009555 pollen development 生物过程
GO:0009901 anther dehiscence 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0048443 stamen development 生物过程
GO:0048481 plant ovule development 生物过程
GO:0051865 protein autoubiquitination 生物过程
GO:0080141 regulation of jasmonic acid biosynthetic process 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G49200
ath:AT1G49230
ath:AT2G17450
ath:AT3G10910
ath:AT5G05280
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.411
排名 1 · TkA01G636030 · TK1151
溶酶体／液泡0.231
排名 2 · TkA01G636030 · TK1151
内质网0.207
排名 3 · TkA01G636030 · TK1151
细胞质0.157
排名 4 · TkA01G636030 · TK1151
高尔基体0.134
排名 5 · TkA01G636030 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25637DUF794234-64 aa
PF27852Opalin35-72 aa
PF13832zf-HC5HC2H_291-132 aa
PF11793FANCL_C101-139 aa
PF13920zf-C3HC4_3101-147 aa
PF14446Prok-RING_1101-133 aa
PF29452FAR1_N101-145 aa
PF13639zf-RING_2102-145 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA01G636030PF25637DUF794234640.04314.4
TkA01G636030PF27852Opalin35720.06814.0
TkA01G636030PF13832zf-HC5HC2H_2911320.113.5
TkA01G636030PF11793FANCL_C1011390.001919.2
TkA01G636030PF13920zf-C3HC4_31011470.002718.2
TkA01G636030PF14446Prok-RING_11011330.02215.6
TkA01G636030PF29452FAR1_N1011450.03414.9
TkA01G636030PF13639zf-RING_21021451.9e-1454.4
TkA01G636030PF17123zf-RING_111021317.9e-1348.6
TkA01G636030PF13923zf-C3HC4_21021441.5e-0835.0
TkA01G636030PF14634zf-RING_51021461.7e-0525.4
TkA01G636030PF21533EHMT1-2_CRR1021450.04614.8
TkA01G636030PF17120zf-RING_161021420.1412.5
TkA01G636030PF21202SLX1_C1021460.4111.7
TkA01G636030PF00097zf-C3HC41031447e-0729.7
TkA01G636030PF13445zf-RING_UBOX1031420.0002721.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9FLC6拟南芥sp|Q9FLC6|ATL73_ARATH RING-H2 finger protein ATL7354.300%Swiss-Prot中等置信
Q6NQG7拟南芥sp|Q6NQG7|ATL78_ARATH RING-H2 finger protein ATL7841.400%Swiss-Prot中等置信
Q9ZT49拟南芥sp|Q9ZT49|ATL45_ARATH Probable E3 ubiquitin-protein ligase ATL4540.700%Swiss-Prot中等置信
Q94BY6拟南芥sp|Q94BY6|ATL75_ARATH RING-H2 finger protein ATL7537.700%Swiss-Prot中等置信
Q9LZV8拟南芥sp|Q9LZV8|ATL74_ARATH RING-H2 finger protein ATL7453.600%Swiss-Prot低置信

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