TkA01G608560 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G608560

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 153396068-153402030 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2029 bp · TkA01G608560|TK1151|cDNA

AAAAAATAGAAAAATCAAACCATCAAACGTTAAGATCAGGGTTTATTTTCTATTTGGTCCTGGTATTATGATGGAAAACCTAATCGTTGGATTTTCCCCCTAATCGCTTCTTCCCTCCATCTTCTTAGCTGTGTGAGACAGCACAGAGATTGAGAATGGGTTTTTTCGATCTGAATATCCCCTACAATGAGTCCAACAAGCGAAATCCCACCACCGAAAAGTCTATACGATTGAAACTCGCCGTCAAAGCCATGGAATTG...

CDS

下载 CDS FASTA

1641 bp · TkA01G608560|TK1151|CDS

ATGGGTTTTTTCGATCTGAATATCCCCTACAATGAGTCCAACAAGCGAAATCCCACCACCGAAAAGTCTATACGATTGAAACTCGCCGTCAAAGCCATGGAATTGGGTTACACCGGCGTTGCATATAACCGTACTATTACCGGAGTAATGTCGGAAGCAGACCGTTGTTCAATCTCTCTATTCCCTATTTCTTCCGTTCTTAAGGTTTCTCCTTCTATCTCTGCCTCTGTTAACCTTCACCGCCGCCTCCTCAATGTCCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

546 aa · TkA01G608560|TK1151|PROTEIN

MGFFDLNIPYNESNKRNPTTEKSIRLKLAVKAMELGYTGVAYNRTITGVMSEADRCSISLFPISSVLKVSPSISASVNLHRRLLNVPTSTPFRQYTRLTVVVDTPAQGSALNSGNPVLKTYDIIAVRPLKQDSFDQSCKNYEVDIIAIDFSENRFRLKQPLIKAAIERGVYFEITYAGLVLDAQLRRQMITNAKLLVDWTRGKNLIFSSAAPSVTELRGPYDVANLASLLGLSVERAKAAVSRTCRSLLENGIRKKKFYK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G608560`
TK1151 ID	TkA01G608560
OH-1004 ID	LXL04_000494
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	90.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G608560

位置 Chr01:153396068-153402030 (+)

描述 Similar to GAF1: Protein GAMETOPHYTE DEFECTIVE 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g59980`	可能是核糖核酸酶 P 的组成部分，核糖核蛋白复合体，通过切割 tRNA 的 5' 端生成成熟 tRNA 分子（通过相似性）。	GAMETOPHYTE DEFECTIVE 1, a putative subunit of RNases P/MRP, is essential for female gametogenesis and male competence in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1371/journal.pone.0033595

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000494 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0001682 tRNA 5'-leader removal 生物过程

GO:0006364 rRNA processing 生物过程

GO:0006396 RNA processing 生物过程

GO:0008033 tRNA processing 生物过程

GO:0009553 embryo sac development 生物过程

GO:0048868 pollen tube development 生物过程

GO:0000172 ribonuclease MRP complex 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005655 nucleolar ribonuclease P complex 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0030681 multimeric ribonuclease P complex 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G59980

bta:615098

ddi:DDB_G0269980

hsa:10556

mmu:54364

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.829

排名 1 · TkA01G608560 · TK1151

细胞质0.216

排名 2 · TkA01G608560 · TK1151

细胞膜0.032

排名 3 · TkA01G608560 · TK1151

线粒体0.026

排名 4 · TkA01G608560 · TK1151

高尔基体0.022

排名 5 · TkA01G608560 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01876RNase_P_p303-257 aa

PF02677QueH3-58 aa

PF10475Vps54_N431-494 aa

PF24231DUF7444436-509 aa

PF02677QueH458-543 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G608560	`PF01876`	RNase_P_p30	3	257	3.8e-54	184.2
TkA01G608560	`PF02677`	QueH	3	58	0.041	14.7
TkA01G608560	`PF10475`	Vps54_N	431	494	0.16	12.0
TkA01G608560	`PF24231`	DUF7444	436	509	0.22	12.1
TkA01G608560	`PF02677`	QueH	458	543	0.041	14.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4JXF1`	拟南芥	sp\|F4JXF1\|GAF1_ARATH Protein GAMETOPHYTE DEFECTIVE 1	57.100%	Swiss-Prot	中等置信

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