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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA01G598790
当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 150810640-150813857 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2350 bp · TkA01G598790|TK1151|cDNA

CTCAGCCTAAACTCTAAACAAACTTACCCATAAACCATCCACTTGCATGAGTTGGGCCTTTTGGTACTCATGGGTTCCACATTCGGCCCATTCATAACTGGTTGCGCGATCCTTTTTAGAACACGGCGCCGGAAACTTGCGTCCAAATGCGTCCCGAATAATGGCCGATAACATGCCACGTCGTCTCCCGCCAGTTCATCAAATGTTTAAGTTACCCCTACCATTGACACCCAACCATCTTGTCACAGGGTTAGATTTGT...

CDS

下载 CDS FASTA

1695 bp · TkA01G598790|TK1151|CDS

ATGCCGGCTCGAGCAAGACGAACGTTGTTCCCGGAGGTAGTTATTGAGAGGGACTCTGACACCGAGAAAAGTTCAGACGATGAAGAAGAGGTAGAAGACGACGTCGTTGAGTCAGATGATCAAGAAGAAGACGAAGTAGAGGTCGATGCGCGAAAAGTTAAAGAGGCTGAAGTTTCGTCTCCAGCCAATAAGAAGGGGAAGGCGCATATTACTATCAGTCTTAAGAAAGTCTGCAAGGTCTGTAAGAGAACGGGTCATCA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

564 aa · TkA01G598790|TK1151|PROTEIN

MPARARRTLFPEVVIERDSDTEKSSDDEEEVEDDVVESDDQEEDEVEVDARKVKEAEVSSPANKKGKAHITISLKKVCKVCKRTGHQAGFQGPTYIDCPMKPCFLCKLPGHTTVDCPHRAAMEFGVIPASRKRTNNSLDYVFERQVRHRVPSIKPEFVIPDEVNCAVIRYHSRRVTCLEFHPTNNNILLSGDKKGQLGVWDFGKVHEKTVYSNIHTCLLNNMKFSPANDGTVYAASSDGTMSSTDLETGLSTPLLDLNPN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA01G598790
TK1151 IDTkA01G598790
OH-1004 IDLXL04_000625
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 92.730 / OH-1004 92.730
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA01G598790
位置Chr01:150810640-150813857 (-)
描述Similar to DDB2: Protein DAMAGED DNA-BINDING 2
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g58760 可能作为DCX（DDB1-CUL4-X盒）E3泛素蛋白连接酶复合物的底物识别模块，包括DDB1A和CUL4（通过相似性）。
Regulation and role of Arabidopsis CUL4-DDB1A-DDB2 in maintaining genome integrity upon UV stress.2008 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1000093
The DDB1a interacting proteins ATCSA-1 and DDB2 are critical factors for UV-B tolerance and genomic integrity in Arabidopsis thaliana.2010 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2010.04157.x

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os01g0141700 参与DNA修复所必需。
Rice UV-damaged DNA binding protein homologues are most abundant in proliferating tissues.2003 · DOI: 10.1016/s0378-1119(03)00447-5
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000625 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000209 protein polyubiquitination 生物过程
GO:0006281 DNA repair 生物过程
GO:0006289 nucleotide-excision repair 生物过程
GO:0009411 response to UV 生物过程
GO:0010224 response to UV-B 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0034644 cellular response to UV 生物过程
GO:0051865 protein autoubiquitination 生物过程
GO:0070914 UV-damage excision repair 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分
GO:0031464 Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT5G58760
bta:519357
dosa:Os01g0141700
gga:423185
osa:4325482
xtr:493565
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.869
排名 1 · TkA01G598790 · TK1151
细胞质0.193
排名 2 · TkA01G598790 · TK1151
细胞膜0.031
排名 3 · TkA01G598790 · TK1151
线粒体0.022
排名 4 · TkA01G598790 · TK1151
内质网0.017
排名 5 · TkA01G598790 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF09026CENP-B_dimeris16-50 aa
PF05764YL117-69 aa
PF05642Sporozoite_P6718-79 aa
PF14812PBP1_TM24-55 aa
PF14392zf-CCHC_474-89 aa
PF27939DUF836376-123 aa
PF00098zf-CCHC77-88 aa
PF29037DSE1_N102-251 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA01G598790PF09026CENP-B_dimeris16500.009517.1
TkA01G598790PF05764YL117696.07.6
TkA01G598790PF05642Sporozoite_P6718799.94.8
TkA01G598790PF14812PBP1_TM24550.06714.2
TkA01G598790PF14392zf-CCHC_474891.29.5
TkA01G598790PF27939DUF8363761230.02415.2
TkA01G598790PF00098zf-CCHC77880.01316.2
TkA01G598790PF29037DSE1_N1022511.3e-0835.0
TkA01G598790PF00098zf-CCHC1021180.01316.2
TkA01G598790PF14392zf-CCHC_41031171.29.5
TkA01G598790PF24805EIF3I1472476e-0523.0
TkA01G598790PF23215WD_LRWD11632061.9e-0524.6
TkA01G598790PF23419WD40_RFWD31632480.007416.4
TkA01G598790PF25047Beta-prop_TEP1_2nd1642484.4e-0833.3
TkA01G598790PF24814WD40_Prp191652492.6e-1557.0
TkA01G598790PF24105Beta-prop_CAF1B_HIR11652462e-0524.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q6NQ88拟南芥sp|Q6NQ88|DDB2_ARATH Protein DAMAGED DNA-BINDING 267.300%Swiss-Prot高置信
Q84KJ3水稻sp|Q84KJ3|DDB2_ORYSJ DNA damage-binding protein 268.500%Swiss-Prot高置信

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