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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA01G598270
当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 150643774-150647682 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2869 bp · TkA01G598270|TK1151|cDNA

AAAACTTCCTCTCGAACTCTCTTAAAATATTTTAGTATTTTATGAAGAAGAATTTCCCAAATCGTAAAATGCGACAATGTAGAATCCGTATCTTCCCACAACAATGATCGCCTCTTCTTCCGCAATTCGTCATGTCAAAGTCCACCGTATCTAAAATCTTATACTAGATTCGAATGCCCTGGAGTATAAGTCTCTAAATATCATTCTCCAACCTCCGAAACCTCATCAATGGCTGCCGACATCAGAACACTAATGATTTT...

CDS

下载 CDS FASTA

2460 bp · TkA01G598270|TK1151|CDS

ATGGCTGCCGACATCAGAACACTAATGATTTTCGAGCAATCAAGAAAACGCCAGAGACTCAGCCATGCTCCGAAGCTTCTTCCTAACGAACAAGTCGAAGTACGAAGTGTTGAAGAGGGCCTCCAGGGTTCATGGCATGAAGGCACAGTGATCGAATTTCAACGACAGATTCGTGTGGTGAAATACCACCATCTCTTAAACGACAACACTTCAGAGAACCTTATCGAATCTATCCAAGTTCTATTTGCAGTCGATGGCAA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

819 aa · TkA01G598270|TK1151|PROTEIN

MAADIRTLMIFEQSRKRQRLSHAPKLLPNEQVEVRSVEEGLQGSWHEGTVIEFQRQIRVVKYHHLLNDNTSENLIESIQVLFAVDGNIPTNWRSSDFPNYRGKIRPVPPHFKFHKSRLHYGQCVDVFHEDAWWEGVVFDHNDDSDERLIFFPDIGDELRVNFENLRVTQDWDAASDEWKIRGDWVFLEVIEELKTERPILVSVKQIWYELRMTKCFLKEMKEWTCPVKKSWKETVKEVMVDNFKLTMADFFHKFSEDLEH...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA01G598270
TK1151 IDTkA01G598270
OH-1004 IDLXL04_000635
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)98.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 97.070 / OH-1004 91.053
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA01G598270
位置Chr01:150643774-150647682 (-)
描述Similar to IDM1: Increased DNA methylation 1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g14980 组蛋白 H3 乙酰转移酶，在缺乏组蛋白 H3K4 二甲基化或三甲基化的染色质位点结合甲基化 DNA，并催化 H3K18 和 H3K23 乙酰化。
A histone acetyltransferase regulates active DNA demethylation in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1126/science.1219416
Antisilencing role of the RNA-directed DNA methylation pathway and a histone acetyltransferase in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1073/pnas.1208557109
Regulation of active DNA demethylation by an α-crystallin domain protein in Arabidopsis.2014 · DOI: 10.1016/j.molcel.2014.06.008

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000635 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程
GO:0000724 double-strand break repair via homologous recombination 生物过程
GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0010629 negative regulation of gene expression 生物过程
GO:0015671 oxygen transport 生物过程
GO:0042659 regulation of cell fate specification 生物过程
GO:0045892 negative regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0072553 terminal button organization 生物过程
GO:0080188 gene silencing by siRNA-directed DNA methylation 生物过程
GO:2000736 regulation of stem cell differentiation 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G14980
hsa:1108
mmu:107932
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.901
排名 1 · TkA01G598270 · TK1151
细胞质0.137
排名 2 · TkA01G598270 · TK1151
细胞膜0.037
排名 3 · TkA01G598270 · TK1151
内质网0.022
排名 4 · TkA01G598270 · TK1151
质体0.019
排名 5 · TkA01G598270 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05641Agenet30-109 aa
PF05641Agenet122-159 aa
PF00628PHD220-226 aa
PF22970DUF7028284-363 aa
PF16135TDBD457-507 aa
PF13831PHD_2462-469 aa
PF00628PHD464-470 aa
PF23011PHD-1st_NSD530-573 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA01G598270PF05641Agenet301091.6e-1351.6
TkA01G598270PF05641Agenet1221591.6e-1351.6
TkA01G598270PF00628PHD2202262.9e-1040.7
TkA01G598270PF22970DUF70282843632.9e-1556.7
TkA01G598270PF16135TDBD4575072.8e-1969.6
TkA01G598270PF13831PHD_24624692.6e-0524.3
TkA01G598270PF00628PHD4644702.9e-1040.7
TkA01G598270PF23011PHD-1st_NSD5305735.4e-0833.5
TkA01G598270PF13831PHD_25325372.6e-0524.3
TkA01G598270PF00628PHD5345732.9e-1040.7
TkA01G598270PF23004PHDvar_NSD5345580.0002821.5
TkA01G598270PF13831PHD_25425732.6e-0524.3
TkA01G598270PF00628PHD5756292.9e-1040.7
TkA01G598270PF23004PHDvar_NSD5836130.0002821.5
TkA01G598270PF13831PHD_25936172.6e-0524.3
TkA01G598270PF23011PHD-1st_NSD5956105.4e-0833.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
F4IXE7拟南芥sp|F4IXE7|IDM1_ARATH Increased DNA methylation 136.300%Swiss-Prot低置信

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