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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA01G592860
当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 149219382-149223675 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2777 bp · TkA01G592860|TK1151|cDNA

AGTCCCTTCCCCTGATCATGTTCATCCAAACCTTAACCTTCTTTCATCAACTGTCGTGCATGCATTTTGTGCATGCCTCTACTAACCCGATTTGTTTCTCCCACCAGTTCATAAAGCAACGGTCAAATTCCCAGCAGTCTTTTTTCAGAATATGTTAGTATTACGCGTGTGCGAGTATGAAAGGATATTAGAACTAGATTAGAGACTTGGATTAGAAATATTTGGGGGTCAAATGTCGTCGCCGGCGAAGATTTGCATGA...

CDS

下载 CDS FASTA

2289 bp · TkA01G592860|TK1151|CDS

ATGTCGTCGCCGGCGAAGATTTGCATGAACGGATTGTGCGGGGCAACGACGACTCCTCAATGGAAGAAAGGTTGGCCCATGAAAACCGGCGGTTTTGCTAATCTCTGCTACGCTTGCGGAACTGCATATGATAATGTACGCTACTGTGAAAGGTTCCATCTTAATGAAGCAGGTTGGAGAGAATGCAATTCTTGTGAAAAGCCTGTTCATTGTGGATGCGTTGTTTCAAAATATCTTCATGAATGCCTTGATTTAGGAGG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

762 aa · TkA01G592860|TK1151|PROTEIN

MSSPAKICMNGLCGATTTPQWKKGWPMKTGGFANLCYACGTAYDNVRYCERFHLNEAGWRECNSCEKPVHCGCVVSKYLHECLDLGGILCIKCIRANTTQSLNQTIVNEIPNGFARFSATWQQPSYFDKLLTPLTTQGSEKQQHQHQNTSSTSTISLQFKQDEKTPIPTPTPCSNKDITSTFLKPLPLPLPLPSIFQNQLPDKNQKPNLGLKPTYEPFNSSLLPTSNGVTIHEKVTVVKQEQKRGPKPSKSGIRSHANKG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA01G592860
TK1151 IDTkA01G592860
OH-1004 IDLXL04_000708
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)96.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 99.344 / OH-1004 96.543
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA01G592860
位置Chr01:149219382-149223675 (-)
描述Similar to VAL2: B3 domain-containing transcription repressor VAL2
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g30470 参与胚胎途径的基因表达转录抑制因子，例如 LEC1、ABI3 和 FUS3。
Analysis of a sugar response mutant of Arabidopsis identified a novel B3 domain protein that functions as an active transcriptional repressor.2005 · DOI: 10.1104/pp.104.057752
Repression of the LEAFY COTYLEDON 1/B3 regulatory network in plant embryo development by VP1/ABSCISIC ACID INSENSITIVE 3-LIKE B3 genes.2007 · DOI: 10.1104/pp.106.092320
Two B3 domain transcriptional repressors prevent sugar-inducible expression of seed maturation genes in Arabidopsis seedlings.2007 · DOI: 10.1073/pnas.0607940104
At4g32010 参与胚胎途径的基因表达转录抑制因子，例如 LEC1、ABI3 和 FUS3。
Repression of the LEAFY COTYLEDON 1/B3 regulatory network in plant embryo development by VP1/ABSCISIC ACID INSENSITIVE 3-LIKE B3 genes.2007 · DOI: 10.1104/pp.106.092320
At4g21550 可能参与植物发育。
Repression of the LEAFY COTYLEDON 1/B3 regulatory network in plant embryo development by VP1/ABSCISIC ACID INSENSITIVE 3-LIKE B3 genes.2007 · DOI: 10.1104/pp.106.092320

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os07g0679700 含B3结构域的蛋白Os07g0679700。 暂无已核实直接文献
Os07g0563300 含B3结构域的蛋白 Os07g0563300。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000708 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程
GO:0009744 response to sucrose 生物过程
GO:0045892 negative regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0000976 transcription cis-regulatory region binding 分子功能
GO:0003677 DNA binding 分子功能
GO:0003700 DNA-binding transcription factor activity 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G30470
ath:AT4G32010
dosa:Os07g0563300
dosa:Os07g0679700
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.976
排名 1 · TkA01G592860 · TK1151
细胞质0.071
排名 2 · TkA01G592860 · TK1151
细胞膜0.025
排名 3 · TkA01G592860 · TK1151
内质网0.014
排名 4 · TkA01G592860 · TK1151
质体0.012
排名 5 · TkA01G592860 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00320GATA13-43 aa
PF31197PHD_JHD148-81 aa
PF25813zf_VAL1_N52-98 aa
PF00320GATA57-65 aa
PF07496zf-CW59-67 aa
PF02362B3310-409 aa
PF00320GATA355-370 aa
PF31197PHD_JHD1515-533 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA01G592860PF00320GATA13430.001219.1
TkA01G592860PF31197PHD_JHD148810.002418.5
TkA01G592860PF25813zf_VAL1_N52982e-2176.4
TkA01G592860PF00320GATA57650.001219.1
TkA01G592860PF07496zf-CW59676.9e-1245.9
TkA01G592860PF02362B33104092.5e-1763.4
TkA01G592860PF00320GATA3553700.001219.1
TkA01G592860PF31197PHD_JHD15155330.002418.5
TkA01G592860PF25813zf_VAL1_N5195302e-2176.4
TkA01G592860PF07496zf-CW5215636.9e-1245.9
TkA01G592860PF25813zf_VAL1_N6196272e-2176.4
TkA01G592860PF00320GATA6336440.001219.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q8W4L5拟南芥sp|Q8W4L5|VAL1_ARATH B3 domain-containing transcription repressor VAL145.900%Swiss-Prot中等置信
Q5CCK4拟南芥sp|Q5CCK4|VAL2_ARATH B3 domain-containing transcription repressor VAL245.500%Swiss-Prot中等置信
O65420拟南芥sp|O65420|VAL3_ARATH B3 domain-containing transcription factor VAL331.200%Swiss-Prot中等置信
Q6Z3U3水稻sp|Q6Z3U3|Y7797_ORYSJ B3 domain-containing protein Os07g067970043.300%Swiss-Prot中等置信
Q0D5G4水稻sp|Q0D5G4|Y7633_ORYSJ B3 domain-containing protein Os07g056330038.700%Swiss-Prot中等置信

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