TkA01G590420 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G590420

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 148571680-148574921 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1759 bp · TkA01G590420|TK1151|cDNA

CTAATAAGTAATAACTACTTTACTTAACGTAATTGTTTTCACGAAATAGTGATGATGGCAATTCATACGTTAAAATCAATAGAATGGAATCAACATCTTCATAGTTTTTACTCTTGGTTACTTATTTGACAAACGTGTAAATTGGTGTATTCATAGATATTGTGTATTTAGACCATGAATGTGTGCATTCAGTAACACCGTTTGCTAGCCTCTTAAATTTTGCCTCTTAATTTTTAAAATACCTCTGAAATTTTAAGAGG...

CDS

下载 CDS FASTA

714 bp · TkA01G590420|TK1151|CDS

ATGCTGAATTACACACGAACCATTCTTAGAAGAACTTCATTGTCCAATCTCATTTATTTCAATCACACGCATACAATCTCAACCTCATCATCAAGCCCTAGCTTATCAATATGGAGACGAAAGAAGGAATTGGGAAAAGAAGGTTTAATAATTACAAAAGAGCTCAAGAGACTTCAATCCAGTCCTCCCAGACTTGACCGATTCATCAAATCCCATGTCTCTCGCCTTCTCAAATCCGACCTTGTTTCTGTTCTTTTTGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

237 aa · TkA01G590420|TK1151|PROTEIN

MLNYTRTILRRTSLSNLIYFNHTHTISTSSSSPSLSIWRRKKELGKEGLIITKELKRLQSSPPRLDRFIKSHVSRLLKSDLVSVLFEFQRQDLVFLSMKLYEVVRKEIWYRPDMFFYRDMLMMLARNKKAEEIKRVWDDLTKEEVHFDQHTFGDIIRAFLDSGLPLEAMFVYDEMRKSPDPPLSLPYRVILKGLLPYPELREKVKDDFLQLFPGMVIYDPPEGLFEECLSSEEGESN

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G590420`
TK1151 ID	TkA01G590420
OH-1004 ID	LXL04_000746
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	97.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G590420

位置 Chr01:148571680-148574921 (-)

描述 Similar to At1g62350: Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g62350

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g62350`	含五肽重复的蛋白 At1g62350。	暂无已核实直接文献
`At3g46870`	弱结合特定单链 RNA (ssRNA)。	Structure of a PLS-class pentatricopeptide repeat protein provides insights into mechanism of RNA recognition.2013 · DOI: 10.1074/jbc.m113.496828

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000746 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000373 Group II intron splicing 生物过程

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0009658 chloroplast organization 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0042793 plastid transcription 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0090617 mitochondrial mRNA 5'-end processing 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009535 chloroplast thylakoid membrane 细胞组分

GO:0042644 chloroplast nucleoid 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G62350

ath:AT1G62910

ath:AT1G74850

ath:AT3G27750

ath:AT3G46870

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.855

排名 1 · TkA01G590420 · TK1151

质体0.089

排名 2 · TkA01G590420 · TK1151

细胞核0.049

排名 3 · TkA01G590420 · TK1151

细胞质0.035

排名 4 · TkA01G590420 · TK1151

细胞膜0.011

排名 5 · TkA01G590420 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13812PPR_3102-158 aa

PF29070MSC6_N111-163 aa

PF13041PPR_2112-159 aa

PF01535PPR117-143 aa

PF23276TPR_24120-194 aa

PF13812PPR_3135-191 aa

PF01535PPR151-178 aa

PF13041PPR_2155-194 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G590420	`PF13812`	PPR_3	102	158	0.15	12.9
TkA01G590420	`PF29070`	MSC6_N	111	163	0.11	12.3
TkA01G590420	`PF13041`	PPR_2	112	159	3.8e-06	27.6
TkA01G590420	`PF01535`	PPR	117	143	3.1e-05	24.6
TkA01G590420	`PF23276`	TPR_24	120	194	0.0095	16.6
TkA01G590420	`PF13812`	PPR_3	135	191	0.15	12.9
TkA01G590420	`PF01535`	PPR	151	178	3.1e-05	24.6
TkA01G590420	`PF13041`	PPR_2	155	194	3.8e-06	27.6
TkA01G590420	`PF01535`	PPR	223	229	3.1e-05	24.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q1PFH7`	拟南芥	sp\|Q1PFH7\|PPR89_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g62350	78.300%	Swiss-Prot	高置信
`Q9STF9`	拟南芥	sp\|Q9STF9\|THA8L_ARATH Protein THYLAKOID ASSEMBLY 8-like, chloroplastic	48.500%	Swiss-Prot	中等置信

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