TkA01G588260 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G588260

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 147978358-147980720 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1377 bp · TkA01G588260|TK1151|cDNA

ATTTAGCGTACCACTATTTATACAAACTTTATTTTTCATTGTTAACACAACAATCGTCAACAAATCCTCTAAAGAAACCTTGACATCGAGAGCACATCCTTAACGCAAAGGTAATAGAAGGTATCTACCTCAAAATTTCACCATCAACCCGTTTGATTCGACTTGTGGGTGAAGTCCGCAAAAACTAGGGTTTTTGATATTACTGGGTTTGGAGGGATCCAAGGAGCATACTGAGAGAAGAGGAAGATGACGACTAGAAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1062 bp · TkA01G588260|TK1151|CDS

ATGACGACTAGAATAGCTCCAGGCGTCGGGGCGAACCTGCTAGGTCAACACTCGGCGGAGAGGAACCAAGACGCCACTGCCTACGTCGGCAATCTTGACCCTCAGGCATCCGAAGAGCTATTATGGGAGTTGTTTGTTCAAGCTGGCCCAGTTGTGAACGTGTATGTTCCTAAAGATAGAGTCACCAATCTCCACCAAGGCTATGGATTTGTAGAGTTCCGAAGTGAAGAAGATGCTGATTATGCAATTAAAGTTCTCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

353 aa · TkA01G588260|TK1151|PROTEIN

MTTRIAPGVGANLLGQHSAERNQDATAYVGNLDPQASEELLWELFVQAGPVVNVYVPKDRVTNLHQGYGFVEFRSEEDADYAIKVLNMIKLYGKPIRVNKASQDKKSLDVGANLFVGNLDPDVDEKLLYDTFSAFGVIVTNPKIMRDPDTGNSRGFGFISYDSFEASDAAIESMNGQYLCNRQITVSYAYKKDTKGERHGTPAERTLASSNPTTQKSRPHTLFASGPPTLAQPNGAPRPFVNGALPPVQTIPAIRPAPPP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G588260`
TK1151 ID	TkA01G588260
OH-1004 ID	LXL04_000787
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 76.487 / OH-1004 76.487 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA01G588260`
位置	Chr01:147978358-147980720 (-)
描述	Similar to Sf3b4: Splicing factor 3B subunit 4
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_000787` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000375 RNA splicing, via transesterification reactions 生物过程 GO:0000387 spliceosomal snRNP assembly 生物过程 GO:0000388 spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) 生物过程 GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程 GO:0006397 mRNA processing 生物过程 GO:0008380 RNA splicing 生物过程 GO:1903241 U2-type prespliceosome assembly 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分 GO:0005681 spliceosomal complex 细胞组分 GO:0005684 U2-type spliceosomal complex 细胞组分 GO:0005686 U2 snRNP 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	hsa:10262 mmu:107701 rno:295270 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.571

排名 1 · TkA01G588260 · TK1151

细胞质0.565

排名 2 · TkA01G588260 · TK1151

细胞膜0.038

排名 3 · TkA01G588260 · TK1151

内质网0.033

排名 4 · TkA01G588260 · TK1151

线粒体0.023

排名 5 · TkA01G588260 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13893RRM_524-104 aa

PF00076RRM_128-97 aa

PF16367RRM_728-77 aa

PF22976RRM_1031-91 aa

PF08206OB_RNB65-88 aa

PF29326RRM_MUD2_C67-94 aa

PF25381PH_2681-108 aa

PF16367RRM_7113-172 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G588260	`PF13893`	RRM_5	24	104	0.015	15.7
TkA01G588260	`PF00076`	RRM_1	28	97	4.1e-43	145.8
TkA01G588260	`PF16367`	RRM_7	28	77	5.9e-06	26.9
TkA01G588260	`PF22976`	RRM_10	31	91	0.06	14.2
TkA01G588260	`PF08206`	OB_RNB	65	88	0.0011	19.3
TkA01G588260	`PF29326`	RRM_MUD2_C	67	94	0.0086	16.8
TkA01G588260	`PF25381`	PH_26	81	108	0.12	12.8
TkA01G588260	`PF16367`	RRM_7	113	172	5.9e-06	26.9
TkA01G588260	`PF13893`	RRM_5	113	188	0.015	15.7
TkA01G588260	`PF00076`	RRM_1	114	185	4.1e-43	145.8
TkA01G588260	`PF22976`	RRM_10	118	190	0.06	14.2
TkA01G588260	`PF08206`	OB_RNB	151	173	0.0011	19.3
TkA01G588260	`PF29326`	RRM_MUD2_C	157	193	0.0086	16.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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