TkA01G586560 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G586560

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 147534873-147537001 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1962 bp · TkA01G586560|TK1151|cDNA

CATAGATCATAACTTTTCATTCATGACCTCAGACTTTTTCAACCAGATTAAGAGTCTCCCTGACTCCATATCTTTATTCTAACCCACTTTAACAAGACCTTTAACAATTCCACCAACACACTTTTACATGTCTTCCCCTTCACAATTACCCAAATCAAATCCCTATTCATCCATTCGCCAACGGTATAATTTAATCCTCTTTCTCCTTATTTAATTCCTCATCTGCTTCCGCTTCTTCTGCTATTCCTCCATTACATTTC...

CDS

下载 CDS FASTA

1410 bp · TkA01G586560|TK1151|CDS

ATGGACCATACCCAGAGAATGGGTTTAATCTGGTTCATACCCATTTTCTGTTTCCTGTTTTCTACATCTAGTGCAGCGATTGCAGCAAAACCAGGGGTAAACTATGGTCAACTCGGAAATAACCTCCCTCATCCAAGCAAATCGGTGGAGCTCATCAAATCCCTAAAAGCCGGCCGTGTTAAGATCTACGATGCGAACCCGAAAATCCTTCAGGCACTTGCGAACACCAATATTCAAGTATCGATAATGGTGCCTAATGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

469 aa · TkA01G586560|TK1151|PROTEIN

MDHTQRMGLIWFIPIFCFLFSTSSAAIAAKPGVNYGQLGNNLPHPSKSVELIKSLKAGRVKIYDANPKILQALANTNIQVSIMVPNEIITAMAPNQSLADEWVRTNVVPFYPKTMIRYVLVGNEILSQPDNVTWFNLVPAMRRIRKALVSHKLKKIKVGTPLAMDCLEASFPPSSGKFRSSVSESVLKPLLQFIYRTKSFFFIDVYTYFAWISDPVNIKLDYALLQPNASTYTDPVTGLLYTNMLEQMLDALYFAMKDAG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G586560`
TK1151 ID	TkA01G586560
OH-1004 ID	LXL04_000800
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	97.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.360 / OH-1004 89.615 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G586560

位置 Chr01:147534873-147537001 (-)

描述 Similar to A6: Probable glucan endo-1,3-beta-glucosidase A6

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g14080`	可能的β-1,3-葡聚糖酶，可能参与花粉发育过程中小孢子四分体周围胼胝质壁的降解。	暂无已核实直接文献
`At4g29360`	葡聚糖内切-1,3-β-葡萄糖苷酶 12。	暂无已核实直接文献
`At5g56590`	葡聚糖内切-1,3-β-葡聚糖苷酶 13。	暂无已核实直接文献
`At3g13560`	葡聚糖内切-1,3-β-葡聚糖酶4。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000800 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005975 carbohydrate metabolic process 生物过程

GO:0006076 (1->3)-beta-D-glucan catabolic process 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0010584 pollen exine formation 生物过程

GO:0071555 cell wall organization 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G66250

ath:AT4G14080

ath:AT4G29360

ath:AT5G56590

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞外0.417

排名 1 · TkA01G586560 · TK1151

细胞膜0.266

排名 2 · TkA01G586560 · TK1151

内质网0.096

排名 3 · TkA01G586560 · TK1151

细胞质0.085

排名 4 · TkA01G586560 · TK1151

溶酶体／液泡0.083

排名 5 · TkA01G586560 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00332Glyco_hydro_1732-352 aa

PF29664BtgE-BtgC_glyc-hydro48-160 aa

PF08265YL1_C112-118 aa

PF08265YL1_C232-243 aa

PF29664BtgE-BtgC_glyc-hydro259-339 aa

PF07983X8379-451 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G586560	`PF00332`	Glyco_hydro_17	32	352	1.5e-91	307.9
TkA01G586560	`PF29664`	BtgE-BtgC_glyc-hydro	48	160	1.8e-09	37.9
TkA01G586560	`PF08265`	YL1_C	112	118	0.13	12.8
TkA01G586560	`PF08265`	YL1_C	232	243	0.13	12.8
TkA01G586560	`PF29664`	BtgE-BtgC_glyc-hydro	259	339	1.8e-09	37.9
TkA01G586560	`PF07983`	X8	379	451	2.6e-18	67.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q06915`	拟南芥	sp\|Q06915\|EA6_ARATH Probable glucan endo-1,3-beta-glucosidase A6	55.800%	Swiss-Prot	高置信
`Q8VYE5`	拟南芥	sp\|Q8VYE5\|E1312_ARATH Glucan endo-1,3-beta-glucosidase 12	38.000%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9FJU9`	拟南芥	sp\|Q9FJU9\|E1313_ARATH Glucan endo-1,3-beta-glucosidase 13	39.200%	Swiss-Prot	中等置信
`Q94CD8`	拟南芥	sp\|Q94CD8\|E134_ARATH Glucan endo-1,3-beta-glucosidase 4	35.700%	Swiss-Prot	中等置信

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