TkA01G585640 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G585640

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 147293854-147294195 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

342 bp · TkA01G585640|TK1151|cDNA

ATGGCGTTGAAATACCACCCGGACGTATCGGCGCCGGATCGGGCGGAGGAGAATACGATGAGGTTTATTAAGGTCCAGGAAGCGTACGAGACGTTATCTGACCCGGATGCTCGAGCTAGGTATGATAGTAGCATGGAGAAGGCTTTTTCTGGGAAGAAAGGGTCTCGGTTTGAGGCGAGATGGGAGGAGAAATCACGGTGGAAACAGTCGTGGCAGGTGCAGGTGGCGGAGCTGAAACGGAGGAGGACGGTGGATACGGT...

CDS

下载 CDS FASTA

342 bp · TkA01G585640|TK1151|CDS

ATGGCGTTGAAATACCACCCGGACGTATCGGCGCCGGATCGGGCGGAGGAGAATACGATGAGGTTTATTAAGGTCCAGGAAGCGTACGAGACGTTATCTGACCCGGATGCTCGAGCTAGGTATGATAGTAGCATGGAGAAGGCTTTTTCTGGGAAGAAAGGGTCTCGGTTTGAGGCGAGATGGGAGGAGAAATCACGGTGGAAACAGTCGTGGCAGGTGCAGGTGGCGGAGCTGAAACGGAGGAGGACGGTGGATACGGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

113 aa · TkA01G585640|TK1151|PROTEIN

MALKYHPDVSAPDRAEENTMRFIKVQEAYETLSDPDARARYDSSMEKAFSGKKGSRFEARWEEKSRWKQSWQVQVAELKRRRTVDTVSVDEGGRKSWASRIREERRAHGSTIS

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G585640`
TK1151 ID	TkA01G585640
OH-1004 ID	LXL04_000813
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	98.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 55.122 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G585640

位置 Chr01:147293854-147294195 (+)

描述 Similar to ATJ20: Chaperone protein dnaJ 20, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g13830`	在植物发育中可能持续发挥作用，可能涉及细胞隔间的结构组织。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000813 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002639 positive regulation of immunoglobulin production 生物过程

GO:0006260 DNA replication 生物过程

GO:0006457 protein folding 生物过程

GO:0006986 response to unfolded protein 生物过程

GO:0009408 response to heat 生物过程

GO:0010322 regulation of isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway 生物过程

GO:0034976 response to endoplasmic reticulum stress 生物过程

GO:0036503 ERAD pathway 生物过程

GO:0042026 protein refolding 生物过程

GO:1903895 negative regulation of IRE1-mediated unfolded protein response 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G13830

hsa:4189

lfe:LAF_0752

mmu:27362

pon:100172910

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.452

排名 1 · TkA01G585640 · TK1151

细胞质0.233

排名 2 · TkA01G585640 · TK1151

过氧化物酶体0.185

排名 3 · TkA01G585640 · TK1151

细胞核0.172

排名 4 · TkA01G585640 · TK1151

内质网0.027

排名 5 · TkA01G585640 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00226DnaJ1-42 aa

PF28019HmpF54-82 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G585640	`PF00226`	DnaJ	1	42	2.2e-11	44.4
TkA01G585640	`PF28019`	HmpF	54	82	0.21	10.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SDN0`	拟南芥	sp\|Q9SDN0\|DNJ20_ARATH Chaperone protein dnaJ 20, chloroplastic	47.700%	Swiss-Prot	中等置信

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