TkA01G475170 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G475170

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 118954097-118955737 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1605 bp · TkA01G475170|TK1151|cDNA

ATGATCAAGCAAAACTCCATGTTCTTACCTTCTTTCCCCATGAACACAAACCCAGTTTCTGAAACAATGTTGTTTGGAGAACCAGATCCGGATCTCAACTCGGGTCAAATCATGGATTGGCTAGAAGACTCACTACCATACCTTCCATCTCTTTTAGATGATCTCTATGATTCCACTGATATCATCGATGATCCATGGTGGGCACCAGTGGAAGAGCTAGAACAATCTGTAGAGAACTTAACCAGTACAGTCAGCAGTAC...

CDS

下载 CDS FASTA

1605 bp · TkA01G475170|TK1151|CDS

ATGATCAAGCAAAACTCCATGTTCTTACCTTCTTTCCCCATGAACACAAACCCAGTTTCTGAAACAATGTTGTTTGGAGAACCAGATCCGGATCTCAACTCGGGTCAAATCATGGATTGGCTAGAAGACTCACTACCATACCTTCCATCTCTTTTAGATGATCTCTATGATTCCACTGATATCATCGATGATCCATGGTGGGCACCAGTGGAAGAGCTAGAACAATCTGTAGAGAACTTAACCAGTACAGTCAGCAGTAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

534 aa · TkA01G475170|TK1151|PROTEIN

MIKQNSMFLPSFPMNTNPVSETMLFGEPDPDLNSGQIMDWLEDSLPYLPSLLDDLYDSTDIIDDPWWAPVEELEQSVENLTSTVSSTVTSSAPSPPTELPGVPDQPPQPAFDLSKKRKAPPEEGKRSNGNKKGTGKSTKDSSGNSGNDGRWAEQLLKPCAAAIAAGNATRVQHLLFVLHELASPTGDANYRLASHGLQALLHHLSSSTNTPRKVVTPVTSFTTATPKFFQRSLINFNDINPWFTIPFNIANNAILQVLSE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G475170`
TK1151 ID	TkA01G475170
OH-1004 ID	LXL04_002190
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	96.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G475170

位置 Chr01:118954097-118955737 (+)

描述 Similar to NSP1: Protein NODULATION SIGNALING PATHWAY 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g13840`	可能参与植物发育的转录因子。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0408600`	通过激活β-胡萝卜素异构酶D27，参与调控根中独脚金内酯生物合成的转录因子；D27参与独脚金内酯合成途径。	Strigolactone biosynthesis in Medicago truncatula and rice requires the symbiotic GRAS-type transcription factors NSP1 and NSP2.2011 · DOI: 10.1105/tpc.111.089771
`UniProt: A2YN56`	转录因子，参与根部放射状模式形成的非对称细胞分裂所必需。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_002190 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009610 response to symbiotic fungus 生物过程

GO:0009877 nodulation 生物过程

GO:0042446 hormone biosynthetic process 生物过程

GO:2000032 regulation of secondary shoot formation 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0003700 DNA-binding transcription factor activity 分子功能

GO:0043565 sequence-specific DNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G13840

ath:AT3G49950

mtr:11434050

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.894

排名 1 · TkA01G475170 · TK1151

细胞质0.156

排名 2 · TkA01G475170 · TK1151

细胞膜0.041

排名 3 · TkA01G475170 · TK1151

内质网0.035

排名 4 · TkA01G475170 · TK1151

质体0.024

排名 5 · TkA01G475170 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03514GRAS23-59 aa

PF03514GRAS153-526 aa

PF13578Methyltransf_24273-403 aa

PF13578Methyltransf_24486-511 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G475170	`PF03514`	GRAS	23	59	2.3e-79	267.8
TkA01G475170	`PF03514`	GRAS	153	526	2.3e-79	267.8
TkA01G475170	`PF13578`	Methyltransf_24	273	403	0.14	13.8
TkA01G475170	`PF13578`	Methyltransf_24	486	511	0.14	13.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LRW3`	拟南芥	sp\|Q9LRW3\|SCL29_ARATH Scarecrow-like protein 29	55.400%	Swiss-Prot	高置信
`Q84MQ9`	水稻	sp\|Q84MQ9\|NSP1_ORYSJ Protein NODULATION SIGNALING PATHWAY 1	43.600%	Swiss-Prot	中等置信
`A2YN56`	水稻	sp\|A2YN56\|SHR1_ORYSI Protein SHORT-ROOT 1	28.300%	Swiss-Prot	低置信

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