TkA01G278010 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G278010

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 69532133-69532594 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

384 bp · TkA01G278010|TK1151|cDNA

ATGATCTCAATTCCATTCGTTCTAATCACAGGCTATGTAAAAAAGTTTGAAGTCCATGATCCTCAGAGAGTAGGAAAGATAAAGGTGGAACTACTAGGAAGAATCAAAGATTGTCGAGCAATTACATACAGACAAGACATCAAAGCTCATGAGATTGAAGATTACAGACGACGTACCCTTCCAACAGGAAGATGGGGGTATGTGGTGATAACCACTCCAAATGGTGTATTGGATCATGAAGAAGCAGTAGAAATCAAACC...

CDS

下载 CDS FASTA

384 bp · TkA01G278010|TK1151|CDS

ATGATCTCAATTCCATTCGTTCTAATCACAGGCTATGTAAAAAAGTTTGAAGTCCATGATCCTCAGAGAGTAGGAAAGATAAAGGTGGAACTACTAGGAAGAATCAAAGATTGTCGAGCAATTACATACAGACAAGACATCAAAGCTCATGAGATTGAAGATTACAGACGACGTACCCTTCCAACAGGAAGATGGGGGTATGTGGTGATAACCACTCCAAATGGTGTATTGGATCATGAAGAAGCAGTAGAAATCAAACC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

127 aa · TkA01G278010|TK1151|PROTEIN

MISIPFVLITGYVKKFEVHDPQRVGKIKVELLGRIKDCRAITYRQDIKAHEIEDYRRRTLPTGRWGYVVITTPNGVLDHEEAVEIKPVKGNVVFACKSSPEEKQRERREDASSRSSEWSCRRNGGRS

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G278010`
TK1151 ID	TkA01G278010
OH-1004 ID	LXL04_033472
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	66.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 86.614 / OH-1004 72.432 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G278010

位置 Chr01:69532133-69532594 (+)

描述 Similar to RPS15AE: 40S ribosomal protein S15a-5

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g19720`	小核糖体亚基蛋白uS8mz。	暂无已核实直接文献
`At4g29430`	小核糖体亚基蛋白 uS8my。	暂无已核实直接文献
`UniProt: P42798`	小核糖体亚单位蛋白 uS8z/uS8w。	暂无已核实直接文献
`At2g39590`	小核糖体亚基蛋白uS8y。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_033472 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006412 translation 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005840 ribosome 细胞组分

GO:0009505 plant-type cell wall 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0022626 cytosolic ribosome 细胞组分

GO:0022627 cytosolic small ribosomal subunit 细胞组分

GO:1990904 ribonucleoprotein complex 细胞组分

GO:0003735 structural constituent of ribosome 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G07770

ath:AT2G19720

ath:AT2G39590

ath:AT4G29430

ath:AT5G59850

bna:106346392

bna:106362258

bna:106385644

bna:106386853

bna:106411630

bna:106411828

bna:106419513

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.362

排名 1 · TkA01G278010 · TK1151

细胞核0.230

排名 2 · TkA01G278010 · TK1151

线粒体0.201

排名 3 · TkA01G278010 · TK1151

质体0.161

排名 4 · TkA01G278010 · TK1151

过氧化物酶体0.033

排名 5 · TkA01G278010 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00410Ribosomal_S810-85 aa

PF28740CG7065_bundle11-27 aa

PF14658EF-hand_915-64 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G278010	`PF00410`	Ribosomal_S8	10	85	1.9e-05	25.4
TkA01G278010	`PF28740`	CG7065_bundle	11	27	0.11	12.7
TkA01G278010	`PF14658`	EF-hand_9	15	64	0.045	14.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O82205`	拟南芥	sp\|O82205\|R15A2_ARATH Small ribosomal subunit protein uS8mz	66.200%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9M0E0`	拟南芥	sp\|Q9M0E0\|R15A5_ARATH Small ribosomal subunit protein uS8my	66.200%	Swiss-Prot	中等置信
`P42798`	拟南芥	sp\|P42798\|R15A1_ARATH Small ribosomal subunit protein uS8z/uS8w	44.000%	Swiss-Prot	中等置信
`O80646`	拟南芥	sp\|O80646\|R15A3_ARATH Small ribosomal subunit protein uS8y	45.800%	Swiss-Prot	中等置信

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