TkA01G233850 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G233850

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 59228108-59230237 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1592 bp · TkA01G233850|TK1151|cDNA

AAAAAGCGGAGTATGCTTTTATTTTGTACGTCATCTCTAAAAATTTTGTGTCATCTTCTATTTTTAACAATCCCGCTTATATGCATTGGTTCCCTCTCATTTTCCCCAAAATTTCAAACACCCTTGATTTGCTCCCCTCCTAAAAATCCTAACAGGTACGAAGAAAGCATTGATCGTCTCGCAGATCTGGTACTTCCATCGCCGGAGCAACCTCAATCGCTGCTCTTCCGGTGCTAAAACTCTACCAACTTCACCATCTC...

CDS

下载 CDS FASTA

450 bp · TkA01G233850|TK1151|CDS

ATGCGATCGGCTATCCACCTGGGATTCCACCTAGAATTCATGGTAATAGAAGAGCTGGTGTTCAACTGCCTTGATGCTGGTGCCACAAAGGTGATTGTAGCTGTAGGTGTTGGGACCAACTACATTAAAGTTACAGACAATGGTTGTGGTATTACACGGGATGGATTGGTGTTGGTAGGAGAAAGATACGCAACTTGTAAGTTTGAGCAGCTGAACAGTGTTCCTGAGAGCTTTGGGTTTCGTGGGGAAGCATTAAGTTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

149 aa · TkA01G233850|TK1151|PROTEIN

MRSAIHLGFHLEFMVIEELVFNCLDAGATKVIVAVGVGTNYIKVTDNGCGITRDGLVLVGERYATCKFEQLNSVPESFGFRGEALSSICDVSLLQVVTKAHGMPNGYCKVIKCSKCLYLGIHDDRQDVGTTGKKKQQSHGNQHDFKSFY

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G233850`
TK1151 ID	TkA01G233850
OH-1004 ID	LXL04_013101
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	97.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 89.933 / OH-1004 71.658 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G233850

位置 Chr01:59228108-59230237 (-)

描述 Similar to MLH3: DNA mismatch repair protein MLH3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g35520`	参与DNA错配修复（MMR），纠正因DNA复制、DNA损伤或减数分裂过程中非同源序列重组事件产生的插入-缺失环（IDLs）。	Reduced meiotic crossovers and delayed prophase I progression in AtMLH3-deficient Arabidopsis.2006 · DOI: 10.1038/sj.emboj.7600992 Control of meiotic recombination in Arabidopsis: role of the MutL and MutS homologues.2006 · DOI: 10.1042/bst0340542

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_013101 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006298 mismatch repair 生物过程

GO:0007131 reciprocal meiotic recombination 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005694 chromosome 细胞组分

GO:0032300 mismatch repair complex 细胞组分

GO:0032389 MutLalpha complex 细胞组分

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0016887 ATP hydrolysis activity 分子功能

GO:0030983 mismatched DNA binding 分子功能

GO:0032407 MutSalpha complex binding 分子功能

GO:0140664 ATP-dependent DNA damage sensor activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

aca:ACP_1883

ath:AT4G35520

ddi:DDB_G0287393

ere:EUBREC_1749

tme:Tmel_0769

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.557

排名 1 · TkA01G233850 · TK1151

细胞核0.356

排名 2 · TkA01G233850 · TK1151

线粒体0.071

排名 3 · TkA01G233850 · TK1151

过氧化物酶体0.063

排名 4 · TkA01G233850 · TK1151

内质网0.060

排名 5 · TkA01G233850 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13589HATPase_c_314-104 aa

PF02518HATPase_c14-69 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G233850	`PF13589`	HATPase_c_3	14	104	3.4e-06	27.8
TkA01G233850	`PF02518`	HATPase_c	14	69	5.3e-06	27.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4JN26`	拟南芥	sp\|F4JN26\|MLH3_ARATH DNA mismatch repair protein MLH3	65.000%	Swiss-Prot	高置信

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