TkA01G185460 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G185460

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 47594188-47597144 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1979 bp · TkA01G185460|TK1151|cDNA

GAATCATGGCATATATGGAAAATTAGTTCCTTCTTGGTATTTTAGCGGGAATAATGCCAAACGGACATACAGCTACATCTTCTTCACCACCCAACAACAGATCTGAGTTTCTGACACACACTAGTACACCATCATCTTCACACACTAAAATGCCTAAACCGTCGCTGTCGTCGTCGTCTCCGCCATCTCAAACCCCCCTCAGAAACCCATTAATCAGACTCTTCTTCGTCTTCTTTGTCTGTTCAACTGCTTACATTCTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1905 bp · TkA01G185460|TK1151|CDS

ATGCCAAACGGACATACAGCTACATCTTCTTCACCACCCAACAACAGATCTGAGTTTCTGACACACACTAGTACACCATCATCTTCACACACTAAAATGCCTAAACCGTCGCTGTCGTCGTCGTCTCCGCCATCTCAAACCCCCCTCAGAAACCCATTAATCAGACTCTTCTTCGTCTTCTTTGTCTGTTCAACTGCTTACATTCTTGGCTCATTCAGATCCAACATTAACACCTTATATAAACCCACAACTAAAAATCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

634 aa · TkA01G185460|TK1151|PROTEIN

MPNGHTATSSSPPNNRSEFLTHTSTPSSSHTKMPKPSLSSSSPPSQTPLRNPLIRLFFVFFVCSTAYILGSFRSNINTLYKPTTKNQQNCLNPVTIFTNFSHQNTPPPLDFETHNTLPPPRLNPPKKFKICPSNFTHYCPCQDPQRERLFKVERMLHRERHCPATDGEILRCLVPEPVGYKKPFPWPKSRAQAWFSNVPFKTLTESKKQQNWVRLVGDRLVFPGGGTSFQKGVKGYIDQLKKMVPLESGAIRTVLDTGCG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G185460`
TK1151 ID	TkA01G185460
OH-1004 ID	LXL04_004200
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	98.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 97.003 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G185460

位置 Chr01:47594188-47597144 (+)

描述 Similar to At2g43200: Probable methyltransferase PMT19

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g43200`	可能是甲基转移酶PMT19。	暂无已核实直接文献
`At2g45750`	可能的甲基转移酶 PMT16。	暂无已核实直接文献
`At4g10440`	可能的甲基转移酶 PMT17。	暂无已核实直接文献
`At1g33170`	可能的甲基转移酶 PMT18。	暂无已核实直接文献
`At4g00750`	可能的甲基转移酶 PMT15。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_004200 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0032259 methylation 生物过程

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005768 endosome 细胞组分

GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005802 trans-Golgi network 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0008168 methyltransferase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G33170

ath:AT2G43200

ath:AT2G45750

ath:AT4G00750

ath:AT4G10440

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

高尔基体0.645

排名 1 · TkA01G185460 · TK1151

细胞外0.092

排名 2 · TkA01G185460 · TK1151

细胞膜0.089

排名 3 · TkA01G185460 · TK1151

内质网0.075

排名 4 · TkA01G185460 · TK1151

细胞核0.041

排名 5 · TkA01G185460 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03141Methyltransf_29138-631 aa

PF13847Methyltransf_31253-353 aa

PF13649Methyltransf_25254-346 aa

PF08241Methyltransf_11255-349 aa

PF08242Methyltransf_12255-347 aa

PF05148Methyltransf_8307-350 aa

PF20922Anamorsin_N309-353 aa

PF08242Methyltransf_12550-590 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G185460	`PF03141`	Methyltransf_29	138	631	3.9e-202	673.1
TkA01G185460	`PF13847`	Methyltransf_31	253	353	7.9e-08	32.9
TkA01G185460	`PF13649`	Methyltransf_25	254	346	2.9e-09	38.2
TkA01G185460	`PF08241`	Methyltransf_11	255	349	7.4e-11	43.3
TkA01G185460	`PF08242`	Methyltransf_12	255	347	0.00013	23.4
TkA01G185460	`PF05148`	Methyltransf_8	307	350	0.0037	17.9
TkA01G185460	`PF20922`	Anamorsin_N	309	353	4.4e-05	24.0
TkA01G185460	`PF08242`	Methyltransf_12	550	590	0.00013	23.4
TkA01G185460	`PF13649`	Methyltransf_25	552	589	2.9e-09	38.2
TkA01G185460	`PF13847`	Methyltransf_31	553	603	7.9e-08	32.9
TkA01G185460	`PF08241`	Methyltransf_11	554	593	7.4e-11	43.3
TkA01G185460	`PF05148`	Methyltransf_8	564	616	0.0037	17.9
TkA01G185460	`PF20922`	Anamorsin_N	576	601	4.4e-05	24.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9ZW75`	拟南芥	sp\|Q9ZW75\|PMTJ_ARATH Probable methyltransferase PMT19	60.000%	Swiss-Prot	高置信
`O80844`	拟南芥	sp\|O80844\|PMTG_ARATH Probable methyltransferase PMT16	49.100%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9SZX8`	拟南芥	sp\|Q9SZX8\|PMTH_ARATH Probable methyltransferase PMT17	51.600%	Swiss-Prot	高置信
`Q9C884`	拟南芥	sp\|Q9C884\|PMTI_ARATH Probable methyltransferase PMT18	47.000%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9ZPH9`	拟南芥	sp\|Q9ZPH9\|PMTF_ARATH Probable methyltransferase PMT15	48.500%	Swiss-Prot	中等置信

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