TkA01G078520 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G078520

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 20062711-20064676 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1219 bp · TkA01G078520|TK1151|cDNA

ATAAAAGTGGGGTCTAAATGAAATTATAGAGCATAACTAAACCTAAACGGAGTTCAGAGAAGAACACAAACCACAACTCGAGGTGTAGAGGAAACACCCACATGAGATAAAAACCCACAAACCCTCGTCGCTAGTCACAAACACAACGTGCTACGCTTTCACGGGCAATTTGCGATTGCTGAATTTGACGGAATGGCCAATGCCGCCGACGTAGATGCACTGGACTTTGAGCCCGATGACGACGATCTCATGGACGAAGA...

CDS

下载 CDS FASTA

609 bp · TkA01G078520|TK1151|CDS

ATGGCCAATGCCGCCGACGTAGATGCACTGGACTTTGAGCCCGATGACGACGATCTCATGGACGAAGACGCCGCCGTCGACGTCGATGCTTCTTCACCTAGTGCTGCTGCTACTATCCCCAAACTTAAATCCGCTATCACTGGTGGATCTGTCGCTTCTTCAGCTCCAAAGAAAACTAAAGGCCGTGGTTTCCGTGAAGAAACAGACGCCGGGAGAACTAATCGTATGTCCGGTCGTTTCGACTCCCTCGATTCCGATGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

202 aa · TkA01G078520|TK1151|PROTEIN

MANAADVDALDFEPDDDDLMDEDAAVDVDASSPSAAATIPKLKSAITGGSVASSAPKKTKGRGFREETDAGRTNRMSGRFDSLDSDGGPGPERSIEGWIILVTGVHEEAQEDDLQNAFGEFGEIKNLHLNLDRRTGFVKGYALIEYESYEEAEKAIASMDGGELLTQTVNVDWAFSRGPSRRKNNRRRSPHGHRSRSPRRRF

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G078520`
TK1151 ID	TkA01G078520
OH-1004 ID	LXL04_005170
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G078520

位置 Chr01:20062711-20064676 (+)

描述 Similar to Y14: RNA-binding protein Y14

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g51510`	可剪接依赖的多蛋白外显子连接复合体（EJC）核心组分，沉积于mRNA上的剪接接点。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os05g0140500`	可剪接依赖的多蛋白外显子连接复合体（EJC）核心组分，沉积于mRNA上的剪接接点。	Uncovering Divergence of Rice Exon Junction Complex Core Heterodimer Gene Duplication Reveals Their Essential Role in Growth, Development, and Reproduction.2014 · DOI: 10.1104/pp.114.237958 Targeting MAGO proteins with a peptide aptamer reinforces their essential roles in multiple rice developmental pathways.2014 · DOI: 10.1111/tpj.12672

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005170 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000184 nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay 生物过程

GO:0000381 regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0006417 regulation of translation 生物过程

GO:0008380 RNA splicing 生物过程

GO:0010628 positive regulation of gene expression 生物过程

GO:0051028 mRNA transport 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G51510

dosa:Os03g0809900

dosa:Os05g0140500

xla:379595

xla:399167

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.879

排名 1 · TkA01G078520 · TK1151

细胞质0.344

排名 2 · TkA01G078520 · TK1151

细胞膜0.026

排名 3 · TkA01G078520 · TK1151

线粒体0.018

排名 4 · TkA01G078520 · TK1151

内质网0.016

排名 5 · TkA01G078520 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13893RRM_589-171 aa

PF08777RRM_397-173 aa

PF00076RRM_1100-167 aa

PF25015RBD_AKAP-17A107-132 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G078520	`PF13893`	RRM_5	89	171	0.14	12.6
TkA01G078520	`PF08777`	RRM_3	97	173	0.009	16.8
TkA01G078520	`PF00076`	RRM_1	100	167	7.2e-16	58.5
TkA01G078520	`PF25015`	RBD_AKAP-17A	107	132	0.18	11.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4I9J7`	拟南芥	sp\|F4I9J7\|Y14_ARATH RNA-binding protein Y14	62.500%	Swiss-Prot	高置信
`B7FAL5`	水稻	sp\|B7FAL5\|Y14A_ORYSJ RNA-binding protein Y14A	61.300%	Swiss-Prot	高置信

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