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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA01G076090
当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 19441141-19443082 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1590 bp · TkA01G076090|TK1151|cDNA

AATTAAGCTCCCATCTTCTCTGTAGACCCTCTTACTATATATATATCTACATTTCGAACTTCAAGAACTACTACACCATCTTCTTCTCTCTTTTCGATCCGTCTCTCACACACAAACAAACAGACAAGAACACACACACACACACACACACACACACACAGTAACAGTGCATGGAAGTAGAAATGGATGTTTCAGGAGTTCACCGCCATTATCAGCAACAGGAGATGTCTTCACATACGCTTGAGAGCATGTTGGTGTGC...

CDS

下载 CDS FASTA

1110 bp · TkA01G076090|TK1151|CDS

ATGGAAGTAGAAATGGATGTTTCAGGAGTTCACCGCCATTATCAGCAACAGGAGATGTCTTCACATACGCTTGAGAGCATGTTGGTGTGCAATAAAGCACAACAAGATAAGAAACCAAAGCCGCCGGAGGAAGCTCTGAAATGCCCACGATGTGATTCCGGCAACACCAAATTCTGCTACTACAACAACTACAGCCTCACTCAGCCGCGATACTTCTGCAAATCCTGCCGGAGGTACTGGACCAAAGGCGGAACTCTAAG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

369 aa · TkA01G076090|TK1151|PROTEIN

MEVEMDVSGVHRHYQQQEMSSHTLESMLVCNKAQQDKKPKPPEEALKCPRCDSGNTKFCYYNNYSLTQPRYFCKSCRRYWTKGGTLRNVPVGGGCRKNKRSSSSSSSATSPISSSASALSKLRGTQDHHLIQQHHHQHPLNIIASNSNNHLLSNLAHLPYDSTDLSLAFARLQGQANGHLGFDQFDQNDPSSNSNHQLTSHGDQLGFLDAIRGGFLDNTSNGFHNVLYSGGNNIGNGEMASLGNLMGLNNGNNSHGQDQE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA01G076090
TK1151 IDTkA01G076090
OH-1004 IDLXL04_005207
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA01G076090
位置Chr01:19441141-19443082 (+)
描述Similar to DOF5.3: Dof zinc finger protein DOF5.3
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g60200 转录因子，能够特异性结合5'-AA[AG]G-3'共识核心序列（通过相似性推测）。
Mobile PEAR transcription factors integrate positional cues to prime cambial growth.2019 · DOI: 10.1038/s41586-018-0839-y
At2g28810 能特异性结合5'-AA[AG]G-3'共识核心序列的转录因子。 暂无已核实直接文献
At3g45610 转录因子，负向影响种子萌发，并在调控一组特定的与脱落酸相关基因中拮抗 TCP14 功能。
Arabidopsis thaliana DOF6 negatively affects germination in non-after-ripened seeds and interacts with TCP14.2012 · DOI: 10.1093/jxb/err388
Mobile PEAR transcription factors integrate positional cues to prime cambial growth.2019 · DOI: 10.1038/s41586-018-0839-y

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os02g0726300 可能在发育中的种子中转录激活种子储存蛋白基因的转录因子。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005207 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0009639 response to red or far red light 生物过程
GO:0009845 seed germination 生物过程
GO:0010087 phloem or xylem histogenesis 生物过程
GO:0045892 negative regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0048364 root development 生物过程
GO:0090057 root radial pattern formation 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005730 nucleolus 细胞组分
GO:0000976 transcription cis-regulatory region binding 分子功能
GO:0003677 DNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G28510
ath:AT3G45610
ath:AT3G61850
ath:AT5G60200
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.982
排名 1 · TkA01G076090 · TK1151
细胞质0.074
排名 2 · TkA01G076090 · TK1151
细胞膜0.023
排名 3 · TkA01G076090 · TK1151
内质网0.017
排名 4 · TkA01G076090 · TK1151
质体0.010
排名 5 · TkA01G076090 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01155HypA14-57 aa
PF00628PHD30-76 aa
PF23451Zn_ribbon_PaaD36-77 aa
PF14369Zn_ribbon_1940-54 aa
PF02701Zn_ribbon_Dof44-100 aa
PF01155HypA68-83 aa
PF14369Zn_ribbon_1970-81 aa
PF10500SR-2596-121 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA01G076090PF01155HypA14573.18.6
TkA01G076090PF00628PHD30760.9210.3
TkA01G076090PF23451Zn_ribbon_PaaD36770.02514.9
TkA01G076090PF14369Zn_ribbon_1940541.110.2
TkA01G076090PF02701Zn_ribbon_Dof441007.7e-34116.4
TkA01G076090PF01155HypA68833.18.6
TkA01G076090PF14369Zn_ribbon_1970811.110.2
TkA01G076090PF10500SR-25961211.29.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q84TE9拟南芥sp|Q84TE9|DOF53_ARATH Dof zinc finger protein DOF5.390.300%Swiss-Prot低置信
Q9ZV33拟南芥sp|Q9ZV33|DOF22_ARATH Dof zinc finger protein DOF2.273.200%Swiss-Prot低置信
Q9M1E6拟南芥sp|Q9M1E6|DOF32_ARATH Dof zinc finger protein DOF3.258.900%Swiss-Prot低置信
Q6Z345水稻sp|Q6Z345|DOF4_ORYSJ Dof zinc finger protein 483.100%Swiss-Prot低置信

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