TkA01G032020 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G032020

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 8284173-8286673 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2284 bp · TkA01G032020|TK1151|cDNA

CAAATATAAGACAAATTCGGATGGCACATTGCCAATTGCATGGCACAGTGCCACCTGGACTAGGGAACCTCCCTGAGCTAACACTATATAATATTGGGTACAATAATATTGTTAGTGTAAAGGGTGAGGGTCTTGGTTTCTTGGAATCTTTGGTGAATAGCACAAAGCTTGATTTCCTAGTTATTCAAGGTAATCTTTTGGAGGGTGTTATTCCACACTATATAGGCAATCTTTCCAAACAACTTAGAAACTTGTACATG...

CDS

下载 CDS FASTA

2160 bp · TkA01G032020|TK1151|CDS

ATGGCACATTGCCAATTGCATGGCACAGTGCCACCTGGACTAGGGAACCTCCCTGAGCTAACACTATATAATATTGGGTACAATAATATTGTTAGTGTAAAGGGTGAGGGTCTTGGTTTCTTGGAATCTTTGGTGAATAGCACAAAGCTTGATTTCCTAGTTATTCAAGGTAATCTTTTGGAGGGTGTTATTCCACACTATATAGGCAATCTTTCCAAACAACTTAGAAACTTGTACATGGGTTCGAATAGGATATCTGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

719 aa · TkA01G032020|TK1151|PROTEIN

MAHCQLHGTVPPGLGNLPELTLYNIGYNNIVSVKGEGLGFLESLVNSTKLDFLVIQGNLLEGVIPHYIGNLSKQLRNLYMGSNRISGSIPSSIGQLECLELLDLSYNSISGKIPPEIGQLKDLQELVLGKNRLTWNIPNSLGNLGKLAQIDLSSNELGGNIPMGFKNFKRLTSMDLSMNKLNGSIPGEVLVNLRSLATILNLSSNSLTGSLPTKIRSLERVVTIDLSNNNFSGNIPNSIQNCRSLEKLIISKNSLSRNIP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G032020`
TK1151 ID	TkA01G032020
OH-1004 ID	LXL04_005588
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.053 / OH-1004 67.143 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G032020

位置 Chr01:8284173-8286673 (-)

描述 Similar to At3g47570: Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g47570

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g47110`	推测的类受体蛋白激酶 At3g47110。	暂无已核实直接文献
`At3g47570`	可能的LRR受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 At3g47570。	暂无已核实直接文献
`At5g20480`	构成了模式识别受体（PPR），决定对延伸因子Tu（EF-Tu）的特异性感知，EF-Tu 是一种强效的病原相关分子模式（PAMPs）防御反应诱导物；在诱导后磷酸化BIK1，以调控免疫反应，例如防御激素的表达（如茉莉酸（JA）和水杨酸（SA））。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: Q1MX30`	受体激酶，可检测稻瘟病菌 X.oryzae pv. oryzae 的蛋白 Ax21 以促进先天免疫。	暂无已核实直接文献
`Os11g0569733`	受体激酶，可检测稻瘟病菌 X.oryzae pv. oryzae 的蛋白 Ax21 以促进先天免疫。	Cleavage and nuclear localization of the rice XA21 immune receptor.2012 · DOI: 10.1038/ncomms1932

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005588 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002237 response to molecule of bacterial origin 生物过程

GO:0002764 immune response-regulating signaling pathway 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0009617 response to bacterium 生物过程

GO:0009626 plant-type hypersensitive response 生物过程

GO:0009755 hormone-mediated signaling pathway 生物过程

GO:0016045 detection of bacterium 生物过程

GO:0031349 positive regulation of defense response 生物过程

GO:0046777 protein autophosphorylation 生物过程

GO:0140426 pathogen-associated molecular pattern receptor signaling pathway 生物过程

GO:1900426 positive regulation of defense response to bacterium 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G47110

ath:AT3G47570

ath:AT5G20480

osa:107276510

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.872

排名 1 · TkA01G032020 · TK1151

内质网0.088

排名 2 · TkA01G032020 · TK1151

细胞质0.061

排名 3 · TkA01G032020 · TK1151

细胞核0.038

排名 4 · TkA01G032020 · TK1151

溶酶体／液泡0.026

排名 5 · TkA01G032020 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00560LRR_12-17 aa

PF12799LRR_42-25 aa

PF13855LRR_816-44 aa

PF12799LRR_425-59 aa

PF00560LRR_150-71 aa

PF13855LRR_850-109 aa

PF23598LRR_1465-203 aa

PF29594LRR_SKP270-106 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G032020	`PF00560`	LRR_1	2	17	4.4e-32	103.9
TkA01G032020	`PF12799`	LRR_4	2	25	5.2e-15	55.8
TkA01G032020	`PF13855`	LRR_8	16	44	1.7e-23	82.9
TkA01G032020	`PF12799`	LRR_4	25	59	5.2e-15	55.8
TkA01G032020	`PF00560`	LRR_1	50	71	4.4e-32	103.9
TkA01G032020	`PF13855`	LRR_8	50	109	1.7e-23	82.9
TkA01G032020	`PF23598`	LRR_14	65	203	7.4e-19	68.4
TkA01G032020	`PF29594`	LRR_SKP2	70	106	0.0023	17.9
TkA01G032020	`PF12799`	LRR_4	73	110	5.2e-15	55.8
TkA01G032020	`PF14580`	LRR_9	73	134	5.3	7.3
TkA01G032020	`PF00560`	LRR_1	74	96	4.4e-32	103.9
TkA01G032020	`PF13516`	LRR_6	75	87	7.1	7.7
TkA01G032020	`PF23211`	LRR_LRWD1	88	130	0.01	16.3
TkA01G032020	`PF25013`	LRR_Zer-1	94	157	3.9e-05	24.5
TkA01G032020	`PF13516`	LRR_6	98	111	7.1	7.7
TkA01G032020	`PF00560`	LRR_1	99	120	4.4e-32	103.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SD62`	拟南芥	sp\|Q9SD62\|Y3471_ARATH Putative receptor-like protein kinase At3g47110	42.400%	Swiss-Prot	低置信
`C0LGP4`	拟南芥	sp\|C0LGP4\|Y3475_ARATH Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g47570	40.200%	Swiss-Prot	低置信
`C0LGT6`	拟南芥	sp\|C0LGT6\|EFR_ARATH LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase EFR	38.100%	Swiss-Prot	低置信
`Q1MX30`	水稻	sp\|Q1MX30\|XA21_ORYSI Receptor kinase-like protein Xa21	40.500%	Swiss-Prot	低置信
`Q2R2D5`	水稻	sp\|Q2R2D5\|XA21_ORYSJ Receptor kinase-like protein Xa21	40.200%	Swiss-Prot	低置信

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