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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA01G007930
当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 2079368-2081839 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1443 bp · TkA01G007930|TK1151|cDNA

TTCGCTTTGCGTCCTCATTCCACCTTAATATTTATAGATAACATTCTTATATCACACTTCCATTCCATCTCCTACACGTATCTTCCTCTTTCTCTTCGACTCTTTCTTATTCCGATACTTCCCCTGAAAGTCTGCAACATATCCATGGATGCGTATTCAGCTAAACGAGCTCTTCCCTGGGTTGGCGCCCTTAGAAACGGATCAAGTTCTTCTACACGCGATACCAAAATCCCTAGAGACGGCGCCGTTCAATTCTGCAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1188 bp · TkA01G007930|TK1151|CDS

TTCGCTTTGCGTCCTCATTCCACCTTAATATTTATAGATAACATTCTTATATCACACTTCCATTCCATCTCCTACACGTATCTTCCTCTTTCTCTTCGACTCTTTCTTATTCCGATACTTCCCCTGAAAGTCTGCAACATATCCATGGATGCGTATTCAGCTAAACGAGCTCTTCCCTGGGTTGGCGCCCTTAGAAACGGATCAAGTTCTTCTACACGCGATACCAAAATCCCTAGAGACGGCGCCGTTCAATTCTGCAA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

395 aa · TkA01G007930|TK1151|PROTEIN

FALRPHSTLIFIDNILISHFHSISYTYLPLSLRLFLIPILPLKVCNISMDAYSAKRALPWVGALRNGSSSSTRDTKIPRDGAVQFCNRIGCSGRLNHPKHTPNQSMSNPKTPSSQSSNTKVKRPLKESKTKVPLSSKPEIVEIEASSSNRKSKSRGNESIGRSKSNVLANYDSQIGLTRRNTVKKRSTEGETSLHRGRKISGAGPLSVRTRRSVNLNGNDGGTPHEPRTEPSSDGSNHHGLSSMMPGVYNVDAIANVLMA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA01G007930
TK1151 IDTkA01G007930
OH-1004 IDLXL04_028932
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)38.300
蛋白覆盖度 (%)TK1151 87.848 / OH-1004 99.034
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA01G007930
位置Chr01:2079368-2081839 (+)
描述Similar to HIP1: Probable E3 ubiquitin-protein ligase HIP1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g34040 E3 泛素蛋白连接酶通过以 RING-H2 依赖性方式靶向 MED25 降解，充当 MED25 稳定性调节剂。
Proteasome-mediated turnover of Arabidopsis MED25 is coupled to the activation of FLOWERING LOCUS T transcription.2012 · DOI: 10.1104/pp.112.205500
At5g42940 可能的 E3 泛素蛋白连接酶，在体外可能具有 E3 泛素连接酶活性。 暂无已核实直接文献
At2g15530 E3 泛素蛋白连接酶通过以 RING-H2 依赖性方式靶向 MED25 降解，充当 MED25 稳定性调节剂。
Proteasome-mediated turnover of Arabidopsis MED25 is coupled to the activation of FLOWERING LOCUS T transcription.2012 · DOI: 10.1104/pp.112.205500

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os04g0648800 可能的E3泛素蛋白连接酶，作用于HAL3下游，并且对HAL3调控的植物生长必需。 暂无已核实直接文献
Os01g0667700 可能的 E3 泛素蛋白连接酶。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_028932 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009845 seed germination 生物过程
GO:0009908 flower development 生物过程
GO:0010218 response to far red light 生物过程
GO:0010228 vegetative to reproductive phase transition of meristem 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0043161 proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能
GO:0061659 ubiquitin-like protein ligase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G15530
ath:AT4G34040
ath:AT5G42940
dosa:Os01g0667700
dosa:Os04g0648800
osa:4326322
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.671
排名 1 · TkA01G007930 · TK1151
细胞质0.337
排名 2 · TkA01G007930 · TK1151
细胞膜0.092
排名 3 · TkA01G007930 · TK1151
内质网0.047
排名 4 · TkA01G007930 · TK1151
溶酶体／液泡0.027
排名 5 · TkA01G007930 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13923zf-C3HC4_245-53 aa
PF13445zf-RING_UBOX45-53 aa
PF08746zf-RING-like85-94 aa
PF11789zf-Nse118-137 aa
PF13920zf-C3HC4_3346-393 aa
PF29452FAR1_N347-385 aa
PF11793FANCL_C347-382 aa
PF14446Prok-RING_1347-376 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA01G007930PF13923zf-C3HC4_245531.7e-0731.6
TkA01G007930PF13445zf-RING_UBOX45530.0005520.6
TkA01G007930PF08746zf-RING-like85942.49.1
TkA01G007930PF11789zf-Nse1181372.98.5
TkA01G007930PF13920zf-C3HC4_33463930.0116.3
TkA01G007930PF29452FAR1_N3473850.03414.9
TkA01G007930PF11793FANCL_C3473820.3511.9
TkA01G007930PF14446Prok-RING_13473761.010.3
TkA01G007930PF11789zf-Nse3473892.98.5
TkA01G007930PF13639zf-RING_23483908.1e-1349.1
TkA01G007930PF13923zf-C3HC4_23483891.7e-0731.6
TkA01G007930PF14634zf-RING_53483910.0008220.0
TkA01G007930PF25998U-box_ZFPL13483810.005117.9
TkA01G007930PF14835zf-RING_63483930.1312.9
TkA01G007930PF23555zf-RING_Vps413483780.1612.3
TkA01G007930PF17123zf-RING_113493763.6e-0730.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
O49500拟南芥sp|O49500|MBR2_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase MBR243.000%Swiss-Prot低置信
Q9FMM4拟南芥sp|Q9FMM4|RHG1A_ARATH Probable E3 ubiquitin-protein ligase RHG1A38.500%Swiss-Prot中等置信
Q9ZQF9拟南芥sp|Q9ZQF9|MBR1_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase MBR138.400%Swiss-Prot低置信
Q7XTV7水稻sp|Q7XTV7|HIP1_ORYSJ Probable E3 ubiquitin-protein ligase HIP147.400%Swiss-Prot低置信
Q5QLR5水稻sp|Q5QLR5|ZFP1_ORYSJ Probable E3 ubiquitin-protein ligase ZFP146.500%Swiss-Prot低置信

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