TkA01G002360 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G002360

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 626466-628892 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1258 bp · TkA01G002360|TK1151|cDNA

TTTTGAAAGATAACAACAGGTTAAAAGGAAAACTAAAGGGGACAAATATGAAAATATTGGATTATCCCGCTTTATGCACCGATAAACAGAATTGATACTCATACGCTCACAGTAACAGAGTGATAAAGAGAAGAGAGAGACGAAGTAACAAACCACTCTTTACGCCTTTTACGGAAGTTATTTCTGCAAAAAAATTGGGTTCGATTTCTACAATATAAGCTGAGAATAAGCCATGAATCGGCGCGATGATCCGAATCCTT...

CDS

下载 CDS FASTA

540 bp · TkA01G002360|TK1151|CDS

ATGGTTGCTAGTACTCTTGGCTTTGGTCAAAAGCATGATGCAACTGTTGATATACCATTAGATTCAATGAATGATCCAAAGAAAAAAGAGAAACAACTTTCAAACTGGGAAGCCGACTTGATGAGAAAGGAAAAGGAGATCAAACGGAGAGAAGAAGTTGTTGCTGGTGCTGCCATCCCCACTGATGATAGAAATTGGCCTCCATTTTTCCCAATAATCCATCATGATATAGCGAATGAGATACCAGTTCATGCTCAGAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

179 aa · TkA01G002360|TK1151|PROTEIN

MVASTLGFGQKHDATVDIPLDSMNDPKKKEKQLSNWEADLMRKEKEIKRREEVVAGAAIPTDDRNWPPFFPIIHHDIANEIPVHAQKLQYLAFASWLGLVLCLVFNIIAVTVCWIKGGGVKIFFLAIIYALLGVPLSYVLWYRPLYRAMRTDSAMKFGWFFMFYLIHLGFVYLLLLLLQ

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G002360`
TK1151 ID	TkA01G002360
OH-1004 ID	LXL04_005994
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 94.972 / OH-1004 63.433 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G002360

位置 Chr01:626466-628892 (+)

描述 Similar to SCAMP4: Secretory carrier-associated membrane protein 4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g32050`	可能参与膜运输。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: Q0JAI9`	可能参与膜运输。	暂无已核实直接文献
`Os02g0697800`	可能参与膜运输。	暂无已核实直接文献
`Os01g0780500`	可能参与膜运输。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005994 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005768 endosome 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005802 trans-Golgi network 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0030658 transport vesicle membrane 细胞组分

GO:0032588 trans-Golgi network membrane 细胞组分

GO:0055038 recycling endosome membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G32050

ath:AT1G61250

dosa:Os04g0595800

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

高尔基体0.362

排名 1 · TkA01G002360 · TK1151

细胞质0.308

排名 2 · TkA01G002360 · TK1151

细胞膜0.246

排名 3 · TkA01G002360 · TK1151

内质网0.239

排名 4 · TkA01G002360 · TK1151

溶酶体／液泡0.141

排名 5 · TkA01G002360 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29243Tp0577_N23-54 aa

PF04144SCAMP64-173 aa

PF06417EMC4110-173 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G002360	`PF29243`	Tp0577_N	23	54	0.14	12.8
TkA01G002360	`PF04144`	SCAMP	64	173	2.2e-42	145.9
TkA01G002360	`PF06417`	EMC4	110	173	0.16	12.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C6X2`	拟南芥	sp\|Q9C6X2\|SCAM4_ARATH Secretory carrier-associated membrane protein 4	76.700%	Swiss-Prot	高置信
`Q0JAI9`	水稻	sp\|Q0JAI9\|SCAM6_ORYSJ Secretory carrier-associated membrane protein 6	66.700%	Swiss-Prot	高置信
`Q6Z8F5`	水稻	sp\|Q6Z8F5\|SCAM5_ORYSJ Secretory carrier-associated membrane protein 5	63.200%	Swiss-Prot	高置信
`Q7F613`	水稻	sp\|Q7F613\|SCAM2_ORYSJ Secretory carrier-associated membrane protein 2	59.100%	Swiss-Prot	高置信

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