TkA01G001970 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G001970

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 526451-529099 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2058 bp · TkA01G001970|TK1151|cDNA

TTGAGTTGGGCCGAATAAGCTATTATTTGACTTTTGCTGCATTGAACGCAGGCATCTTGACTTCCAAAAGAACGACCGGACATTCACTCTCTCATCGTCTTCATCCATCAAATCTTCTCACATCCACACGATTCTCTTCCAAATCCACATCCCAAATGTTTTCTCGTACTCCGCTTCACTCTCTTGATCTATCATCAATTTATCCATGGCTACCGCCTGCGCCTCCTCTGTTTCATGGAACTATCTCCCCAAGAACTACC...

CDS

下载 CDS FASTA

1092 bp · TkA01G001970|TK1151|CDS

ATGGCTTCCTCTGTTTTACGTCCCATCTTTGGTAGTTTTACCTCTTGCTGTTCAAGACATCCCCGCAGCTTCAGGGCTCAAATCTGCTTCATTTTAGTTACAGGGTGGCTGGCGTCACTTGCTGTTGCAGGATACACAGCTATAGCCGTTAGAAAAATGGTGAAAACAGAAATGATTGCAGCTGAACCCATGGCAAAACCTTCAGCTTTTTCCACACTGGAAGTGGTTGCCTGGAGTGTGATTTCTGTTGCATCGTTTGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

363 aa · TkA01G001970|TK1151|PROTEIN

MASSVLRPIFGSFTSCCSRHPRSFRAQICFILVTGWLASLAVAGYTAIAVRKMVKTEMIAAEPMAKPSAFSTLEVVAWSVISVASFVAALKYPELLGTNARTCLPFLLGSTVIGYIVGTGLPSGMKKIFHPIICCALAADLAAFAFGYFSKSGLYPILGYYLTKVSSNPGAGDILMGFLGSVILSFAFSMFKQRKLVKRHAAEIFTSITIATLFSLYSTAVIGRLVGLEPTLTISILPRCITVALALSIVSLFEGANSSL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G001970`
TK1151 ID	TkA01G001970
OH-1004 ID	LXL04_005993
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	94.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 84.022 / OH-1004 56.781 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G001970

位置 Chr01:526451-529099 (-)

描述 Similar to PLGG1: Plastidal glycolate/glycerate translocator 1, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g32080`	光呼吸所需的乙醇酸/甘油转运蛋白。	A chloroplast envelope membrane protein containing a putative LrgB domain related to the control of bacterial death and lysis is required for chloroplast development in Arabidopsis thaliana.2012 · DOI: 10.1111/j.1469-8137.2011.03867.x Loss of the plastid envelope protein AtLrgB causes spontaneous chlorotic cell death in Arabidopsis thaliana.2012 · DOI: 10.1093/pcp/pcr180

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005993 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009658 chloroplast organization 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009853 photorespiration 生物过程

GO:0010118 stomatal movement 生物过程

GO:0012501 programmed cell death 生物过程

GO:0019835 cytolysis 生物过程

GO:0031640 killing of cells of another organism 生物过程

GO:0042631 cellular response to water deprivation 生物过程

GO:0048527 lateral root development 生物过程

GO:0097339 glycolate transmembrane transport 生物过程

GO:1901975 glycerate transmembrane transport 生物过程

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G32080

bsu:BSU38330

sep:SE_2014

ser:SERP2027

ssp:SSP0461

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.592

排名 1 · TkA01G001970 · TK1151

溶酶体／液泡0.083

排名 2 · TkA01G001970 · TK1151

细胞质0.083

排名 3 · TkA01G001970 · TK1151

细胞膜0.067

排名 4 · TkA01G001970 · TK1151

高尔基体0.066

排名 5 · TkA01G001970 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03788LrgA26-46 aa

PF04172LrgB34-52 aa

PF03788LrgA83-117 aa

PF04172LrgB111-332 aa

PF03788LrgA163-222 aa

PF10717ODV-E18166-179 aa

PF10717ODV-E18219-271 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G001970	`PF03788`	LrgA	26	46	0.94	10.2
TkA01G001970	`PF04172`	LrgB	34	52	1.1e-37	130.3
TkA01G001970	`PF03788`	LrgA	83	117	0.94	10.2
TkA01G001970	`PF04172`	LrgB	111	332	1.1e-37	130.3
TkA01G001970	`PF03788`	LrgA	163	222	0.94	10.2
TkA01G001970	`PF10717`	ODV-E18	166	179	3.3	8.4
TkA01G001970	`PF10717`	ODV-E18	219	271	3.3	8.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FVQ4`	拟南芥	sp\|Q9FVQ4\|PLGG1_ARATH Plastidal glycolate/glycerate translocator 1, chloroplastic	81.000%	Swiss-Prot	高置信

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