TkA01G001830 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G001830

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 481125-485807 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2734 bp · TkA01G001830|TK1151|cDNA

GTTTGGGTACAAATCAGCTCCCAACCACTTGTCTTCAAACCTCCGACTTTCCTGCACCAAAAAAAACATCGGCCGCTTTAATCAAAAATTGGCTGAACAAAAAAATCCTTTCTCCTTTCTTCTTCTCCATCGTGATCTCTTCTGTCTCCACCATCGCCCCTGCTGCTCGCCGGCGTTTAAGCCCCTTGCCGGCGCCTCCTCCTATCATCGGCGATTCAGTCCAAGCCGGCGCCTCCTCCTCTGGTCGGCGATTCAGTCCA...

CDS

下载 CDS FASTA

1665 bp · TkA01G001830|TK1151|CDS

ATGGGGGATTCAAAAGCCTGGAGGTATAGTGGAGGGGTGTTGGTTCGTAAGAAGCAGAAGCATTGCTGCTGGTTATGGCGGCCGGCGGATATGGGGAAAGGGCAGAGGCGGCGGATCTCGTGGCCCGTGGTGTGTGGGGTCATGTTGTTCACCTTAGGTCTTATATCTTTGTTTACGGGTCATGTGGCTTCGAATCTGGAGTGGTACTCTCAGAAACTTGTTAAGCATCGCTTGTGGTACAGTAAAGTGGGTCACGGACC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

554 aa · TkA01G001830|TK1151|PROTEIN

MGDSKAWRYSGGVLVRKKQKHCCWLWRPADMGKGQRRRISWPVVCGVMLFTLGLISLFTGHVASNLEWYSQKLVKHRLWYSKVGHGPIDIWKSELSDLYYGCSERGPHYAPAPVGELVSNGYLLIAASGGLNQQRTGITDAVVVARILNATLVVPELDHHSFWKDDSDFGNIFDVDWFISYLAKDVGVVKRVPDKYMRSLEKPPYTMRVPRHSDPQYYLDEVLPVLLRRHVVQLTKFDYRLASELNEELQRLRCRVNYHA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G001830`
TK1151 ID	TkA01G001830
OH-1004 ID	LXL04_006009
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 94.224 / OH-1004 93.874 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G001830

位置 Chr01:481125-485807 (+)

描述 Similar to OFUT29: O-fucosyltransferase 29

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g16650`	O-岩藻糖基转移酶 29。	暂无已核实直接文献
`At1g76270`	O-果糖基转移酶16。	暂无已核实直接文献
`At4g38390`	根毛特异性蛋白17。	暂无已核实直接文献
`At1g20550`	O-岩藻糖转移酶 6。	暂无已核实直接文献
`At1g14970`	O-岩藻糖转移酶4。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_006009 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006004 fucose metabolic process 生物过程

GO:0000137 Golgi cis cisterna 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005768 endosome 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005802 trans-Golgi network 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0016757 glycosyltransferase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G14970

ath:AT1G20550

ath:AT1G76270

ath:AT4G16650

ath:AT4G38390

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

高尔基体0.833

排名 1 · TkA01G001830 · TK1151

内质网0.066

排名 2 · TkA01G001830 · TK1151

细胞膜0.064

排名 3 · TkA01G001830 · TK1151

细胞质0.043

排名 4 · TkA01G001830 · TK1151

细胞外0.040

排名 5 · TkA01G001830 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF10250O-FucT122-440 aa

PF17054JUPITER470-549 aa

PF15761IMUP521-550 aa

PF10500SR-25522-546 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G001830	`PF10250`	O-FucT	122	440	9.5e-104	348.4
TkA01G001830	`PF17054`	JUPITER	470	549	0.17	12.1
TkA01G001830	`PF15761`	IMUP	521	550	3.5	9.2
TkA01G001830	`PF10500`	SR-25	522	546	0.29	11.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8LPF8`	拟南芥	sp\|Q8LPF8\|OFT29_ARATH O-fucosyltransferase 29	70.900%	Swiss-Prot	高置信
`Q949U4`	拟南芥	sp\|Q949U4\|OFT16_ARATH O-fucosyltransferase 16	61.200%	Swiss-Prot	高置信
`Q9SVE6`	拟南芥	sp\|Q9SVE6\|RHS17_ARATH Protein ROOT HAIR SPECIFIC 17	62.000%	Swiss-Prot	高置信
`F4HSU3`	拟南芥	sp\|F4HSU3\|OFUT6_ARATH O-fucosyltransferase 6	59.300%	Swiss-Prot	高置信
`F4HXW9`	拟南芥	sp\|F4HXW9\|OFUT4_ARATH O-fucosyltransferase 4	44.500%	Swiss-Prot	中等置信

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