TkA01G001000 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G001000

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 204856-207039 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2084 bp · TkA01G001000|TK1151|cDNA

AGGGAACAAAACTAGAAAATAAATTAATTTTCGTGATTTTCTTTTGTAAAAATAAAAAACTCCAAACCCATTCAGCCATTCTGACCCAAATAAAACAAAGCACAAAAATTCAAAATCTGCAGCATCTCCTGCTCCGTACATATGCTCCCTCCCCCAAAGCTCTGCATCCATCTCCACCCACTACACACATTTCCCAACGTTCTCTTCGATCCACATTCCACAGACATACACTTCGTTTCTTCATTCACCAGCTAGTGGAC...

CDS

下载 CDS FASTA

1272 bp · TkA01G001000|TK1151|CDS

ATGGAAGGTGCGATTACATCTACAAAACCTTCATCAAACATTTCAGAAATCGTTTCCAAATTCGCTAAAGTCTGCAAGTTCCGATCGATCGGTGTATTCTCCTCTGAAAACCCGAATCATCTTCAGCATCACGAATCCTCCAATGACGTATTCGAACGTGTTAATGGAGTCGAAGTTTTTCCTGACCTAGTTGAGGTGTGCAGTAAAAGCAGCTGGTGTGGCCATGAAGAGATCTCGAAGCTGTTCGACATAATGTCTGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

423 aa · TkA01G001000|TK1151|PROTEIN

MEGAITSTKPSSNISEIVSKFAKVCKFRSIGVFSSENPNHLQHHESSNDVFERVNGVEVFPDLVEVCSKSSWCGHEEISKLFDIMSELKLAYVQLQEAHIPYDPDKIKAADELVFSNLDGLCKVRRSFKEKQFQKSNSLSACLTVLRTETKVQERSLERLKSQAKKKDLEITHLKSQLHDLDTKNKAIIEEIKLKKREAIKRLNLTSIDKIITEVSKSIHDFAKPLIAFMKASEWDLDEAANSIQDSVTYTVRSHKKYAF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G001000`
TK1151 ID	TkA01G001000
OH-1004 ID	LXL04_010487
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	37.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 80.142 / OH-1004 88.915 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G001000

位置 Chr01:204856-207039 (+)

描述 Similar to GIL1: Protein GRAVITROPIC IN THE LIGHT 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g58960`	是红和远红光诱导和光敏色素介导的负向地性失调所必需的，导致下胚轴生长方向随机化。	Phytochrome-mediated agravitropism in Arabidopsis hypocotyls requires GIL1 and confers a fitness advantage.2006 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2006.02727.x

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_010487 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009639 response to red or far red light 生物过程

GO:0009959 negative gravitropism 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G12900

ath:AT5G58960

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.603

排名 1 · TkA01G001000 · TK1151

细胞核0.390

排名 2 · TkA01G001000 · TK1151

细胞膜0.143

排名 3 · TkA01G001000 · TK1151

内质网0.059

排名 4 · TkA01G001000 · TK1151

溶酶体／液泡0.042

排名 5 · TkA01G001000 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04859DUF64175-188 aa

PF05082Rop-like80-96 aa

PF22813TcaA_2nd137-181 aa

PF27482Beta-prop_YycP146-222 aa

PF05082Rop-like156-181 aa

PF22813TcaA_2nd198-263 aa

PF05082Rop-like211-221 aa

PF24994GIL1_IRKI_C244-252 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G001000	`PF04859`	DUF641	75	188	3.8e-29	102.3
TkA01G001000	`PF05082`	Rop-like	80	96	9.5	6.9
TkA01G001000	`PF22813`	TcaA_2nd	137	181	0.25	12.4
TkA01G001000	`PF27482`	Beta-prop_YycP	146	222	0.006	16.4
TkA01G001000	`PF05082`	Rop-like	156	181	9.5	6.9
TkA01G001000	`PF22813`	TcaA_2nd	198	263	0.25	12.4
TkA01G001000	`PF05082`	Rop-like	211	221	9.5	6.9
TkA01G001000	`PF24994`	GIL1_IRKI_C	244	252	1.3e-11	45.0
TkA01G001000	`PF24994`	GIL1_IRKI_C	366	418	1.3e-11	45.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4KGE8`	拟南芥	sp\|F4KGE8\|GIL1_ARATH Protein GRAVITROPIC IN THE LIGHT 1	29.800%	Swiss-Prot	低置信

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