LXL04_035701 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_035701

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 27411230-27419921 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3171 bp · LXL04_035701|LXL04_035701|OH1004|cDNA

ATGGCCGAAACCCCAACACCGTTGCAGCTGTCGTCTCCGCCGCCGCATGCTGCCTCTGATAATCCCGATCCCGTACAATACTGGTGTTACCAGTGCGATAAACGAGTCCCCGTCGAAACCCGACCCGATGATCCAGATATCATCTGTTTTGAGTGTAAGAACGGATTTGTGGAGTCGATCTCAGTTCCTTCTCACGAACGAGAAGTCAGCGATGAAGATACTCCTGCTTTCGGGAACGAGTTTCTTCAGGTGCTTAGGTT...

CDS

下载 CDS FASTA

3171 bp · LXL04_035701|LXL04_035701|OH1004|CDS

ATGGCCGAAACCCCAACACCGTTGCAGCTGTCGTCTCCGCCGCCGCATGCTGCCTCTGATAATCCCGATCCCGTACAATACTGGTGTTACCAGTGCGATAAACGAGTCCCCGTCGAAACCCGACCCGATGATCCAGATATCATCTGTTTTGAGTGTAAGAACGGATTTGTGGAGTCGATCTCAGTTCCTTCTCACGAACGAGAAGTCAGCGATGAAGATACTCCTGCTTTCGGGAACGAGTTTCTTCAGGTGCTTAGGTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1056 aa · LXL04_035701|LXL04_035701|OH1004|PROTEIN

MAETPTPLQLSSPPPHAASDNPDPVQYWCYQCDKRVPVETRPDDPDIICFECKNGFVESISVPSHEREVSDEDTPAFGNEFLQVLRLIAQSAREDDEPPPPPPAGHPVGDNDYLRIELDGWDNRILDVNEVEEEEDPQVDEGRARFYYDDDDEEDDDEQEEEEIENRNQEEEEVDEDIVRRERRDVLRLRLRDFASRASNRRNRILDWAEILMGLEDQSIEFRLQVPGDDDGYVGNPGDYVDAAGFEALLQNLAESDSSG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_035701`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_035701

位置 Chr08:27411230-27419921 (+)

描述 Similar to BIR2: Inactive LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase BIR2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g28450`	缺乏蛋白激酶活性且无法结合 ATP 类似物的假激酶。	Structure of the pseudokinase domain of BIR2, a regulator of BAK1-mediated immune signaling in Arabidopsis.2014 · DOI: 10.1016/j.jsb.2014.02.005
`At5g48380`	可能失活的富亮氨酸重复受体样蛋白激酶At5g48380。	暂无已核实直接文献
`At1g69990`	可能的LRR受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 At1g69990。	暂无已核实直接文献
`At1g27190`	可能失活的受体激酶At1g27190。	暂无已核实直接文献
`At5g64920`	E3 泛素蛋白连接酶，介导靶蛋白的泛素化和随后的蛋白酶体降解。	The RING finger motif of photomorphogenic repressor COP1 specifically interacts with the RING-H2 motif of a novel Arabidopsis protein.1999 · DOI: 10.1074/jbc.274.39.27674 Biochemical evidence for ubiquitin ligase activity of the Arabidopsis COP1 interacting protein 8 (CIP8).2002 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2002.01298.x

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035701 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0009626 plant-type hypersensitive response 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0031348 negative regulation of defense response 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0045088 regulation of innate immune response 生物过程

GO:1900150 regulation of defense response to fungus 生物过程

GO:1900425 negative regulation of defense response to bacterium 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G27190

ath:AT1G69990

ath:AT3G28450

ath:AT5G48380

ath:AT5G64920

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.644

排名 1 · LXL04_035701 · OH-1004

细胞核0.237

排名 2 · LXL04_035701 · OH-1004

细胞质0.194

排名 3 · LXL04_035701 · OH-1004

内质网0.060

排名 4 · LXL04_035701 · OH-1004

质体0.032

排名 5 · LXL04_035701 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14369.12Zn_ribbon_1926-60 aa

PF12678.14zf-rbx1286-331 aa

PF13639.13zf-RING_2288-331 aa

PF13923.13zf-C3HC4_2288-330 aa

PF00097.32zf-C3HC4288-330 aa

PF08263.18LRRNT_2649-691 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr928-1035 aa

PF00069.32Pkinase939-1031 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_035701	`PF14369.12`	Zn_ribbon_19	26	60	3.3e-11	43.8
LXL04_035701	`PF12678.14`	zf-rbx1	286	331	9.2e-09	36.1
LXL04_035701	`PF13639.13`	zf-RING_2	288	331	1.4e-11	45.2
LXL04_035701	`PF13923.13`	zf-C3HC4_2	288	330	7.1e-08	32.8
LXL04_035701	`PF00097.32`	zf-C3HC4	288	330	2.2e-06	28.1
LXL04_035701	`PF08263.18`	LRRNT_2	649	691	4.7e-08	33.9
LXL04_035701	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	928	1035	1.2e-09	38.6
LXL04_035701	`PF00069.32`	Pkinase	939	1031	1.3e-10	41.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LSI9`	拟南芥	Inactive LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase BIR2	34.308%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9ASS4`	拟南芥	Probably inactive leucine-rich repeat receptor-like protein kinase At5g48380	35.318%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`C0LGI5`	拟南芥	Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At1g69990	33.205%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`O04567`	拟南芥	Probable inactive receptor kinase At1g27190	33.597%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SPL2`	拟南芥	E3 ubiquitin-protein ligase CIP8	63.226%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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