LXL04_035634 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_035634

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 25970513-25974401 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2820 bp · LXL04_035634|LXL04_035634|OH1004|cDNA

ATGGATAACTTCTCCCTTGCTTCCACCACCACACACTACTGCTCTACTTTCTCCGGTAAGCTATACTCTGTTTCCGCCACCACCCGCCCTTTCTACTCCATCCCCACTTGCTCCCATGACTCTGAAAACcccaccacctccacctcctcctcccTCCGCCGCCCCACCAACAACAAACCCTTAAAACCCATCACCAGCTCCCCCACCAACCCCCAACCTCCGAAACCCAAAACCCACATCCCCAATCCCCTTCAAACACT...

CDS

下载 CDS FASTA

2820 bp · LXL04_035634|LXL04_035634|OH1004|CDS

ATGGATAACTTCTCCCTTGCTTCCACCACCACACACTACTGCTCTACTTTCTCCGGTAAGCTATACTCTGTTTCCGCCACCACCCGCCCTTTCTACTCCATCCCCACTTGCTCCCATGACTCTGAAAACCCCACCACCTCCACCTCCTCCTCCCTCCGCCGCCCCACCAACAACAAACCCTTAAAACCCATCACCAGCTCCCCCACCAACCCCCAACCTCCGAAACCCAAAACCCACATCCCCAATCCCCTTCAAACACT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

939 aa · LXL04_035634|LXL04_035634|OH1004|PROTEIN

MDNFSLASTTTHYCSTFSGKLYSVSATTRPFYSIPTCSHDSENPTTSTSSSLRRPTNNKPLKPITSSPTNPQPPKPKTHIPNPLQTLKRNPIGNNNSQTLTEKLWLTSKLSPPPPPPPPPPPAPPQPPPHSSSAYETNLDEIENTRNLGPMQIEYREKGKIFVGNLPLWIKKNEVTEFFRQFGPIKNVILIKGYNETERNMGFGFVIYGGTTAENSAMKAVEFDGMEFHGRVLTVKLDDGRRMKEKSADRARWIEGDDSI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_035634`
TK1151 ID	TkA04G117950
OH-1004 ID	LXL04_035634
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 6.835 / OH-1004 4.047 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_035634

位置 Chr08:25970513-25974401 (+)

描述 Similar to PPR4: Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g04810, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g04810`	可能在质体核糖体生物发生中起作用。	暂无已核实直接文献
`At3g53700`	可能参与雌配子体发育。	暂无已核实直接文献
`At1g05670`	含五重复序列蛋白 At1g05670，线粒体。	暂无已核实直接文献
`At1g12775`	含五肽重复的蛋白 At1g12775，线粒体。	暂无已核实直接文献
`At1g62670`	含五肽重复序列的蛋白 At1g62670，线粒体。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035634 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0008380 RNA splicing 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0009880 embryonic pattern specification 生物过程

GO:0010239 chloroplast mRNA processing 生物过程

GO:0048366 leaf development 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0042644 chloroplast nucleoid 细胞组分

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G05670

ath:AT3G53700

ath:AT5G04810

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.510

排名 1 · LXL04_035634 · OH-1004

线粒体0.335

排名 2 · LXL04_035634 · OH-1004

细胞核0.069

排名 3 · LXL04_035634 · OH-1004

细胞质0.023

排名 4 · LXL04_035634 · OH-1004

细胞膜0.011

排名 5 · LXL04_035634 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00076.29RRM_1161-233 aa

PF13041.13PPR_2308-349 aa

PF29070.1MSC6_N311-397 aa

PF23276.3TPR_24314-430 aa

PF17177.11PPR_long319-392 aa

PF13812.13PPR_3326-383 aa

PF13041.13PPR_2336-385 aa

PF01535.27PPR340-369 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_035634	`PF00076.29`	RRM_1	161	233	5.5e-13	49.3
LXL04_035634	`PF13041.13`	PPR_2	308	349	4.8e-122	398.7
LXL04_035634	`PF29070.1`	MSC6_N	311	397	4.3e-40	138.7
LXL04_035634	`PF23276.3`	TPR_24	314	430	4.2e-44	150.4
LXL04_035634	`PF17177.11`	PPR_long	319	392	7.4e-57	192.8
LXL04_035634	`PF13812.13`	PPR_3	326	383	8.8e-78	257.1
LXL04_035634	`PF13041.13`	PPR_2	336	385	4.8e-122	398.7
LXL04_035634	`PF01535.27`	PPR	340	369	8.5e-90	289.7
LXL04_035634	`PF17177.11`	PPR_long	384	520	7.4e-57	192.8
LXL04_035634	`PF13041.13`	PPR_2	407	453	4.8e-122	398.7
LXL04_035634	`PF29070.1`	MSC6_N	425	528	4.3e-40	138.7
LXL04_035634	`PF13812.13`	PPR_3	430	490	8.8e-78	257.1
LXL04_035634	`PF23276.3`	TPR_24	465	570	4.2e-44	150.4
LXL04_035634	`PF12854.14`	PPR_1	473	505	3e-93	305.9
LXL04_035634	`PF13041.13`	PPR_2	476	525	4.8e-122	398.7
LXL04_035634	`PF01535.27`	PPR	479	509	8.5e-90	289.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q0WMY5`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g04810, chloroplastic	73.082%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LFF1`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g53700, chloroplastic	27.160%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q0WVK7`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g05670, mitochondrial	29.555%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LPX2`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g12775, mitochondrial	25.771%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SXD1`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g62670, mitochondrial	25.944%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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