LXL04_035375 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_035375

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 21363801-21369103 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3030 bp · LXL04_035375|LXL04_035375|OH1004|cDNA

ATGTTCGCAATCGGAGCTAACCTTGCTGTTCAGAGCTTCAACAGGATATGTGTATCAGATTCGAACACTCTTTCAGGGGCTATTTCAACAACACACAAGACAGTTCTCGCCACAAAATCCACACAGATTCAAAAGGAAAATTTCAAGAAGCTTTCATCTTACTTGGAGAAAACAGCATCCATTCTACAAGAACTGACAAAGTTTGAGATCAATGATTCCGGGAGCTTGAAAAACGTGATTCATGTTCTTAGTAAACATGT...

CDS

下载 CDS FASTA

3030 bp · LXL04_035375|LXL04_035375|OH1004|CDS

ATGTTCGCAATCGGAGCTAACCTTGCTGTTCAGAGCTTCAACAGGATATGTGTATCAGATTCGAACACTCTTTCAGGGGCTATTTCAACAACACACAAGACAGTTCTCGCCACAAAATCCACACAGATTCAAAAGGAAAATTTCAAGAAGCTTTCATCTTACTTGGAGAAAACAGCATCCATTCTACAAGAACTGACAAAGTTTGAGATCAATGATTCCGGGAGCTTGAAAAACGTGATTCATGTTCTTAGTAAACATGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1009 aa · LXL04_035375|LXL04_035375|OH1004|PROTEIN

MFAIGANLAVQSFNRICVSDSNTLSGAISTTHKTVLATKSTQIQKENFKKLSSYLEKTASILQELTKFEINDSGSLKNVIHVLSKHVSEANNLALECSNRNRIYLLLNSRKIVKSLENVTKEIGGDINLLPNLIPFNGLSQDITKLSNTMTDAKYQETLREDEIKEKIELGIRERNVDRAFANDLLVSIAEVIGISTDQSVLRQEYEDFKNEMETVGPAEDVAEVLQIEQIVALLGKADMIATLEEREKKYFSKRNSLGR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_035375`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_035375

位置 Chr08:21363801-21369103 (-)

描述 Similar to PUB44: U-box domain-containing protein 44

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g20780`	充当 E3 泛素蛋白连接酶。	Identification of a novel E3 ubiquitin ligase that is required for suppression of premature senescence in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2009.03846.x
`At1g76390`	起E3泛素连接酶的作用。	暂无已核实直接文献
`At1g68940`	起E3泛素连接酶的作用。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0657100`	E3 泛素蛋白连接酶，作为油菜素甾醇信号传导的负调节因子。	OsBZR1 turnover mediated by OsSK22-regulated U-box E3 ligase OsPUB24 in rice BR response.2019 · DOI: 10.1111/tpj.14332
`Os06g0102700`	在体外具有 E3 泛素蛋白连接酶。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035375 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程

GO:0009742 brassinosteroid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0010115 regulation of abscisic acid biosynthetic process 生物过程

GO:0010150 leaf senescence 生物过程

GO:0010271 regulation of chlorophyll catabolic process 生物过程

GO:0010380 regulation of chlorophyll biosynthetic process 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0090359 negative regulation of abscisic acid biosynthetic process 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G20780

ath:AT1G76390

dosa:Os03g0657100

dosa:Os06g0102700

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.449

排名 1 · LXL04_035375 · OH-1004

细胞膜0.305

排名 2 · LXL04_035375 · OH-1004

细胞核0.301

排名 3 · LXL04_035375 · OH-1004

内质网0.066

排名 4 · LXL04_035375 · OH-1004

高尔基体0.062

排名 5 · LXL04_035375 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04564.22U-box269-335 aa

PF00514.30Arm536-574 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_035375	`PF04564.22`	U-box	269	335	1.2e-17	64.5
LXL04_035375	`PF00514.30`	Arm	536	574	7e-24	83.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LM76`	拟南芥	U-box domain-containing protein 44	28.133%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SFX2`	拟南芥	U-box domain-containing protein 43	27.700%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9CAA7`	拟南芥	Putative U-box domain-containing protein 42	26.923%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q10FT0`	水稻	U-box domain-containing protein 24	27.485%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q5VRH9`	水稻	U-box domain-containing protein 12	24.929%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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