RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_035273
当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 18953724-18954827 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1104 bp · LXL04_035273|LXL04_035273|OH1004|cDNA

ATGAAAAACTTCTCATCTGATCAAAACCACCCAAACCCACCACCAGATGATTCCGATCAACAGAACAGGTCGACACCGACGAAGTCTGAGTGGGACTTCCGCGTCTCCGCTGTGGTTTCATCCTCCGTTACCGGCGGACACATCTCGGACACTCTCGGCGTCGTAGAGGTTGACTCCTCCGGAAACCTCTTCGCTTCCGGCGGTATTGCTAGGAAGATCCGAGTTTATAGCTTAAATTCCTTGCTATCATCAGAGGTAAC...

CDS

下载 CDS FASTA

1104 bp · LXL04_035273|LXL04_035273|OH1004|CDS

ATGAAAAACTTCTCATCTGATCAAAACCACCCAAACCCACCACCAGATGATTCCGATCAACAGAACAGGTCGACACCGACGAAGTCTGAGTGGGACTTCCGCGTCTCCGCTGTGGTTTCATCCTCCGTTACCGGCGGACACATCTCGGACACTCTCGGCGTCGTAGAGGTTGACTCCTCCGGAAACCTCTTCGCTTCCGGCGGTATTGCTAGGAAGATCCGAGTTTATAGCTTAAATTCCTTGCTATCATCAGAGGTAAC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

367 aa · LXL04_035273|LXL04_035273|OH1004|PROTEIN

MKNFSSDQNHPNPPPDDSDQQNRSTPTKSEWDFRVSAVVSSSVTGGHISDTLGVVEVDSSGNLFASGGIARKIRVYSLNSLLSSEVTLLDHATALHYCICTPAKLSSLKWKPGSAGRIMGSADYDGVVTEYDLETKMPVYERDEHNGRRVWSMDYSHWDPVVGASGADDGTMQMWDPRHDSEKCVAKVALGSPVCCVEFSPFGGALVAVGCADRKAYVYDVRKIVDPIAVFDGHGRTVSYTRFLDDHTVVTSGTDGCLKM...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_035273
TK1151 IDTkA04G147720
OH-1004 IDLXL04_035273
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)95.400
蛋白覆盖度 (%)TK1151 99.602 / OH-1004 71.117
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_035273
位置Chr08:18953724-18954827 (-)
描述Similar to RUP2: WD repeat-containing protein RUP2
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g23730 与 RUP1 共同作用，作为 UVR8 和 HY5 介导的 UV-B 诱导的光形态发生的抑制因子。
Negative feedback regulation of UV-B-induced photomorphogenesis and stress acclimation in Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1073/pnas.0914532107
EFO1 and EFO2, encoding putative WD-domain proteins, have overlapping and distinct roles in the regulation of vegetative development and flowering of Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1093/jxb/erq336
At5g52250 与 RUP2 共同发挥功能，作为 UVR8 和 HY5 介导的 UV-B 诱导光形态建成的抑制因子，可能与 DHU1 协同作用。
Negative feedback regulation of UV-B-induced photomorphogenesis and stress acclimation in Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1073/pnas.0914532107
EFO1 and EFO2, encoding putative WD-domain proteins, have overlapping and distinct roles in the regulation of vegetative development and flowering of Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1093/jxb/erq336
DHU1 negatively regulates UV-B signaling via its direct interaction with COP1 and RUP1.2017 · DOI: 10.1016/j.bbrc.2017.07.110
At2g32950 E3 泛素蛋白连接酶，作为光形态发生的阻遏物和黑暗中黄化的激活剂。
Two interacting bZIP proteins are direct targets of COP1-mediated control of light-dependent gene expression in Arabidopsis.2002 · DOI: 10.1101/gad.969702
Short Hypocotyl in White Light1 Interacts with Elongated Hypocotyl5 (HY5) and Constitutive Photomorphogenic1 (COP1) and Promotes COP1-Mediated Degradation of HY5 during Arabidopsis Seedling Development.2015 · DOI: 10.1104/pp.15.01184
PHYTOCHROME INTERACTING FACTOR8 Inhibits Phytochrome A-Mediated Far-Red Light Responses in Arabidopsis.2020 · DOI: 10.1105/tpc.19.00515
Role of a COP1 interactive protein in mediating light-regulated gene expression in arabidopsis.1998 · DOI: 10.1105/tpc.10.7.1083
At3g15354 光形态发生的阻遏物。
The SPA1-like proteins SPA3 and SPA4 repress photomorphogenesis in the light.2003 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2003.01813.x
Functional and expression analysis of Arabidopsis SPA genes during seedling photomorphogenesis and adult growth.2006 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2006.02812.x
Arabidopsis SPA proteins regulate photoperiodic flowering and interact with the floral inducer CONSTANS to regulate its stability.2006 · DOI: 10.1242/dev.02481

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035273 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006281 DNA repair 生物过程
GO:0009585 red, far-red light phototransduction 生物过程
GO:0009640 photomorphogenesis 生物过程
GO:0009641 shade avoidance 生物过程
GO:0009647 skotomorphogenesis 生物过程
GO:0009649 entrainment of circadian clock 生物过程
GO:0009658 chloroplast organization 生物过程
GO:0009908 flower development 生物过程
GO:0009963 positive regulation of flavonoid biosynthetic process 生物过程
GO:0010114 response to red light 生物过程
GO:0010119 regulation of stomatal movement 生物过程
GO:0010218 response to far red light 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G32950
ath:AT3G15354
ath:AT5G23730
ath:AT5G52250
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.875
排名 1 · LXL04_035273 · OH-1004
细胞质0.207
排名 2 · LXL04_035273 · OH-1004
细胞膜0.027
排名 3 · LXL04_035273 · OH-1004
线粒体0.018
排名 4 · LXL04_035273 · OH-1004
溶酶体／液泡0.018
排名 5 · LXL04_035273 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25175.2Beta-prop_WDR552-307 aa
PF24782.3WD40_MABP1-WDR62_2nd56-262 aa
PF24807.2WD40_CDC20-Fz83-238 aa
PF23381.2Beta-prop_IFT122_1st102-222 aa
PF25174.2Beta-prop_THOC3104-306 aa
PF24814.2WD40_Prp19105-254 aa
PF29037.1DSE1_N107-182 aa
PF23414.2Beta-prop_EML_2119-249 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_035273PF25175.2Beta-prop_WDR5523077.4e-2691.8
LXL04_035273PF24782.3WD40_MABP1-WDR62_2nd562621.6e-1144.5
LXL04_035273PF24807.2WD40_CDC20-Fz832384.2e-2486.1
LXL04_035273PF23381.2Beta-prop_IFT122_1st1022227.1e-1968.9
LXL04_035273PF25174.2Beta-prop_THOC31043061.2e-2487.6
LXL04_035273PF24814.2WD40_Prp191052541.4e-1661.2
LXL04_035273PF29037.1DSE1_N1071827e-1039.2
LXL04_035273PF23414.2Beta-prop_EML_21192497.2e-1762.3
LXL04_035273PF25173.2Beta-prop_WDR3_1st1303065.5e-2175.8
LXL04_035273PF24782.3WD40_MABP1-WDR62_2nd1422651.6e-1144.5
LXL04_035273PF23409.2Beta-prop_EML1473072e-1041.3
LXL04_035273PF25391.2WD40_Gbeta1503082.2e-1040.8
LXL04_035273PF23098.2Beta-prop_NOL10_N1643057.5e-1142.5
LXL04_035273PF25168.2Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd1652896.1e-0729.7
LXL04_035273PF25171.2Beta-prop_WDR36-Utp21_1st1663015.4e-1143.1
LXL04_035273PF24817.2WD40_WDHD1_1st1882782.7e-1247.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9FFA7拟南芥WD repeat-containing protein RUP260.486%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9LTJ6拟南芥WD repeat-containing protein RUP157.522%Swiss-Prot强数据库同源证据
P43254拟南芥E3 ubiquitin-protein ligase COP133.333%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9LJR3拟南芥Protein SPA1-RELATED 336.615%Swiss-Prot中等数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看